Mizuki Natsumi s'est fait voler son porte-clef souvenir par un flic ripou. Elle prend donc contact avec les Get Backers, une équipe de récupérateur composée de Midou Ban et Amano Ginji. Chacun possède un pouvoir hors du commun, Ban possède le Jagan, il a la capacité de faire alluciner une personne pendant une minute, quant à Ginji, il est capable de générer de l'énergie électrique avec son corps. A la fin de l'épisode, Natsumi est embauché dans le restaurant préféré des Get Backers, le "Honky Tonk" qui leur sert également de quartier général. Le patron du Restaurant se nomme Paul, il aide les Get Backers dans leurs travaux.

Ban et Ginji ne sont plus admis au "Honky Tonk" tant qu'ils n'auront pas remboursé leurs dettes. Après plusieurs jours à faire de la publicité pour leur organisation dans la rue, ils finissent comme des clochards, mourant de faim. Mais un sans-abris va leurs venir en aide. En échange, il demande au Get Backers de retrouver sa fille qui a été enlevée par un Yakuza.

Hevn, une intermédiaire des Get Backers, leurs propose un boulot. Le grand politicien Ohtaki Haruo c'est fait dérober un bien d'une grande valeur. Le "bien" est en ce moment acheminé vers Shinjuku par une équipe de livreurs très performant : Maguruma Gôzô (alias Mr. No Brake), Kudô Himiko (alias Lady Poison) et Akabane Kurôdo (alias Dr. Jackal). Les Get Backers accepte le job et auront 10% du contenu de la livraison si ils réussissent.

Ban et Ginji sont toujours à la poursuite des livreurs, mais ça se passe plutôt mal pour eux, Ginji est fait prisonnié des livreurs et Ban est abandonné sur le bord de la route. Suite à une discussion entre Ginji et Himiko, on découvre le passé de nos deux récupérateurs. Ban était à une époque très ami avec Himiko, jusqu'au jour, ou Ban tue le frère de Himiko pour une raison qui nous est encore inconnue. Quant au passé de Ginji, il était à une époque membre de Volts, connu sous le nom de Rentaï. Ban, va tout faire pour sauver son ami, il va jusqu'à utiliser son Jyagan mais on apprend que Ban peut utiliser son Jyagan qui trois fois par jour et il ne peut pas l'utiliser sur la même personne pendant 24H, sinon, c'est très dangereux pour sa santé. Les livreurs se lancent donc à la poursuite des récupérateurs sachant que Ban est désormais sans défense.

Les livreurs sont à la poursuite des Get Backers qui ont réussi à récupérer le colis. Deux duels vont être engendrés, Ban contre Himiko et Ginji contre Jackal. Chacun d'eux va utiliser son pouvoir pour vaincre son adversaire.

Les Get Backers sont cette fois-ci sur la trace d'un stradivarius qui a été dérobé à une jeune prodige du violon, Otowa Madoka. Il semblerait que le violon soit entre les mains d'Akustu Shunsuke, mais Shunsuke a chargé Fuyuki Shido de protéger le violon. Il se trouve que Shido est un membre des Volts (groupe où Ginji a été le leader et qui est maintenant remplacé par Fûchô'in Kazuki) et il en veut beaucoup à Ban d'avoir influencé Ginji pour quitter les Volts.

Après un combat entre Ban et Shido, où Ban sort vainqueur, Otowa finit par récupérer son violon, Shunsuke c'est finalement rendu compte que ce violon ne le rendrait pas meilleurs et préfère le rendre à son véritable propriétaire. Après ce geste qui pourrait sembler sympathique, il donne l'ordre aux frères Kurobe (les hommes de main de son père) d'éliminer la violoniste et l'équipe des Get Backers.

Les frères Kurobe sont des adversaires de taille, Ginji puise dans ses ressources pour venir à bout de Hishiki Ryuudo tandis que Shido est face à Kazuma, il va bien lui faire comprendre que c'est lui "The Beast Master".

Clay Man (l'homme d'argile) a dérobé un tableau de Van Gogh (le treizième tournesol), le gérant de la galerie, Mr. Hashisu, engage donc les Get Backers pour récupérer ce fameux tableau, mais un doute persiste, le tableau est-il est un vrai ou un faux? De plus, les Get Backers sont confrontés à deux ennemis, il se trouve qu'Himiko c'est associé à Clay Man.

