8月某日午前11時50分。東京・銀座に、突如として石造りの『門（ゲート）』が出現。門からはオークやトロール、ゴブリン、ワイバーンなど、異世界のモンスターの軍勢が続々とわき出し、見境無く通行人に襲い掛かった。この事態を収拾させた自衛隊は、ゲートの向こう側「特地」へ現地調査のために赴くことになる。銀座で多くの人を救い昇進したオタク自衛官の伊丹二等陸尉も、先陣を切って乗り込むことになった。

特地を調査するため門をくぐり抜けた自衛隊。その目前には「特地」の大軍勢が集結していた。猛攻撃をかける「特地」の軍勢を撃退した自衛隊は、異世界の住民と友好的な関係を結ぶため、深部情報偵察隊を編制。第三偵察隊を指揮することになった伊丹は、偵察中に集落を襲う炎龍を目撃するも、炎が収まったときには村は全滅していた。

炎龍に襲われた集落の調査中、井戸の中から金髪の美少女エルフを発見した伊丹たち第三偵察隊。次に到着した村で村長に炎龍のことを伝えると、彼らは襲われることを恐れ、村を捨てて避難することになった。第三偵察隊は避難民を先導し、安全な場所まで送り届ける。その中で、エルフの少女「テュカ」、コダ村の魔導師「レレイ」、暗黒の神エムロイの使徒「ロゥリィ」など、異世界の住民との関わりを深めていく。

伊丹たち第三偵察隊がアルヌスに連れ帰った避難民は、自衛隊の基地付近に作られた避難民キャンプで生活を始める。彼らは初めて触れる日本の文化に驚きを隠せないが、食事や入浴でひとときの安らぎを得る。テュカとレレイ、ロゥリィの3人も浴場で出会い、お互いの境遇を知り仲を深めていった。そんな中、第三偵察隊は調査も兼ねて3人と共にイタリカの街へ行くことに。一方、「帝国」の皇女ピニャは自衛隊の情報を集めながら、自らの騎士団を率いてアルヌスを目指していた。

イタリカの街を目指すテュカ、レレイ、ロゥリィの3人と伊丹たち第三偵察隊。街を目前にした彼らが見たのは、空に立ちのぼる黒煙だった。そこでは「帝国」の皇女ピニャが住民を指揮し、アルヌスから潰走し盗賊と化した諸王国軍の残党と戦っていた。到着した第三偵察隊や、テュカ、レレイ、ロゥリィの姿を確認したピニャは、思い悩んだ末に、伊丹たちが敵なのか味方なのかを見極めるため城壁内に招き入れることにする。

イタリカの街で盗賊との戦闘に参加することになった第三偵察隊。だが盗賊が攻め込んできたのは伊丹達が守る南門ではなく東門だった。門を突破され、出せる兵も尽き、茫然自失となるピニャ。市内の蹂躙も時間の問題と思われたが、自衛隊の戦闘団が空からやってきた。到着するやいなや対戦車ミサイルにロケット弾、20ミリ砲という圧倒的な火力で地上を制圧。ハルバートを振り回すロゥリィも加わり形勢は一気に逆転した。あっという間に全滅する盗賊を見たピニャは、あまりに強大な自衛隊の力に戦慄する。

イタリカからアルヌスの丘へと戻る途中、帝国の薔薇騎士団に捕まってしまった伊丹。往来の無事を約束した協定に違反する形となり、それを口実に戦争を仕掛けられる心配をするピニャだったが、当の伊丹はウサ耳や猫耳のメイドに囲まれまんざらでもない様子。助けに来た第三偵察隊の面々も丁重に扱われ、和気あいあいと談笑、メイド達との異文化交流を楽しむのだった。そんな中、伊丹が国会から参考人招致がかかっていると知ったピニャは、彼の報告一つで自衛隊が動くことを懸念し、協定違反を指揮官に謝罪するためアルヌスに同道したいと願い出る。

国会の参考人招致に応じるため、テュカ、レレイ、ロゥリィの3人を連れ、富田、栗林と共にクリスマス間近の日本へと戻って来た伊丹。そこには「ニホン」という交渉相手を深く知るために付いて来たピニャの姿もあった。買い物や食事の後、伊丹と3人娘は国会へ向かい、ピニャや富田らは秘密裏に用意された講和の事前交渉へと赴く。国会では、自衛隊が特地の民間人を盾にして自分たちの安全を確保したのではないかと追及されるものの、その物言いに呆れ果てたロゥリィが真っ向から否定。伊丹達を弁護するのだった。

