Illya wird unfreiwillig vom Kaleid Stick Ruby ausgewählt, ein Magical Girl zu werden, nachdem dieser seinen Pakt mit Rin Toksaka aufgelöst hat.

Gerade als Illya die Class Card Rider unter Rins Anleitung einsammeln will, betritt eine neue Herausforderin die Bühne.

Eine geheimnisvolle neue Mitschülerin, Miyu Edelfelt, stellt Illya vor die Frage, ob es sich um eine Freundin oder Feindin handelt.

Illya und ihre Freunde stecken eine herbe Niederlage gegen Caster ein. Nun müssen sie versuchen ihr Teamwork zu verbessern, um im nächsten Kampf den Sieg erringen zu können.

Illya und Miyu bleibt keine Zeit, sich über ihren schwer erarbeiteten Sieg zu freuen, da überraschenderweise die Class Card Saber erscheint und Rin und Luvia außer Gefecht setzt.

Illya muss auf die Kraft der Archer Class Card zugreifen, um im Kampf gegen Saber auch nur den Hauch einer Chance zu haben.

Illya muss wegen Fieber das Bett hüten. Doch als sie herausfindet, dass Miyu ein Maid-Outfit trägt, hält sie nichts mehr im Bett.

Nach einem traumatischen Erlebnis im Kampf, möchte Illya ihr Magical Girl Dasein beenden. Doch das Schicksal hält andere Pläne für sie bereit.

Miyu versucht mit Hilfe der Kraft von Saber sich die letzte Class Card zu sichern. Doch der Kampf nimmt eine andere Wendung, als sie sich erhofft hat.

Illya und Miyu müssen ihre Kräfte vereinen, um sich Berserker und seinem Noble Phantasm stellen zu können.

Der Strandausflug von Illya und Miyu ist hinüber, als Rin und Luvia mit einer neuen Mission auftauchen. Diese sollte eigentlich ziemlich einfach sein, aber es kommt zu einem magischen Unfall…

Auf Illyas Schulweg geschieht ein Unglück nach dem anderen. Es stellt sich heraus, dass Illyas Doppelgängerin dahintersteckt, die hinter ihr her ist. Doch Rin und Luvia hecken einen Plan aus…

Kuro sollte eigentlich in Luvias Haus eingesperrt sein, schafft es aber irgendwie auszubrechen und sich an Shirou heranzumachen. Am nächsten Tag taucht sie dann auch noch einfach in der Schule auf.

Kuro kommt in Illyas Klasse und wird zu einem Völkerball-Match herausgefordert! Allerdings heizt sich das Spiel immer heiter auf, bis es zu einem Kampf mit magischen Kräften ausartet.

Illya würde am liebsten zu ihrem normalen Alltag zurückkehren, was Kuro aus irgendeinem Grund aufzuregen scheint. Am nächsten Tag ruft sie Miyu zu sich. Was hat sie nur vor?

Ein erbitterter Kampf bricht zwischen Miyu und Kuro aus. Als Illya sie aufhalten will, erfährt Kuro eine unschöne Wahrheit, die sie so aufbringt, dass sie zu viel Mana verbraucht.

Kuro wohnt jetzt bei Illya, aber natürlich geht das nicht lange gut. Es kommt zu einem Back-Duell, in dem es ausgerechnet um Shirous Zuneigung geht.

So langsam lebt Kuro sich endlich ein und findet in der Schule neue Freunde. Doch das friedliche Alltagsleben wird gestört, als ein Eindringling in Luvias Residenz auftaucht.

Illya und Kuro werden von Bazett angegriffen, die es auf ihre Class Cards abgesehen hat. Sie versuchen sich zu wehren, sind jedoch im Nachteil. Kann Miyu etwas gegen sie ausrichten?

Selbst die vereinten Kräfte von Illya, Miyu, Rin, Luvia und Kuro könnten nicht genug sein, um gegen Bazett anzukommen! Als sie auf Kuro losgeht, startet Illya einen letzten Versuch, sie aufzuhalten.

Die Sommerferien, von allen Grundschülern heiß erwartet, sind endlich da! Als Vorbereitung für den geplanten Strandausflug suchen sich Illya und die anderen zusammen mit ihren Klassenkameraden neue Badekleidung aus.