Les Get Backers retrouvent la trace de Clay Man, mais ils sont tombés dans un piège tendu par Mr. Hashisu. Hashisu se révèle être quelqu'un qui s'intéresse uniquement à l'argent et veut donc détruire la galerie de Clay Man, ainsi que tous les témoins, afin de toucher l'assurance des tableaux. Mais les Get Backers ne sont pas décidé à le laisser faire!

Hevn a créé une nouvelle équipe pour un boulot dont elle ne connait pas toutes les spécificités. L'équipe se compose, de Ban, Gingi et Shido (les récupérateurs), Dr. Jackal et Himiko (les livreurs) et enfin Kazuki qui guidera l'équipe. Une équipe bien étrange, pour un boulot qui ne l'est pas moins! On ne connait pas les clients et ils laissent aucune trace derrière eux. Le colis se situe au Château de l'Infini, un endroit sordide ou des milliers de personnes sont venues habiter alors que les batiments n'ont jamais été terminés de construire, cette zone est exempte d'autorité, on ne la trouve même pas sur les cartes, elle est ignorié de tous. Pour Ginji, c'est un retour sur son passé puisqu'il a vécu dans cet endroit lorsqu'il était à la tête des Volt.

L'équipe s'est vu séparée à cause d'un poison mortel qui était censé l'arrêter. Ginji se retrouve avec Jackal tandis que Ban se retrouve avec Shido. Ban et Shido se font stopper par Magami Ryouma et Magami Ayame, des anciens chefs des Volts. Il semblerait que l'objet mystère, uniquement connu sous le nom du I.L., soit entre les mains d'un certain Macubex, un ancien chef des Volts également.

L'équipe est toujours séparée! Il semblerait qu'un traitre reigne au sein de l'équipe... et c'est Kazuki qui se rélève être le traitre en attaquant Himiko! Commment cela est-il possible? Un traitre! Un autre chose très étrange survient, Himiko n'est plus maître de ses mouvements, Makubex à trouver la moyen de la contrôler grâce à son "Wire Doll System". Après des actions bien étrange de la part de Kazuki et d'Himiko, Jubei le maître des aiguilles volantes vient mettre un terme à tout ça, mais Kuzaki préfère s'enfuire et Himiko est enlever.

Ginji et Jackal se font piéger pour une projection 3D créée par Makubex. Pendant ce temps, Himiko et Hevn qui étaient prisonnières de Makubex arrivent à s'achapper. Kazuki, suite à son échec face à Jubei est recueilli par Ren Kusuriya. Quant à Ban et Shido, ils croisent un nouvel ennemi, Fudo Takuma, connu aussi sous le nom de Fudo le medium, contre lui, le jyagan de Ban n'a aucun effet, mais un ancien Volt arrive au secour, Emishi Haruki qui fait parti de la résitance contre l'autorité de Makubex.

Emishi Haruki conduit Ban et Shido à la base "Anti-Makubex" mais ce n'est que pour mieux les piéger, il se trouve qu'Emishi Haruki est au service de Makubex. Mais Ban va réussir à la vaincre grâce à son Jyagan et il va même lui faire dire ce qu'est les I.L.! Les I.L. sont des lentilles d'implosion, pièces technologiques confidentielles qui permettent la création d'une bombe nucléaire. Dans le même temps, Ginji va trouver par hasard la planque de Makubex. De plus, des bruits courent comme quoi il pourrait avoir un traitre au sein de l'équipe...

Jackal et Ginji sont les premiers à pénétrer dans le repère de Macubex. Ils sont arrêter par Jubei et Kagami. Himiko et Hevn sont toujours à la recherche d'une issu et vont retrouver Kazuki. Ginji et Shido suivent les traces du parfum d'Himiko pour trouver le repère de Makubex. Toute l'équipe est donc dans la repère de Makubex mais encore séparée.

Toute l'équipe se retrouve enfin, mais cette réunion a été orchestré par Makubex, l'équipe suit tout le plan de Makubex sans le savoir. Le lieu de réunion de l'équipe est une pièce qui contient 6 portes numérotées de 1 à 6, chaque membre de l'équipe choisit de prendre une porte, le choix c'est fait par un lancé de dé. Jackal qui a emprunté la première porte se retrouve face à Macubex. Kazuki qui a pris le seconde porte se trouve nez à nez avec Emishi Haruki et Jubei mais Shido, qui avait emprunté la troisième porte arrive au même endroit que Kazuki. 

