Terwijl Alex in training is bij de CIA, komt ze terecht in een wereld van dodelijke complotten dat oneindig veel mensen in gevaar brengt.

De nieuwe CIA-rekruten beginnen een counter-surveillance oefening, terwijl Alex en Ryan hun nieuwe relatie in stand proberen te houden. In het heden proberen Ryan en Raina het plan van de terroristen te dwarsbomen. Vertrouwen wordt een dodelijk wapen en niet iedereen is wie hij lijkt.

De nieuwe CIA-rekruten blijven trainen bij The Farm. In het heden dringt Alex binnen bij de terroristische groep die iedereen gegijzeld houdt. Ze is geschokt wanneer ze ontdekt dat niet iedereen een onbekende is.

De trainees krijgen een training dat hun stresslevel detecteert, terwijl Alex informatie los probeert te krijgen bij Owen. In het heden eisen de terroristen een ruil. Shelby komt tot een schokkende ontdekking.

Bij The Farm is Harry nog steeds achterdochtig omtrent Alex en Ryan en is vastbesloten om meer te leren over hun plan. Leon krijgt een speciale opdracht toegewezen door Owen. In het heden blijft Alex wegrennen voor de terroristen, maar ze krijgt te maken met haar zwaarste uitdaging tot nu toe.

Bij The Farm komen de trainees erachter dat ze moeten beslissen of een drone zal toeslaan of niet, waardoor Alex herinneringen krijgt over Simons offer. Shelby en Leons relatie begint meer vorm te krijgen. Nimah adviseert Alex en Ryan dat ze Harry niet moeten vertrouwen. In het heden betwijfelt Alex of ze Lydia kan vertrouwen, wat leidt tot een gevecht tussen hen.

Bij de Farm leert Owen de trainees over technieken die gebruikt kunnen worden bij een ondervraging, hij draait de rollen om en laat de studenten hem ondervragen. Shelby gaat undercover. In het heden wordt een nieuwe president beëdigd en Miranda maakt een moeilijke beslissing.

Bij de Farm leren Lydia en Owen de groep het belang van liegen en het breken met relaties. Een perfecte timing voor Alex, aangezien haar gevoelens voor Ryan niet meer hetzelfde zijn. In het heden proberen Alex en haar gezelschap het biologische wapen te vernietigen.

De recruiten leren hoe ze mensen moeten verleiden, wat Alex als een perfecte gelegenheid ziet om dichter bij Owen te komen, maar zal dat haar relatie met Ryan beïnvloeden? In het heden krijgt Alex eindelijk de antwoorden waar ze naar zocht over wie de terroristen zijn en wat ze aan het doen zijn.

Owen leert de recruiten het belang van verraad, met de missie om de Venezolaanse Gabriel Carrera tegen zijn land op te zetten. In het heden wordt Alex verplicht om met Miranda samen te werken om de gijzelaars te redden. President Claire Haas heeft een plan om de crisis voor eens en altijd te eindigen.

Alex probeert Owen te overtuigen van de verrader onder hen. De recruiten moeten een doelwit uit Duitsland zien te krijgen, maar hun doelwit heeft een doodswens. In het heden proberen de terroristen een nieuwe tactiek om informatie te krijgen van de gijzelaars.

De recruiten breken in bij de NSA tijdens een missie om al hun eigen persoonlijke informatie te verwijderen, maar de AIC heeft andere plannen. In het heden zetten de gijzelaars een plan op om de terroristen zichzelf te laten onthullen.

De recruiten leren hoe ze alles moeten vernietigen als ze worden ontmaskerd. Een mysterieuze dood leidt tot een FBI-onderzoek bij The Farm. In het heden gaat Alex terug naar de crisiszone en onthult de ware verrader binnen de CIA.

In de nasleep van de G20 gijzelingscrisis, zet president Claire Haas een illegale en geheime groep bij elkaar om een wereldwijde samenzwering te ontmaskeren. Dit brengt Alex en haar vrienden van zowel de FBI als de CIA bij elkaar.

Terwijl hun nieuwe leider (Hunter Parrish) de groep agenten beter leert kennen, leidt Owen een onderzoek naar de vreemde wereld van nepnieuws. Het opjagen van de uitgevers van een nepverhaal kan echter leiden tot dodelijke consequenties.

Wanneer Clay geforceerd wordt om zijn verloofde te betrekken bij een missie, denkt het hele team na over hun eigen persoonlijke connectie, of eigenlijk meer aan het gebrek daarvan. Er vindt een onverwachte wending plaats tijdens de missie. Harry heeft moeite met zijn plek te vinden binnen het nieuwe team.

Wanneer één van Alex' vrienden erin wordt geluisd voor een terroristische aanslag, proberen ze haar te helpen. Met de opkomende stemming voor een register voor Moslims, realiseert de groep zich dat de aanslag geen toeval was. Het team probeert enkele congresmannen over te halen om 'nee' te stemmen. Alex en Owen sporen een moordenaar op.

Een aangeslagen Clay gaat in gesprek met zijn moeder over de toekomst van de groep, maar hij wordt gestoord door bezoek van zijn broer. Alex leidt een operatie om om het plan van de medewerkers te onthullen, waarbij zij de reputatie van de President willen schaden. Tevens leert ze Owen om op zijn gevoel te vertrouwen.

Met alle medewerkers onthuld, gebruikt het team Clay en Maxine's verlovingsfeest om ze allemaal op één plek te krijgen. Hun missie: ze tegen elkaar opzetten. Terwijl iedereen hun leven riskeert, is er één teamlid dat een verrassende keuze maakt.

Alex werkt met Alex om binnen te dringen bij de werknemers. Wanneer ze haar loyaliteit testen, realiseert Alex zich dat ze een pion in hun plan is om de President en het team kapot te maken.

Nadat er een onmogelijke keuze is gemaakt, komen er nieuwe dingen aan het licht over het einddoel van de medewerkers. De groep krijgt hulp van enkele oude vrienden wanneer ze ervoor willen zorgen dat de medewerkers geen terroristische aanslag kunnen plegen.

Alex en het team vechten voor de laatste keer tegen de medewerkers tijdens het congres over de Grondwet, waar een nieuw amendement aan de Grondwet de vrijheid van iedere Amerikaan bedreigt.