Mizuki Natsumi s'est fait voler son porte-clef souvenir par un flic ripou. Elle prend donc contact avec les Get Backers, une équipe de récupérateur composée de Midou Ban et Amano Ginji. Chacun possède un pouvoir hors du commun, Ban possède le Jagan, il a la capacité de faire alluciner une personne pendant une minute, quant à Ginji, il est capable de générer de l'énergie électrique avec son corps. A la fin de l'épisode, Natsumi est embauché dans le restaurant préféré des Get Backers, le "Honky Tonk" qui leur sert également de quartier général. Le patron du Restaurant se nomme Paul, il aide les Get Backers dans leurs travaux.

Ban et Ginji ne sont plus admis au "Honky Tonk" tant qu'ils n'auront pas remboursé leurs dettes. Après plusieurs jours à faire de la publicité pour leur organisation dans la rue, ils finissent comme des clochards, mourant de faim. Mais un sans-abris va leurs venir en aide. En échange, il demande au Get Backers de retrouver sa fille qui a été enlevée par un Yakuza.

Hevn, une intermédiaire des Get Backers, leurs propose un boulot. Le grand politicien Ohtaki Haruo c'est fait dérober un bien d'une grande valeur. Le "bien" est en ce moment acheminé vers Shinjuku par une équipe de livreurs très performant : Maguruma Gôzô (alias Mr. No Brake), Kudô Himiko (alias Lady Poison) et Akabane Kurôdo (alias Dr. Jackal). Les Get Backers accepte le job et auront 10% du contenu de la livraison si ils réussissent.

Ban et Ginji sont toujours à la poursuite des livreurs, mais ça se passe plutôt mal pour eux, Ginji est fait prisonnié des livreurs et Ban est abandonné sur le bord de la route. Suite à une discussion entre Ginji et Himiko, on découvre le passé de nos deux récupérateurs. Ban était à une époque très ami avec Himiko, jusqu'au jour, ou Ban tue le frère de Himiko pour une raison qui nous est encore inconnue. Quant au passé de Ginji, il était à une époque membre de Volts, connu sous le nom de Rentaï. Ban, va tout faire pour sauver son ami, il va jusqu'à utiliser son Jyagan mais on apprend que Ban peut utiliser son Jyagan qui trois fois par jour et il ne peut pas l'utiliser sur la même personne pendant 24H, sinon, c'est très dangereux pour sa santé. Les livreurs se lancent donc à la poursuite des récupérateurs sachant que Ban est désormais sans défense.

Les livreurs sont à la poursuite des Get Backers qui ont réussi à récupérer le colis. Deux duels vont être engendrés, Ban contre Himiko et Ginji contre Jackal. Chacun d'eux va utiliser son pouvoir pour vaincre son adversaire.

Les Get Backers sont cette fois-ci sur la trace d'un stradivarius qui a été dérobé à une jeune prodige du violon, Otowa Madoka. Il semblerait que le violon soit entre les mains d'Akustu Shunsuke, mais Shunsuke a chargé Fuyuki Shido de protéger le violon. Il se trouve que Shido est un membre des Volts (groupe où Ginji a été le leader et qui est maintenant remplacé par Fûchô'in Kazuki) et il en veut beaucoup à Ban d'avoir influencé Ginji pour quitter les Volts.

Après un combat entre Ban et Shido, où Ban sort vainqueur, Otowa finit par récupérer son violon, Shunsuke c'est finalement rendu compte que ce violon ne le rendrait pas meilleurs et préfère le rendre à son véritable propriétaire. Après ce geste qui pourrait sembler sympathique, il donne l'ordre aux frères Kurobe (les hommes de main de son père) d'éliminer la violoniste et l'équipe des Get Backers.

Les frères Kurobe sont des adversaires de taille, Ginji puise dans ses ressources pour venir à bout de Hishiki Ryuudo tandis que Shido est face à Kazuma, il va bien lui faire comprendre que c'est lui "The Beast Master".