Sommer! Badekleidung! Der Strand! Illya und die anderen genießen ihren Standausflug in vollen Zügen: Sie spielen am Ufer und feiern einen Geburtstag in einer Strandhütte. Doch der Eisverkäufer, den sie treffen, stellt sich als böse heraus und sie müssen sich einen harten Kampf gegen ihn liefern! Als ob das noch nicht genug wäre, nimmt Shirou durch Ruby einen Liebestrank zu sich, der ihn durchdrehen lässt. Können Illyas Wünsche auf diese Weise wahr werden?

Als sie zusammen die Badekleidung gekauft hatten, hat Mimi gesehen, wie Illya Kuro "aufgefüllt" hat. Seitdem kommt sie nicht umhin, sich unanständige Dinge vorzustellen. Nach ein paar Worten von Suzuka erwacht Mimi! Illya und Kuro müssen nun gegen den rosenfarbenen Farbton, den Mimis Gedanken angenommen haben, bestehen.

Illya erhält von Luvia Eintrittskarten für einen Vergnügungspark, in den sie all ihre Freunde mitnimmt. Dort toben sie sich kräftig aus, doch am Ende werden sie von Iri getrennt. Als sie nach Iri suchen, treffen sie auf die Krankenschwester, Caren-sensei. Dann stellt Illya fest, dass sie ihr Armband verloren hat.

Illyas Sommer ist noch nicht vorbei! Sie zieht sich einen Yukata an und geht mit der üblichen Gruppen zu einem lokalen Fest. Dort amüsiert sie sich beim Yo-Yo-Fischen und der Lotterie, doch dann fällt Illya ein: Sie hätte Unterwäsche unter dem Yukata tragen sollen! Damit beginnt ein großes Unheil!

Iri und Liz spielen im Wasser, und Illya und Kuro stoßen (unfreiwillig) dazu. Das Ende des Sommer rückt näher und sie erfahren, dass Luvia anlässlich des Neubaus des Anwesens eine Party feiern will Das ist das Signal für die Mädchen, die achte Karte zurückzuholen. Um Mitternacht soll der Plan ausgeführt werden!

Illya, Miyu, Kuro, Luvia, Rin und Bazett machen sich in Spiegelwelt auf, um sich dem Heldengeist der achten Karte zu stellen. Da dieser von den Ley-Linien unterstützt wird und einen massiven Manavorrat besitzt, gibt es nur einen Weg, ihn zu besiegen: Indem alle zusammenarbeiten und ihn mit einem Angriff zu Fall bringen.

Die Kraft des Heldengeists der achten Karte ist gottgleich. Illya, die den hoffnungslosen Stärkeunterschied spürt, flüchtet mit den anderen aus der Spiegelwelt. Doch bevor sie wieder aufatmen können, folgt die nächste böse Überraschung: Die Spiegelwelt bricht entzwei und der Heldengeist taucht wieder auf. Er dreht Kreise um die Gruppe, als wolle er sich über sie lustig machen. Sein Ziel: Die große Höhle, in der der heilige Gral ruht.

Als Illya versucht, das Aktivierungsritual des heiligen Grals zu stoppen, taucht ein vor Zuversicht strotzender junger Mann vor ihr auf, der so tut, als würde er die Zukunft bereits kennen. Er nennt Miyu "Prinzessin aus einer Parallelwelt". Wer steckt hinter der achten Klassenkarte? Woher kommt Miyu? Durch das erscheinen des Jungen scheint sich der Nebel endlich zu lichten und die Wahrheit wird enthüllt!

Miyu wurde vom Heldengeist verschlungen, und Illya, mit Ruby und Sapphire in ihren Händen, verwandelt sich in ihre Zwei-Form, um Miyu wieder zurückzuholen. Doch sie steht dem stärksten Heldengeist aller Zeiten gegenüber, dessen Schwert allein die Macht besitzt, die Welt zu spalten. Aber Illya ist bereit, alles zu opfern, und stellt sich diesem Kampf, um ihre geliebte Freundin Miyu zu retten.