姿を見せない“敵”からテュカとレレイ、ロゥリィ達を守るため、伊丹が訪れた先は元嫁である梨紗のアパートだった。翌日、梨紗はレレイ達を引き連れ買い物を楽しみ、ピニャとボーゼスは富田と共に図書館へと向かう。ひとり別行動を取った伊丹は嘉納防衛・特地問題対策大臣に会い、当初の予定通り箱根の温泉宿・山海楼閣に行くよう命令を受けた。自衛隊の特殊作戦群が密かに警護する温泉宿に到着する一行。早速温泉で羽を伸ばす女性陣だったが、特戦群は宿に迫る“敵”の動きを捉えていた。

政治的判断により伊丹達の警護を中止せざるを得なくなった自衛隊特殊作戦群。姿を現した“敵”は大国3カ国の工作員だった。その前に立ちはだかるのはハルバートを構えたロゥリィ。 人ならざる戦闘力を誇るロゥリィは、三陣営を相手に大立ち回りを見せる。各陣営もお互いに撃ち合う乱戦となり、結果は全滅。このまま留まるわけにもいかず、伊丹達一行は慌てて身支度を済ませ、使えそうな武器を集めて現場を離脱した。帝国との講和を進めたい日本と、特地の権益を狙う諸外国とのせめぎ合いが始まっていた。

日本と帝国が開戦して５カ月。アルヌスではゲートを介して人的、物的交流が盛んになり、基地の周囲には現地人の街が形成されつつあった。一方、日本との圧倒的な国力の差を知り講和への強い決意をもった帝国皇女ピニャは、帝国内で発言力を持つ人物達と水面下の交渉を進める。そんなある日、部下の黒川から酒場に呼び出された伊丹は、テュカが現実を受け入れられず、異常な行動をとっていると聞かされる。自分たちにはどうすることもできないと言う伊丹に対し、黒川は憤慨して席を立つ。そこに謎のダークエルフが現われた。

故郷の村を襲った炎龍を退治してもらおうと、噂に聞いた「緑の人（自衛隊）」を頼ってアルヌスにやってきたダークエルフのヤオ。ヤオはアルヌスの空を飛ぶ2機のファントムを見て自衛隊の力を確信するが、街で見かける自衛官は言葉が通じず、依頼ができずにいた。しかも街で財布を脅し取ったと誤解され、警務官に連行されてしまう。通訳として現れたレレイに、必死で自衛隊への取り次ぎを懇願するヤオだった。

講和への道を模索する日本政府とピニャ。その一環として、帝国の郊外にある皇室庭園で園遊会が開催されていた。招かれたのは、帝国貴族である元老院議員とその家族たち。講和交渉への協力を得るため、力を持つ議員を一家一族丸ごと招待したのだ。おいしい食事が振る舞われ楽団の演奏が流れる中、迫撃砲の実演や自動小銃の射撃体験が実施され、その圧倒的な性能に驚愕した議員たちは講和を決意する。そこへ現われたのは、主戦派であるピニャの義兄ゾルザルとその部下。不穏な動きを察知した伊丹は、事前に議員を秘密裏に離脱させていた。

突然帝都を襲った地震。街は激しく揺れ、あちこちで建物の被害が発生していた。ピニャやハミルトンたちもこの世の終わりかと震えていたが、居合わせた伊丹と菅原はいたって冷静。ピニャは再び揺れが来ることを知り、地震に慣れている伊丹たちに同行してもらい、父のモルト皇帝の元へ駆けつけた。皇宮でモルトと顔を合わせた一行。そこにゾルザルが日本人女性を連れて現われた。一目見てわかる虐待の跡に激怒し、ゾルザルに殴り掛かる伊丹。抜刀するゾルザルの部下。第三偵察隊との戦闘が始まる。

ゾルザルに囚われの身となっていた民間人を、無事助け出した伊丹たち一行。アルヌスへと戻って来た伊丹は、柳田から炎龍退治に行くことを勧められたが、部下の命を危険にさらすわけには行かないとこれを拒否。しかし同じ炎龍が原因でテュカの精神が危うくなっていることを知る。ヤオから父が炎龍に殺されたと聞かされたテュカは、父の死を認めることができず、伊丹を父親と思い込むようになっていたのだ。テュカを呪縛から解き放つためにも炎龍を倒して欲しいと頼むヤオだった。

テュカを救うため炎龍を倒すことを決意した伊丹は、テュカ、レレイ、ロゥリィ、そしてヤオと共にエルベ藩王国へと向かった。それを知った狭間陸将は航空偵察の要請や陸上支援の準備を命令。戦闘拡大を危惧して伊丹だけを行かせたのに、あっさりと命令が出たことに呆然となる柳田だったが、さらに狭間に促されて、診療施設で療養中のエルベ藩王国のデュラン国王に会う。話し合いの末、国境を越える許可を得た柳田だったが、診療施設を出たところで、密命により暗躍していたデリラに遭遇する。

