突如として現れ世界のすべてを喰らいはじめた謎の生物、アラガミ。すべてのアラガミを倒す決意を胸に、一人の少年がフェンリル極東支部へやってきた。少年の名は空木レンカ。レンカは教官・雨宮ツバキの下、同期の藤木コウタとともに、新人ゴッドイーターとしてさっそく厳しい訓練を課せられる。はやく実戦に参加したいと気持ちが募るレンカ。そんな時、アラガミが極東支部へと侵入してきた。思わぬ攻撃に作戦室の緊張が高まる中、事態を知ったレンカは決意を固める。

誘導装置の異変は、内部からのハッキング操作の可能性が高いことが判明する。ヴァジュラに囲まれ孤軍奮闘するリンドウ。新たな神機を受け取ったレンカは間一髪、リンドウの危機を援護する。突如アラガミが誘導不能になった理由を、何者かがもうひとつの誘導装置を設置したと推測し、リンドウはこれの探索・破壊を試みる。しかし、そこに現れるディアウス・ピター。苦戦するレンカとリンドウの元に、第一部隊のメンバーが駆けつける。

ディアウス・ピターをリンドウに任せ、先行してアジールの人々の救出に向かったレンカたちだったが、そこへピターが追い付いてきてしまう。その口元には、リンドウの腕輪が…。大きなショックを受ける第一部隊。だが、立ち止まる暇はない。ピターの脅威も去っておらず、依然危険にさらされたままのアジール。レンカは第一部隊のメンバーに、リンドウの想いを、命令を遵守すべきだと語る。｢仲間を信じろ。覆すんだ！｣ レンカの言葉が、仲間を奮い立たせる――。