Dans un futur proche, des aliens ont colonisé la Terre. Personne ne les a jamais vus. Les humains vivent sous un régime de terreur entretenu par des milices. Un mur immense sépare la ville de Los Angeles en deux et les contrôles d'identité sont fréquents à différents check-points de la ville. Mais il existe aussi un réseau de résistance qui défie le nouveau pouvoir en place. Une famille, les Bowman, va devoir choisir son camp : soit collaborer et éventuellement retrouver leur fils disparu, soit entrer en rébellion...

Will est désormais officiellement employé par l'occupant. Après avoir reçu ses papiers et une voiture, il doit s'acquitter de sa première mission : retrouver la personne que la Résistance a payée pour dissimuler les explosifs qui lui ont valu d'être arrêté. Katie rejoint secrètement un groupe et espère ainsi protéger sa famille. Madeline, la sœur de Katie, essaie de gravir les échelons pour s'offrir une vie meilleure. Carlos subit les conséquences des actions de Will...

La première mission de Katie pour la Résistance lui permet de faire une découverte importante, mais l'amène à remettre en question son engagement. Geronimo prononce un discours sur des ondes pirates. Il a soigneusement préparé son intervention et, lorsque les autorités parviennent à le localiser, il est déjà parti. Les recherches de Will lui valent de devenir une cible de la Résistance. Par ailleurs, la petite amie de Bram révèle un secret au sujet de la zone qui entoure la colonie...

Will parvient à gagner la confiance de Phyllis. Elle explique que si la Résistance parvient à faire un coup d'éclat dans la zone, les représailles des envahisseurs sur la population locale pourraient être terribles. Pendant ce temps, Katie provoque elle-même l'explosion d'une petite bombe à son domicile pour faire croire à une attaque. Convoquée pour être interrogée, elle peut ainsi pénétrer dans les locaux de la sécurité intérieure.

Beau se rend chez Will pour lui annoncer le meurtre qui s'est produit la nuit dernière. Ils se rendent au domicile de la victime pour enquêter et découvrent que le tueur a peint en rouge l'inscription « Geronimo » sur un mur. Peu après, ils interrogent un colleur d'affiches de la Résistance, capturé par la milice. Celui-ci leur dévoile où se trouve la planque de ses complices.

Helena Goldwin reçoit un appel de sa hiérarchie, confiant qu'elle souhaite laisser Snyder mener ses projets à bien, quitte à le laisser échouer pour pouvoir justifier sa mise à l'écart ensuite. Peu après, le convoi où se trouve Will est pris en embuscade par des hommes de la Résistance. Il parvient à s'échapper avec Snyder, qui doit désormais lui faire confiance pour espérer rester en vie.

Will est sur le point de découvrir le secret de sa femme. Katie, quant à elle, se sent mise à l'écart de sa famille. De son côté, Madeline se retrouve dans une situation délicate...

Un haut gradé de la Résistance arrive et Katie se voit offrir une seconde chance. De son côté, Bram veut entreprendre un parcours périlleux...

Will veut emmener sa famille hors de la zone occupée. Katie et Broussard préparent une opération, tandis que Snyder essaie de protéger son poste. De son côté, Madeline tente un coup audacieux...

Après que la Résistance a réussi à prendre un otage éminent, la zone de Los Angeles est placée en état d'urgence...

Peu avant l'invasion extraterrestre, alors qu'il travaille pour le FBI à Los Angeles, Will soupçonne sa partenaire Devon d'être corrompue. Alors qu'il lui annonce vouloir demander une mutation, ils sont appelés - comme tous les agents de la ville - car des personnalités ont disparu. Alan, lui, est proviseur. Deux hommes viennent lui proposer de rencontrer leur mystérieux client, qui dit avoir une offre d'emploi très intéressante à lui faire.

En rendant visite à son fils Bram, Katie apprend qu'il est en cours de transfert et redoute qu'il soit en route pour l'usine. Elle se confie à Maddie, qui va tenter de demander à Nolan d'intervenir. Pendant ce temps, Will, qui est blessé, est soigné par Devon, son ancienne partenaire. Elle accepte de l'aider à retrouver Charlie. Il a une piste : son fils serait dans un gang dirigé par un truand nommé Salomon.