炎龍が出没するロルドム渓谷に来た伊丹とテュカ、レレイ、ロゥリィは、炎龍退治を依頼して来たヤオとダークエルフの戦士と共に、大量のC4爆薬とLAM（対戦車弾）を持ち、炎龍の巣があるというテュバ山に向かった。地下を嫌うロゥリィを見張りとして残し、巣のある洞窟の奥へと進む伊丹たち一行。巣には主の姿は見当たらず、すぐに爆薬の設置作業を始める。そのころ外ではロゥリィが遠く羽ばたく炎龍を発見。しかし、電波障害で伊丹には伝えることができず、伊丹立ちの予期せぬタイミングで、炎龍はその姿を現わした。

ついに炎龍を倒した伊丹たちは、多くの犠牲を出しながらも、テュカを父の死のトラウマから救い出すことに成功した。その伊丹を待っていたのは、任務を放り出して炎龍退治に向かったことに対する2週間の停職と第三偵察隊隊長職の解任の処分。しかし新たに特地資源状況調査担当を命じられ、特地を堂々と自由に移動できるようになる。停職期間が明けた伊丹と一行は、導師号に挑むレレイが学会発表をする会場のある、学問の街ロンデルへと向かった。一方そのころ帝都では講和に向けた式典が開かれていた。

帝都で行なわれていた式典会場で突然倒れたモルト皇帝。これを機に、不利な講和を良しとしない皇太子ゾルザルによるクーデターが始まった。ゾルザルは皇帝に代わり、自らが国を統治することを宣言。日本から金品を受け取っていたとして講和派議員は軟禁され、帝都は厳戒下に置かれ街への出入りが制限された。汚い手で自衛隊の評判を貶めようとするゾルザルの部下に対し、強い憤りを感じるピニャ。一方、伊丹たちはロンデルでカトー老師の姉弟子であり、レレイの義姉アルペジオの師でもある魔導師ミモザから『門』の秘密を聞かされるのであった。

皇帝の不在の隙に権力を掌握したゾルザルは、意に沿わない者への弾圧を始めた。『皇帝の主権および権威を擁護回復するための委員部会』による恐怖政治を合法化するオプリーチニナ特別法が発布され、講和派の議員たちが次々と逮捕されていく。ロンデルを訪れていたレレイも命を狙われ、伊丹はレレイたちと共に姿を隠す決心をした。一方講和派の重鎮であるカーゼル侯爵はテュエリ家に避難していたが、委員部に見つかりテュエリ家の娘のシェリーと共に脱出。シェリーは慕っている菅原を頼って、外国協定に守られた翡翠宮へと向かう。

翡翠宮攻略の失敗に業を煮やしたゾルザルは、帝国の正規兵を投入。事態は第二段階に突入した。導師号試験を迎えたロンデルでは、暗殺工作の調査をしていたシャンディーが4日ぶりに帰還。伊丹達は試験会場でのレレイ襲撃計画を知る。会場には騙されて刺客となった者が複数紛れている可能性が高く、控室でも警戒を怠らない伊丹達。そして目に止まった不審な老賢者を伊丹は刺客と推理し、警告してみると案の定手からはナイフが。引き続き警戒するなか試験が始まり、いよいよレレイの番が来る。

帝都では薔薇騎士団と帝国兵との間で、同胞同士の戦闘が続いていた。被害者が増え続ける中、講和の芽を守るべく、翡翠宮にいる日本人と、講和派貴族を救出する空挺降下作戦を決行する自衛隊。先行する特戦群は帝都西門を確保し、第３偵察隊は講和派議員が囚われているバスーン監獄を制圧。空挺部隊が降下を開始し、落下傘が空を埋め尽くす。一方、ピニャが囚われの身となっていることを知った伊丹は、救出のため帝都に急いでいた。

ピニャを救うべく帝都に駆けつけた伊丹。第3偵察隊の面々と再び行動を共にする事になり、ピニャの奪回と皇帝の救出のため皇城へと向かう。城内では、自衛隊に手を貸したとして、ゾルザルがピニャを責めていた。そこに現われた伊丹達。ゾルザルは怪物ジャイアントオーガーをけしかけるも、ロゥリィとレレイがあっさりと撃退。さらに伊丹に一対一の勝負を挑もうとするゾルザルだったが、自衛隊の狙撃手による一発が近くをかすめ、動きが止まる。伊丹はいつでも頭を撃てると冷たく告げる。