Deux combats s'enchainent, Shido engage le combat conter Emishi et c'est ensuite au tour de Shido de débuter un combat contre Jubei, sont amis devenu ennemi! Pendant ce temps, un homme mystérieux fait son apparition au café Honky Tonk

Shido décide d'emmener Emishi chez le médecin suite à son combat étant donné qu'Emishi était un ancien membres des Volts. Hevn qui s'inquiète de la santé de l'équipe accompagne Shido. Le combat fait rage entre les deux anciens amis d'enfance, Kazuki et Jubei. Jubei est né pour protéger Kazuki, c'est pour ça qu'il était son second à l'époque des Volts, mais Jubei ne croit plus en rien sous l'influence de Makubex. On apprend que tout ce qui arrive au château de l'infini est contrôler par la Cité de Babylone et l'objectif de Makubex est de mettre un terme à ça. La rumeur d'un traitre au sein de l'équipe s'avère véridique, et c'est Dr. Jackal le Judas!

Himiko est plongée dans une réalité virtuelle d'un ancien temple Maya et s'apprête à combattre Kagami qui se révèle être un homme très puissant venant de la cité de Babylone auquel ne peut faire face Himiko mais Ban arrive à la rescousse. Himiko, suite à son combat est très affaibli, Ban part donc seul et tombe nez à nez à Fudo

Le combat entre Fudo et Ban fait rage. Pendant ce temps, Ginji fait la rencontre de Teshimine Takeru, l'homme qui la prit et éduqué lorqu'il a été abandonné au Château de l'Infini. Cet personne retrace le passé de Ginji au Château de l'Infini et explique comment son pouvoir est né

Ginji devient de plus en plus l'Empereur du Tonnerre, il commence à détruire tous les systèmes électriques sur son passage, une véritable haine grandit contre ses ennemis, et son prochain ennemi n'est autre que Dr. Jackal, le traitre. En plein milieu du combat entre Ginji et Jackal, Ban vient contrer un coup porter par Jackal sur Ginji. 

Fudo revient à la charge alors que Ban, très affaibli en ayant protégé Ginji, le croyait mort. Heureusement, Shido vient contrer Fudo à la place de Ban. Mais un tour de Makubex faire apparaitre une armée des clones virtuels de Fudo. Shido devient impuissant mais Emishi et Kazuki viennent à son aide. Pour finir, l'équipe (sauf Himiko, toujours avec Jubei et sa soeur Sakura) se retrouve devant la porte ou se cache Makubex

L'équipe tente de dissuader Makubex de mettre son plan à terme, mais, il ne veut rien savoir, c'est donc un combat entre Makubex et Ginji qui s'engage dans un univers où l'on ne distingue plus le réel du virtuel

Ban va utiliser son Jyagan pour faire comprendre à Makubex que sa méthode pour que le Château de l'Infini soit libre n'est pas la bonne manière de faire. Makubex, perdu est désorienté, tente de se suicider

Les Get Backers sont embauchés pour enquêter sur les mystérieux voles de bijou qui ont lieu aux sources chaudes. En suivant leur enquète (ou poussé par leur voyeurisme?!) Ban et Ginji recontre Jubei et Kazuki venu aux sources chaudes afin de guérir les yeux de Jubei.

Le superviseur Hizukawa demande aux Get Backers de récupérer sa malette qui a été dérobée par un petit groupe de lycéenne. Ban et Ginji vont rapidement retrouver la trace d'une lycéenne qui a des informations, mais cette lycéenne ne compte pas leur donner ses informations gratuitement. Elle va faire vivre un vrai calvaire à Ginji et Ban qui devront obéir à toute ses volontés. Ils vont faire appel à Hazuki, Shido et Himiko pour qu'ils leur viennent en aide et ainsi avoir les informations de la lycéenne.

A la suite d'un accident Takarama Yuuji à perdu la mémoire. Les Get Backers vont donc l'aider à retrouver son passé, mais au fil de l'enquète, ils vont se rendre compte sa femme lui cache la vérité sur son passé.