Un centre de recrutement de l'Autorité est attaqué par des hommes qui tuent tous les candidats, accusés de collaborer avec l'envahisseur. Peu après, Dan Bennett se dispute violemment avec Jennifer, lui reprochant son incompétence et son manque d'expérience. Elle recontacte Katie, espérant que celle-ci acceptera de lui livrer Broussard. Pendant ce temps, au camp de travail, Bram est passé à tabac.

Récemment nommée gouverneure générale, Helena plaide la cause du secteur de Los Angeles devant un parterre de représentants mondiaux des colonies. Elle obtient gain de cause en promettant une mise sous surveillance totale du secteur. Will, qui est rentré avec Charlie, est effondré lorsqu'il apprend que Bram a été arrêté. Katie et lui sont toujours en froid, mais ils font tout pour contenter Charlie. Ce dernier, qui a détesté Lindsey au premier regard, met discrètement le feu au précieux livre de la préceptrice qui rentre chez elle, choquée. Will s'aperçoit de la présence de caméras dans les alarmes incendie de toute la maison et en informe Katie. Le couple se promet de rester désormais soudé. Jennifer se voit affecter le lieutenant Bob Burke, au service de Bennett, chargé d'enquêter sur ses moindres faits et gestes...

Broussard et sa cellule parviennent à immobiliser assez longtemps un drone pour y fixer une caméra. Ils découvrent que le mur est un nid géant pour des milliers de drones et entendent des sons étranges qui pourraient être leur mode de communication. Will souhaite reprendre son poste afin de découvrir ce que Jennifer a appris grâce aux caméras cachées chez eux. Elle n'est plus dans le service et il fait l'objet de forts soupçons de la part de son patron, Dan, et de son nouvel équipier, Burke. Bram a accepté de servir d'informateur à Snyder, mais il joue un double jeu en proposant à Maya de lui fournir des informations qui les arrangent...

Katie et Will découvrent que le Yonk n'est pas sous surveillance. Par ailleurs, le fichier contenant des informations sur Bram ne peut s'ouvrir que depuis un ordinateur particulier. Pour ce faire, Will demande à Betsie de l'aider. Ils sont interrompus par Burke qui fait transférer Betsy, le jour même, en représailles. Broussard ne donne toujours pas de nouvelles aux membres de sa cellule. Eckhart ne supporte plus d'être enfermé dans le bunker. L'état de santé de Butch est alarmant. Il s'effondre dans les bras de Morgan qui court demander de l'aide à Katie. Will et elle réquisitionnent de force le docteur Weisman, qui vit paisiblement dans la zone verte. Son diagnostic est formel : Butch a été irradié et il ne lui reste que quelques heures à vivre...

Frankie Brun, une résistante, parvient à manipuler un homme à l'état de santé préoccupant pour le convaincre de devenir un kamikaze. Mais alors qu'il fait la queue pour pénétrer dans la zone verte, il prend peur et fait marche arrière. La jeune femme le fait alors exploser à distance. Will est chargé d'enquêter sur l'affaire. Katie, quant à elle, demande à ses amis de la Résistance de l'aider à décrypter le fichier contenant des informations sur Bram.

La gouverneure Helena Goldwin se réunit avec son équipe pour discuter des mesures à prendre après l'explosion d'un vaisseau spatial. Pendant ce temps, Dan Bennett convoque Will et Bob, leur reprochant d'avoir laissé s'échapper un membre de la Main rouge lors de leur dernière opération, Emmett Hallstadt. Katie, quant à elle, fait son retour dans la Résistance.

Un homme et une femme utilisent un vieil avion pour pénétrer dans le bloc de Los Angeles. Ils parviennent à sauter en parachute avant d'être abattus par un drone. Seule la pilote survit et réussit à s'enfuir. Helena Goldwin demande à Dan Bennett de faire tout son possible pour la retrouver. Pensant qu'il s'agit de quelqu'un appartenant à la Résistance, Will et Katie se lancent aussi à sa recherche.

