捜査に没頭するあまり、私生活すべてを犠牲にしてきた警視庁捜査一課の刑事・石川安吾（小栗旬）は、殺人事件の現場だけに自分の存在意義を見出すような空虚な日々をおくっていた。そんなある日、元警察官が銃殺される事件が発生。現場に駆けつけた石川は、付近に潜んでいた犯人から銃撃を受け、頭部に被弾してしまう。

首都圏で女子高生の連続殺人事件が発生。捜査に乗り出した石川（小栗旬）たちは、一週間前に遺体で発見された6人目の被害者が映った防犯カメラの映像から、一緒に車に乗り込んだ男を加害者と特定。男は、十代の頃に強姦などの前科のある村上（丸山智己）という会社員だった。石川と立花（青木崇高）は、すぐさま身柄の拘束に向かうが…。

50年ほど前に東京郊外に施設されたベッドタウン・夢の丘ニュータウン。その団地棟に囲まれた広場で、若い男（金井勇太）の刺殺遺体が見つかった。検死の結果、男は別の場所で殺され、着替えさせられた上で広場に放置されたらしい。第一発見者は、町内の自治会長を務める藤崎（平田満）という初老の男。藤崎によると、男は町内の住民ではないらしく…。

大学の陸上競技場でホームレス男性の刺殺遺体が発見された。見晴らしのいい場所にわざわざ遺体を放置し、『取扱注意』のシールが貼られているのが犯人の異常性を物語っていた。比嘉（波瑠）が検視を開始するいっぽう、石川（小栗旬）は生前の姿でグラウンドの一角にたたずむ被害者を発見。犯人は、殺害時「おとりになってもらう」という言葉を口にしたという。

閑静な住宅街の一軒家の庭でサラリーマンと見られる男性の遺体が発見された。検視を担当した比嘉（波瑠）によると、異常死には間違いないものの、解剖してみないと死因ははっきりしないという。また、男性は身分を証明する物も携帯電話も所持していないため、身元さえ分からなかった。所轄の刑事によると、最近多発しているノックアウト強盗ではないかという。

都内マンションで女子大生が墜落死した。警察は自殺と判断し、捜査を打ち切ろうとしていたが、比嘉（波瑠）だけは死亡状況に違和感を覚え、捜査の続行を企図する。特に、中指に不自然な硬直が見られたことと、屋上に揃えて置かれた靴のそばに奇妙な枯れ枝が落ちていたことに引っ掛かっていた。石川（小栗旬）は、上からの指示で解剖に立ち合うことになるが…。

組織犯罪対策部に所属する元刑事・荒木（飯田基祐）が銃殺された。至近距離から眉間を撃ち抜く手口から、石川（小栗旬）が銃撃された際に捜査していて、いまだ未解決の元警察官殺しとの関連が疑われた。しかも、殺された2人はかつて同じ組織対策犯罪部に籍を置いており、石川たちは事件に繋がるような接点がないか洗い始める。

休日のショッピングモールで、8歳の少年が行方不明になった。誘拐事件とみた警察は、警視庁特殊捜査班（SIT）を捜査にあたらせるが、翌朝、少年は遺体で発見される。捜査は市倉（遠藤憲一）班に引き継がれ、石川（小栗旬）、立花（青木崇高）らが捜査を開始。いっぽう、検視を担当した比嘉（波瑠）によると、犯人は医学的知識を持った人間と推定された。