Clay Man (l'homme d'argile) a dérobé un tableau de Van Gogh (le treizième tournesol), le gérant de la galerie, Mr. Hashisu, engage donc les Get Backers pour récupérer ce fameux tableau, mais un doute persiste, le tableau est-il est un vrai ou un faux? De plus, les Get Backers sont confrontés à deux ennemis, il se trouve qu'Himiko c'est associé à Clay Man.

Les Get Backers retrouvent la trace de Clay Man, mais ils sont tombés dans un piège tendu par Mr. Hashisu. Hashisu se révèle être quelqu'un qui s'intéresse uniquement à l'argent et veut donc détruire la galerie de Clay Man, ainsi que tous les témoins, afin de toucher l'assurance des tableaux. Mais les Get Backers ne sont pas décidé à le laisser faire!

Hevn a créé une nouvelle équipe pour un boulot dont elle ne connait pas toutes les spécificités. L'équipe se compose, de Ban, Gingi et Shido (les récupérateurs), Dr. Jackal et Himiko (les livreurs) et enfin Kazuki qui guidera l'équipe. Une équipe bien étrange, pour un boulot qui ne l'est pas moins! On ne connait pas les clients et ils laissent aucune trace derrière eux. Le colis se situe au Château de l'Infini, un endroit sordide ou des milliers de personnes sont venues habiter alors que les batiments n'ont jamais été terminés de construire, cette zone est exempte d'autorité, on ne la trouve même pas sur les cartes, elle est ignorié de tous. Pour Ginji, c'est un retour sur son passé puisqu'il a vécu dans cet endroit lorsqu'il était à la tête des Volt.

L'équipe s'est vu séparée à cause d'un poison mortel qui était censé l'arrêter. Ginji se retrouve avec Jackal tandis que Ban se retrouve avec Shido. Ban et Shido se font stopper par Magami Ryouma et Magami Ayame, des anciens chefs des Volts. Il semblerait que l'objet mystère, uniquement connu sous le nom du I.L., soit entre les mains d'un certain Macubex, un ancien chef des Volts également.

L'équipe est toujours séparée! Il semblerait qu'un traitre reigne au sein de l'équipe... et c'est Kazuki qui se rélève être le traitre en attaquant Himiko! Commment cela est-il possible? Un traitre! Un autre chose très étrange survient, Himiko n'est plus maître de ses mouvements, Makubex à trouver la moyen de la contrôler grâce à son "Wire Doll System". Après des actions bien étrange de la part de Kazuki et d'Himiko, Jubei le maître des aiguilles volantes vient mettre un terme à tout ça, mais Kuzaki préfère s'enfuire et Himiko est enlever.

Ginji et Jackal se font piéger pour une projection 3D créée par Makubex. Pendant ce temps, Himiko et Hevn qui étaient prisonnières de Makubex arrivent à s'achapper. Kazuki, suite à son échec face à Jubei est recueilli par Ren Kusuriya. Quant à Ban et Shido, ils croisent un nouvel ennemi, Fudo Takuma, connu aussi sous le nom de Fudo le medium, contre lui, le jyagan de Ban n'a aucun effet, mais un ancien Volt arrive au secour, Emishi Haruki qui fait parti de la résitance contre l'autorité de Makubex.

Emishi Haruki conduit Ban et Shido à la base "Anti-Makubex" mais ce n'est que pour mieux les piéger, il se trouve qu'Emishi Haruki est au service de Makubex. Mais Ban va réussir à la vaincre grâce à son Jyagan et il va même lui faire dire ce qu'est les I.L.! Les I.L. sont des lentilles d'implosion, pièces technologiques confidentielles qui permettent la création d'une bombe nucléaire. Dans le même temps, Ginji va trouver par hasard la planque de Makubex. De plus, des bruits courent comme quoi il pourrait avoir un traitre au sein de l'équipe...

