Season 1 of 3×3 EYES premiered on জুলাই 25, 1991.

普通の高校生・藤井八雲。ある時彼は「三只眼吽迦羅（さんじやんうんから）」と呼ばれる妖怪の少女・パイと出会い、彼女と同様に不死人『无（ウー）』となってしまう。 だが、不老不死の体は永遠の寿命のためにやがて無気力無関心無感動となってしまうため、2人は人間となるために冒険の旅に出る。

Season 2 of 3×3 EYES premiered on জুলাই 25, 1995.

べナレスとの戦いから4年。記憶を失ったパイは、女子高生・綾小路ぱいとして東京で楽しい学園生活を送っていた。ある日、ぱいは街中で自分を探し続けていたという怪しい男と出会う。怖くなり逃げる彼女だったが、路地裏で男に手を握られたショックで妖魔を召喚し、そのまま気を失ってしまう。