Les Get Backers refusent un travail proposé par Hevn puisqu'ils trouvent que ça commisssion est trop importante. Arrive alors Clayman au Honky Tonk qui leur propose un travail, récupérer les bras perdus de La Venus de Milo qui sont en transitent sur un bateau. Quant à Hevn, elle engage d'autre personne pour son travail, elle fait donc appel à Emishi et Shido, hors, il se trouve que le travail de Clayman et celui de Hevn soit très proche, les Get Backers vont donc être confronté à Emishi et Shido. Dans un même temps, Miroku Natsuhiko qui travail pour Miss Hella doit protéger les bras perdues de la Vénus de Milo jusqu'à la vente aux enchères organisé par Mr. Liu, un chef de la mafia.

Miroku Yukihiko "charme" Ginji alors que Ban tente de rejoindre le bateau puisqu'il s'était fait jeter par Miroku Natsuhiko. En ce qui concerne Shido et Emishi, ils arrivent sur le paquebot et ils sont confrontés à un bel accueil. Au milieu de tout ça, Jackal qui travail pour Miss Hella rode sur le navire.

La bateau arrive sur l'île où la vente aux enchères est organisée. Ban se trouve face à Shido et Emishi mais il s'effondre de fatigue, Shido décide de lui venir en aide. On apprend que Miss Hella est l'ex petite-amie d'une connaissance de Ban et Ginji, Kite, un artiste peintre et sculpteur. Suite à une discussion entre Ban et Shido, l'objectif de Shido et Emishi devient plus clair, ils sont chargés de récupérer la réplique de la statue de la Vénus de Milo qui contient de l'Aphrodite, une drogue très puissante. Ban, Shido et Emishi décident donc de faire équipe, ils récupéreront les bras et la réplique de la Vénus de Milo. Ginji, prisonnié des Miroku arrive à s'enfuir, mais il a tous ses os déboités, ils parvient difficilement à rejoindre Ban mais il porte un émmetteur qui va trahir sa position.

Ginji, Ban, Shido et Emishi unissent leurs forces pour vaincre leurs adversaires. Un combat faire rage entre Ban et Jackal. Emishi et Shido sont confrontés aux membres du Clan Go. Tandis que Ginji est doit se battre contre les frères Miroku.

Grâce au Jyagan de Ban, les bras et la copie de la Venus de Milo ont été récupéré. Mais, la petite équipe va avoir un petit souci sur le chemin du retour.

L'alliance entre Ban et Ginji semble rompu. Ban est embauché comme protecteur du diamant "Etoile Aztèque" tandis que Ginji est chargé de récupérer ce diamant.

Yumiko, la fille de Imai Shigeyuki a eu un grave accident. Seule une opération peut la sauver, le problème, ce qu'elle possède un groupe sanguin très rare, hors, le sang qui servirait à son opération a été volé par des professionnels. Les Get Backers sont donc engagé pour retrouver le sang, mais le livreur n'est être que Dr. Jackal. 

Mr et Mme Nagano se sont fait voler leur enfant, le ravisseur n'est autre que le père de Mr Nagano, le directeur du groupe financier Kiyokawa. Pour cette mission, Himiko vient en aide aux Get Backers.

Une vieille femme vient voir les Get Backers afin qu'ils retrouvent un souvenir de son mari. Malheureusement, Ban et Gingi sont déjà sur une affaire. Natsumi décide donc de prendre l'affaire en main pour aider la vieille femme avec l'aide d'Emishi.

Madoka tient absolument à ce que Shido assiste à son récital. Shido fait donc la prommesse de venir la voir avec Hevn mais il va tomber sur une vieille connaissance, Kirihito, l'ancien chef de la mafia chinoise qui ne veut qu'une seule chose, sa mort!

Ginji est rendu à l'hôpital à cause d'un bête accident, tous les gens qui le connaissent viennent lui rendre visite.

Ban, Ginji et Natsumi sont invités dans la villa de Madoka. Près de là, des singes sèment la panique, seul Shido peut enrailler la menace.

Un groupe de terroriste a dérobé un alliage révolutionnaire (l'alliage à mémoire de forme) au gouvernement. Hevn propose aux au Get Backers de récupérer cet alliage mais décide au dernier moment de les empêcher de le faire et préfère retrouver cet alliage elle-même car il est le fruit de 5 années de travail de Eiji, son amour d'autrefois.

