仁侠集団・大江戸一家を実家にもつ熱血女教師が、落ちこぼれクラスの担任として奮闘する。黒銀学院高校に赴任したヤンクミこと久美子（仲間由紀恵）は、白金学院でいっしょだった教頭・猿渡（生瀬勝久）と再会。久美子は不良ばかり集めた3年D組を受け持つことに。案の定、隼人（赤西仁）を筆頭に生徒の質は最悪で、頭を痛める。そんな中、学校公認で不登校を続ける竜（亀梨和也）の存在を知った久美子。仲がよかったという隼人から竜の居場所を聞き出し、アルバイト先の怪しいクラブを訪ねる。

不登校の竜（亀梨和也）が登校してくるように。だが、仲たがいしている隼人（赤西仁）は、ことあるごとに竜に難癖をつける。見かねたヤンクミ（仲間由紀恵）は、2人を仲直りさせようと授業をサッカーに変更。盛り上がっているのはヤンクミだけで、飽きてきた生徒たちは引き止めにも応じず、グラウンドを去る。ひとり残った武田（小池徹平）を捕まえ、ヤンクミは竜と隼人のけんかの原因を問いただす。一方、隼人らは、荒高の生徒に絡まれる黒銀学院の生徒を見つけ、乱入。殴り合いの騒動になってしまう。翌朝、住民からの通報で、猿渡（生瀬勝久）らは乱闘騒ぎに3Dの生徒がかかわっているのではと疑う。

自転車で2人乗りをしていた土屋（速水もこみち）らが、“自転車泥棒”の疑いをかけられ、補導された。隼人（赤西仁）らから連絡を受けたヤンクミ（仲間由紀恵）は警察署へ急行する。「借りたもの」と説明する生徒の言い分を聞かず、“黒銀学院3年D組”というだけで泥棒と決め付ける刑事・鬼島（高杉亘）のうがった物言いにヤンクミの怒りが爆発。が、竜（亀梨和也）らになだめられ、事なきを得る。その晩、“竜と隼人”を名のる2人組が他校の生徒を暴行。翌朝、怒った各校の不良連中が黒銀学院に押し寄せる騒動に。

4月から男女共学となる黒銀学院で女子中学生を対象とした学校見学会が行なわれた。見学会当日、3Dはヤンクミ（仲間由紀恵）を教室に閉じ込めていたずら三昧（ざんまい）。大目玉をくらう。そんな折、土屋（速水もこみち）は見学会に参加した中学生・菜緒（秋本未莉）の万引き現場に遭遇。優等生にも悩みがあると知った土屋は、塾をさぼった菜緒に夜遅くまでつきあう。ゲームセンターにいた2人を菜緒の担任・石川（山崎一）が発見。土屋が菜緒を連れ回したと思い込んだ石川は、黒銀学院に厳しい処分を要求する。

バレンタインデーが近づき、黒銀学院3Dの面々はチョコレートゲットをめざして盛り上がる。バレンタインデーをバカにしていたヤンクミ（仲間由紀恵）も“恋の勝負”に目覚め、九條（谷原章介）に手作りチョコを渡そうと決意。一方、武田（小池徹平）は桃ケ丘女学園の生徒・真希（若槻千夏）に片思い。可憐な容姿とは裏腹に正義感が強く、物おじしない真希に、武田は思いを告げられずにいた。そんな中、武田のためにひと肌脱いだ土屋（速水もこみち）らの作戦が失敗。武田の汚いやり方に腹を立てた真希は、翌日、黒銀学院に乗り込む。

ほかのクラスの生徒たちの進路が決まり、焦るヤンクミ（仲間由紀恵）は個人面談を行なうことに。ほとんどの生徒が進路未定の中、日向（小出恵介）だけは「アルバイト先のバーに就職する」と断言。が、日向はしだいに学校に来なくなり、心配したヤンクミは日向の母親・治代（手塚理美）に会う。一方、隼人（赤西仁）と竜（亀梨和也）は、ミノル（内山信二）の財布を拾う。

進路の決まらない3Dの生徒に、企業から面接の話が舞い込む。自分の任期が3月までと知り、焦るヤンクミ（仲間由紀恵）だが、生徒の将来を考え自分のことは後回しに。早速、土屋（速水もこみち）らに面接の練習を始めるが、あまりにも無作法な生徒たちに愕然（がくぜん）。そんな中、竜（亀梨和也）、土屋らが十文字高校の生徒に絡まれ、乱闘騒ぎを起こす。翌日、就職試験を受けた土屋の面接官は、乱闘を見ていた会社員（渡辺憲吉）だった。黒銀学院の生徒は、面接を受けることも許されず、全員不採用になってしまう。

隼人（赤西仁）らが桃ヶ丘女学園との合コンを計画。ヤンクミ（仲間由紀恵）にはボウリングをするだけだと嘘をつく。その夜、カラオケルームで催された教師たちの懇親会に参加したヤンクミは、ホワイトデーに九條（谷原章介）から何ももらえなかったとヤケ酒をあおる。そんな中、隣の店にヤンクミたちがいると知って慌てた隼人らは、金を払わずに店から逃げ出し、警察に捕まってしまう。警察庁に勤める竜（亀梨和也）の父・信也（宅麻伸）の計らいで事なきを得たが、翌日から竜は学校に来なくなる。

黒銀学院の卒業式が4日後に迫った。ヤンクミ（仲間由紀恵）は3Dの生活態度を懸念し、卒業式の練習を行なうが動きはバラバラ。校歌にいたっては誰も知らないことにあきれる。そんな中、警察に捕まった工藤（小林且弥）が逃げた。ヤンクミをはじめ竜（亀梨和也）や隼人（赤西仁）を恨む工藤は3Dの生徒を誘拐。竜らをおびき出し、暴行を加えるうち、乱闘騒ぎに。