Jackal et Ginji sont les premiers à pénétrer dans le repère de Macubex. Ils sont arrêter par Jubei et Kagami. Himiko et Hevn sont toujours à la recherche d'une issu et vont retrouver Kazuki. Ginji et Shido suivent les traces du parfum d'Himiko pour trouver le repère de Makubex. Toute l'équipe est donc dans la repère de Makubex mais encore séparée.

Toute l'équipe se retrouve enfin, mais cette réunion a été orchestré par Makubex, l'équipe suit tout le plan de Makubex sans le savoir. Le lieu de réunion de l'équipe est une pièce qui contient 6 portes numérotées de 1 à 6, chaque membre de l'équipe choisit de prendre une porte, le choix c'est fait par un lancé de dé. Jackal qui a emprunté la première porte se retrouve face à Macubex. Kazuki qui a pris le seconde porte se trouve nez à nez avec Emishi Haruki et Jubei mais Shido, qui avait emprunté la troisième porte arrive au même endroit que Kazuki. 

Deux combats s'enchainent, Shido engage le combat conter Emishi et c'est ensuite au tour de Shido de débuter un combat contre Jubei, sont amis devenu ennemi! Pendant ce temps, un homme mystérieux fait son apparition au café Honky Tonk

Shido décide d'emmener Emishi chez le médecin suite à son combat étant donné qu'Emishi était un ancien membres des Volts. Hevn qui s'inquiète de la santé de l'équipe accompagne Shido. Le combat fait rage entre les deux anciens amis d'enfance, Kazuki et Jubei. Jubei est né pour protéger Kazuki, c'est pour ça qu'il était son second à l'époque des Volts, mais Jubei ne croit plus en rien sous l'influence de Makubex. On apprend que tout ce qui arrive au château de l'infini est contrôler par la Cité de Babylone et l'objectif de Makubex est de mettre un terme à ça. La rumeur d'un traitre au sein de l'équipe s'avère véridique, et c'est Dr. Jackal le Judas!

Himiko est plongée dans une réalité virtuelle d'un ancien temple Maya et s'apprête à combattre Kagami qui se révèle être un homme très puissant venant de la cité de Babylone auquel ne peut faire face Himiko mais Ban arrive à la rescousse. Himiko, suite à son combat est très affaibli, Ban part donc seul et tombe nez à nez à Fudo

Le combat entre Fudo et Ban fait rage. Pendant ce temps, Ginji fait la rencontre de Teshimine Takeru, l'homme qui la prit et éduqué lorqu'il a été abandonné au Château de l'Infini. Cet personne retrace le passé de Ginji au Château de l'Infini et explique comment son pouvoir est né

Ginji devient de plus en plus l'Empereur du Tonnerre, il commence à détruire tous les systèmes électriques sur son passage, une véritable haine grandit contre ses ennemis, et son prochain ennemi n'est autre que Dr. Jackal, le traitre. En plein milieu du combat entre Ginji et Jackal, Ban vient contrer un coup porter par Jackal sur Ginji. 

Fudo revient à la charge alors que Ban, très affaibli en ayant protégé Ginji, le croyait mort. Heureusement, Shido vient contrer Fudo à la place de Ban. Mais un tour de Makubex faire apparaitre une armée des clones virtuels de Fudo. Shido devient impuissant mais Emishi et Kazuki viennent à son aide. Pour finir, l'équipe (sauf Himiko, toujours avec Jubei et sa soeur Sakura) se retrouve devant la porte ou se cache Makubex

L'équipe tente de dissuader Makubex de mettre son plan à terme, mais, il ne veut rien savoir, c'est donc un combat entre Makubex et Ginji qui s'engage dans un univers où l'on ne distingue plus le réel du virtuel

Ban va utiliser son Jyagan pour faire comprendre à Makubex que sa méthode pour que le Château de l'Infini soit libre n'est pas la bonne manière de faire. Makubex, perdu est désorienté, tente de se suicider