Il fut un temps où Paul était récupérateur au sein des "Snatcheurs" avec Azuma et Sakai jusqu'au jour où Sakai trahit l'équipe. Aujourd'hui, Azuma et Paul ont décidé de se venger

Le Château de l'Infini est de nouveau en danger avec le retour de Kurusu Masaki, un ancien membre des Volts qui a décidé de défier l'autorité de Makubex. Kurusu enlève Makubex, Kaoru, une de ses alliés s'en prend à Sakura qui court ensuite demander de l'aide à Ginji, pendant ce temps, Emishi et Jubei tentent de retrouver Makubex. Lorsque Ginji apprend la nouvelle, il ne peut s'empêcher d'aller sur les lieux avec l'aide de Ban, Himiko, Kazuki et Shido. Pendant ce temps, Emishi est confronté à Kano, un autre allié de Kurusu. Pour finir, un autre allié de Kurusu, Toshiki recrute Ren pour faire la surveillance.

L'équipe (Ginji, Ban, Himiko, Shido, Kazuki, Jubei et Emishi) continue sa traversé du Château de l'Infini afin de comprendre ce qui se trame véritablement. Ils vont chacun leur tour être confronté à leurs adversaires dans des espaces virtuels, Himiko contre Kaoru, Jubei et Kazuki contre Kano et ensuite Toshiki, et enfin, Shido se voit face à Kurusu mais un revenant vient déranger le combat, Teshimine.

Le combat entre Himiko et Kaoru est très serré mais Himiko sort victorieuse en mettant sa vie en péril. Mido est toujours face à Fudo, son adversaire depuis très longtemps. Makubex, toujours prisonnié, arrive à envoyer des informations à Sakura où il donne sa position, il ne reste plus qu'à faire parvenir l'information au Get Backers, seulement, le réseau de Château de l'Infini a été vérouillé. Hevn fait alors appel à Dr Jackal pour qu'il transmette l'information au Get Backers.

Ginji rencontre Kagenuma Sarai, un homme qui prétend tout connaitre sur le château de l'infini. Toujours perdu dans la Château de l'Infini, il finit par croiser Jackal. Ensemble, ils rejoignent la pharmacie où se regroupent les autres. Grâce au donnée de Makubex rapporter par Jackal, l'équipe (Jubei, Kazuki, Ginji, Ban, et Jackal) décident de rejoindre le Beltline. Pour finir, Ginji tombe nez à nez avec Masaki.

Avec l'aide Makubex, Jubei, Kazuki, Ban et Jackal retrouve Ginji qui est face à Masaki. Ginji est très affaibli à cause de Masaki, mais grâce au Château de l'infini, il retrouve rapidement ses forces. Kagenuma Sarai guide Ban et Ginji vers l'endroit qui répondra à toutes leurs questions. Jubei rebrousse chemin pour affronter Toshiki, Kazuki préfère le suivre.

Jackal choisit de rejoindre le camp à Masaki pour enfin faire un vrai combat contre Ban et Ginji. Les Get Backers se font conduire par Kagenuma vers Masaki. Masaki explique son rôle au Château de l'Infini à Ginji et pendant ce temps un combat entre Ban et Jackal fait rage. Quant au règlement de compte entre Jubei et Toshiki, il continu jusqu'au moment où Kazuki vient les séparer et Kazuki demande de l'aide à Ren.

Un combat entre Masaki et Ginji à lieu mais Ginji finis par utiliser ses compétences de l'empereur du Tonnerre pour vaincre son adversaire. Masaki lui explique alors tout à propos de Château de l'Infini, Brain Trust, Makubex et la place qu'il a dans tout ça. Kano découvre que Ren les a trahit mais Emishi et Shido arrivent au bout moment pour la secourir. Makubex, décide de détruire ses données afin de rétablir l'ordre au Château de l'Infini mais Ginji fait imploser tout le système électrique pour empêcher Makubex de se suicider. Grâce à la sauvegarde faite par Gen, Paul, Sakura et Ren, ils réinstallent le Château de l'Infini et ainsi éliminer la domination infligé par Brain Trust.