Mientras entrena para la CIA, Alex se ve envuelto en medio de una conspiración mortal que amenaza a muchas personas alrededor del mundo.

Los nuevos reclutas de la CIA comienzan a realizar ejercicios de vigilancia, mientras que Alex y Ryan se adentran en su nueva relación. En el futuro, Ryan y Raina tratan de perturbar el plan de los terroristas para mezclarse con rehenes, mientras que la confianza se convierte en un arma mortal, ya que no todo el mundo es quien parece ser.

Los nuevos reclutas de la CIA siguen entrenando centrándose en la evaluación. En el futuro, Alex se infiltra en un grupo terrorista y se sorprende al descubrir que no todos son extraños.

Los alumnos son sometidos a un ejercicio de entrenamiento que pone a prueba sus niveles de estrés. A su vez, Alex intenta recopilar información y acercarse a Owen. En el futuro, la organización terrorista exige un trato, una medida que podría poner fin a la disputa.

Harry sigue sospechando de Alex y Ryan, y está dispuesto a saber más acerca de su plan. Mientras tanto, Leon es reclutado por Owen para una misión especial.

La relación entre Shelby y Leon alcanza un nuevo nivel y Nimah aconseja a Alex y Ryan que no se fien de Harry.

Owen enseña a sus alumnos técnicas de interrogación. Mientras Shelby trabaja encubierto.

Lydia y Owen enseñan al grupo la necesidad de mentir y cortar lazos. Alex se siente desconectada de Ryan personal y profesionalmente.

Owen le enseña a los reclutas el arte de la seducción en la granja. Y en el futuro, Hannah Wyland interroga a Alex sobre su época en la Granja y dentro de la Zona de Crisis.

Los reclutas aprenden la importancia de la traición.

Alex intenta convencer a Owen de que el traidor se encuentra entre ellos.

Los reclutas irrumpen en la NSA con la misión de borrar su información personal, pero el grupo de la CIA tiene otros planes.

Los reclutas aprenden lo que tienen que hacer si alguna vez se ven expuestos.

A raíz de la crisis de los rehenes del G20, la presidenta Claire Haas reúne a un grupo de trabajo ilegal y clandestino: Alex y a sus amigos del FBI y de la CIA para desenmascarar una conspiración global.

Owen lidera una investigación sobre el extraño mundo de noticias falsas. Pero cazar a los editores de una historia falsa podría tener consecuencias mortales.

Clay es obligado a utilizar a su prometida para una operación, lo que hace al equipo replantearse sus conexiones personales. Alex, mientras, forja un vinculo con un activo en el centro de una conspiración. Harry lucha por hacerse un sitio en el equipo.

Uno de los amigos de Alex está en el punto de mira por un ataque de terror doméstico. El cual fue programado para coincidir con una votación en la Cámara sobre un proyecto de ley de registro musulmán. Mientras tanto, Alex y Owen cazan a un asesino.

Clay se reúne con la Presidente para discutir el futuro del grupo de trabajo, pero él es interrumpido por la llegada de su hermano. Mientras tanto, Alex dirige una operación y le enseña a Owen a confiar en sus instintos.

Con todos los colaboradores al descubierto, el equipo utiliza la fiesta de compromiso de Clay para atraerlos al mismo lugar y ponerlos a unos en contra de otros. Mientras tanto, la decisión de un miembro del equipo pone en riesgo la vida de todos.

Arriesgando todo, Alex trabaja con Owen para infiltrarse en los Colaboradores. Cuando empiezan a probar su lealtad, Alex se da cuenta de que se convirtió en un peón en el plan para derrocar tanto a la Presidente como a su grupo de trabajo.

Un alud de nuevas proposiciones encienden una luz al final del plan de los Colaboradores. Golpeados pero no vencidos, el equipo, apoyado en viejos amigos, trabaja para unir todas las piezas antes de que los Colaboradores lancen un ataque terrorista.

En el episodio final de la temporada, Alex y el equipo lanzan un nuevo ataque contra los Colaboradores y la Convención Constitucional.Intentarán parar una nueva enmienda que amenaza con acabar con la libertad de todos los americanos.