Alex Parrish, una delle migliori reclute addestrate a Quantico dall’FBI, viene accusata di aver organizzato un attacco terroristico. L’agente Ryan Booth, che nel periodo dell’addestramento era stato incaricato dall’agente speciale Liam O'Connor di sorvegliare Alex sotto copertura, viene trovato ferito nell’appartamento della ragazza. Alex viene arrestata ma Miranda Shaw, il suo mentore a Quantico, l’aiuta a fuggire.

Alex irrompe nel suo appartamento per trovare prove con cui dimostrare la sua innocenza, nonostante le apparenze Ryan crede nella sua innocenza e si offre di aiutarla. Nel frattempo, in un flashback, i NAT ( New Agents' Training) hanno il compito di trovare potenziali minacce alla sicurezza nazionale.

Alex riceve delle informazioni in merito a suo padre al suo passato nell'FBI. Intanto le reclute imparano l'arte della scienza comportamentale e del profiling.

Un'esercitazione incentrata sul recupero di ostaggi spinge Alex a interrogarsi se non sia il caso di lasciare Quantico. Inoltre Alex trova un indizio che indica dei dubbi sull'innocenza di uno dei suoi compagni di corso.

Alex e Ryan si avvicinano sempre di più quando le reclute lasciano il campus per il loro primo incarico sotto copertura. Alex racconta la sua versione dei fatti in un'intervista pubblica.

Le reclute stanno facendo pratica di sorveglianza con Miranda e suo figlio. Shelby cerca di tenere Caleb a distanza, mentre Raina lascia che Simon le si avvicini sempre di più. Alex riceve aiuto quando decide di entrare nel sistema informatico dell'FBI.

Alcune reclute sono mandate a casa dopo un incarico dai risultati disastrosi. Alex continua a lavorare per provare la sua innocenza: si incontra con Raina e Nimah che però crea più domande che risposte.

Alex trova delle prove che indicano la presenza di un nuovo attentato dinamitardo. L'FBI arresta tutti i complici di Alex eccetto l'Agente Booth.

A Quantico un ex agente e profiler assegna alle nuove reclute lo studio dei casi sui serial killer. Nel futuro Alex si costituisce all’FBI e viene interrogata mentre la vita di Ryan è in pericolo.

A Quantico, nel corso di un'udienza disciplinare alcuni segreti vengono alla luce. Nel futuro, Alex e il resto della squadra devono lavorare di nascosto per trovare il vero attentatore prima che colpisca ancora.

A Quantico, le reclute hanno un lungo weekend di vacanza in occasione delle vacanze di Natale ma i segreti rivelati fanno si che non tutti hanno voglia di festeggiare. Nel futuro, viene scoperto il colpevole dell’attentato alla Grand Central Station.

A Quantico un nuovo gruppo di reclute si unisce alla classe di Alex. Nel futuro, Alex è testimone ad un’audizione del Congresso per i fatti legati alle due bombe esplose a New York.

Le reclute devono imparare a riconoscere potenziali informatori in un test tenuto al di fuori della base nel mondo reale. Nel futuro, Alex e Natalie affrontano una situazione di vita o di morte e devono condividere informazioni classificate.

Le reclute lavorano sulle tattiche di interrogatori durante i processi e sull’esame delle prove, mentre la tensione tra Liam e Drew esplode. Nel futuro Simon è alle prese con la sua nuova vita dopo quanto accaduto.

A Quantico, una cellula terroristica cerca di infiltrarsi nella base con gravi conseguenze per Miranda. Nel futuro, Alex riceve le istruzioni dal terrorista mentre la vita di Claire Hass è in pericolo.

Nel passato i nuovi agenti devono esercitarsi in una situazione che ricorda a Shelby un drammatico evento del suo passato. Nel futuro, Alex trova in Hannah un’ imprevista alleata mentre cerca di evitare che il terrorista colpisca di nuovo.

A Quantico, le reclute per devono passare il confine tra Stati Uniti e Canada come fossero immigrati clandestini. Nel futuro Simon continua ad aiutare Alex nella ricerca del terrorista , ma in questo modo mette la propria vita in pericolo.

Nel passato Alex, Shelby, e Iris scoprono alcune verità sorprendenti su Drew, Will e Caleb mentre indagano per ottenere l’autorizzazione a consultare informazioni classificate. Nel futuro, Alex contatta Claire Hass per cercare di scoprire dove sono gli amici scomparsi e viene a sapere cosa è successo a Caleb.

Quantico, nel giorno della carriera le reclute incontrano i rappresentanti di vari rami del FBI. Nel futuro, Alex è sempre alla ricerca del terrorista ed entra in contatto con alcuni conoscenti tra cui uno che sa lo scopo finale del terrorista.

A Quantico, Alex e Ryan si trovano a lavorare insieme quando i nuovi agenti vengono inviati a lavorare sul campo in vari uffici dell’FBI, il rapporto tra Shelby e Caleb cambia. Nel futuro, Alex non sa di chi fidarsi quando scopre nuove informazioni sull’uomo che ama.

Le reclute si preparano a lasciare Quantico e ritornare nel mondo reale per i loro nuovi incarichi. Nel futuro Alex scopre che qualcuno con cui aveva legato all’accademia aveva mentito e si ritrova al centro di un nuovo possibile attentato.

Quantico: finalmente arriva il giorno del diploma per tutte le reclute che sono riuscite a raggiungere questo traguardo. Nel futuro, Alex e la squadra che l’affianca si trovano faccia a faccia con il terrorista.