Katie retrouve discrètement Maddie pour lui proposer de fuir le secteur avec elle. Mais Maddie la rejette en lui reprochant tous les problèmes liés au vol du fichier. Broussard passe un marché avec Noa : dès qu'elle aura récupéré le gant, son équipe et lui l'aideront à quitter le secteur de Los Angeles et rejoindront avec elle sa cellule du secteur de San Fernando. L’unité de Van Warmerdam, dite des «Vestes noires», interroge Maddie sur ses liens avec sa soeur. Pour leur prouver son dévouement à l'occupation, elle accepte de tendre un piège à Katie en prétendant accepter sa proposition de quitter la ville...

Une attaque de la Main rouge met la zone verte à feu et à sang. Bram sort en cachette de son abri et sa chef l'envoie participer à l'attaque avec un autre jeune soldat, Patrick. Ensemble, les deux hommes s'introduisent dans une maison, mais le jeune rebelle est abattu par l'occupant. Lorsqu'elle entend les coups de feu, Maddie s'enferme chez elle. C'est alors que Bram frappe à sa porte pour lui demander de l'aider à quitter la zone verte. Maddie parvient dans un premier temps à lui faire passer la grille mais lorsqu'elle comprend qu'il a participé à l'attaque, elle le dépose au bord de la route...

Suite à l’attaque de la Main Rouge ayant fait de nombreux morts dans la zone verte, Alcala demande à Nolan Burgess de se débarrasser de sa compagne Maddie. De son côté, Dan Bennett informe Alan Snyder que c’est justement à cause de cette dernière qu’un important fichier a été dérobé puis transmis à la Résistance. Pendant ce temps, Noa cherche toujours un moyen de récupérer le gantelet.

Will et Katie tentent de contacter des amis de Noa par radio, mais tombent sur un message crypté. En retournant au repaire de la Résistance, ils sont suivis par des ennemis, qui lancent alors un assaut, obligeant toute l’équipe à prendre les armes pour tenter de les repousser. Pendant ce temps, Dan Bennett informe Alan Snyder que tout le bloc de Los Angeles est évacué vers San Fernando.

Six mois après avoir fui Los Angeles, les Bowmans et Snyder profitent d'une vie simple dans les montagnes, jusqu'à ce qu'une arrivée soudaine change tout.

Will et Katie se mettent en danger pour entrer en contact avec la Résistance. Broussard parvient à réunir des secrets laissés derrière à Los Angeles.

Will évalue la sécurité du camp de résistance. Katie veut être plus impliquée. Broussard et Amy trouvent des survivants à l'extérieur du mur.

Le camp de résistance est fermé, ce qui fait que Katie et Will se sentent en danger. Broussard interroge les intentions d'Amy après qu'elle présente un plan risqué.

Pendant l'interrogatoire, Will, Katie et Snyder luttent pour garder leurs secrets.

Sur la route vers une nouvelle vie possible, la famille Bowman rencontre un danger. Après avoir reçu l'accueil d'un héros au siège de l'IGA, Snyder s'installe à la retraite.

Will trouve des indices qui pourraient bien révéler le secret dangereux de la colonie de Seattle. Katie aide les réfugiés. Bram prend en charge Gracie.

Katie soupçonne qu'il y ait un côté sombre dans son travail de réfugiée. Will trouve du travail pour Broussard et Amy dans une opération de résistance. Synder est de retour au travail pour l'IGA. Bram a un nouvel emploi.

Will, Broussard, Amy et Bram travaillent ensemble pour kidnapper un officier de l'IGA.

Will et Katie se demandent si leur famille était en sécurité à Seattle, alors que Snyder cherche des informations sur Everett Kynes et Amy se sépare de Broussard.

Will, Broussard, Katie et Amy aident les Outliers à faire face à une urgence. De son côté, Snyder se prépare à prendre d'assaut Seattle.

Will et les Outliers se battent pour sauver Kynes de l'armée de Snyder.

Pendant que Will fait un énorme sacrifice pour protéger sa famille, Katie tente de sauver les réfugiés. En parallèle, Snyder se bat pour contrôler une colonie plongée dans le chaos de la guerre, tandis que Bram et Gracie prennent une grande décision.