Unos misteriosos seres vivos conocidos como Aragami aparecen repentinamente en la Tierra y comienzan a devorar todo a su paso. Decidido a destruir a todos los Aragami, un joven llega a la Sección de Extremo Oriente de Fenrir. Su nombre, Lenka Utsugi. Recién inscrito, Lenka y su compañero recluta Kota Fujiki comienzan un duro entrenamiento como God Eaters bajo las órdenes de Tsubaki Amamiya. Deseando entrar en combate real, el deseo de Lenka se hará realidad cuando los Aragami se infiltren en la Sección de Extremo Oriente. Mientras sus nervios aumentan en la sala de estrategia, también lo hace su determinación.

Unos misteriosos seres vivos conocidos como Aragami aparecen repentinamente en la Tierra y comienzan a devorar todo a su paso. Decidido a destruir a todos los Aragami, un joven llega a la Sección de Extremo Oriente de Fenrir. Su nombre, Lenka Utsugi. Recién inscrito, Lenka y su compañero recluta Kota Fujiki comienzan un duro entrenamiento como God Eaters bajo las órdenes de Tsubaki Amamiya. Deseando entrar en combate real, el deseo de Lenka se hará realidad cuando los Aragami se infiltren en la Sección de Extremo Oriente. Mientras sus nervios aumentan en la sala de estrategia, también lo hace su determinación.

En su camino a la sede del lejano oriente,el avión de transporte de la sede rusa es atacado por una gran horda de pequeños Aragami. En el avión viaja Alisa, una God Eater New-Type como Lenka. La primera unidad recibe la orden de encontrarla y llevarla de vuelta sana y salva. El equipo está decidido a protegerla y a ofrecer resistencia, cuando de repente, llegan refuerzos de los Aragami y la situación empeora. Lindow y Lenka parten a rescatar a Alisa, pero ella los rechaza. ¿Por qué Alisa es tan reticente a abandonar el avión...?

Lenka regresa de la exitosa misión de rescatar a Alisa y es asignada a la 1.ª Unidad junto con Alisa y Kota. Entra en la ciudad por primera vez por invitación de Kota y se entera de la existencia de Aegis Island, que es apenas visible en la superficie del agua en la distancia. El Proyecto Aegis es la principal prioridad de Fenrir Far East Branch, que ha estado avanzando para construir un refugio en una isla gigante para proteger a la humanidad de la amenaza de Aragami. Mientras tanto, mientras Alisa se somete a un examen médico, recuerda los ojos de Lenka, que describe crípticamente como 'Ужас' (uzhas), que significa horror en ruso. Y los tres emprendieron su primera misión como God Eaters de la 1ra Unidad.

Lenka está frustrado tras descubrir que el Proyecto Aegis todavía necesita mucho tiempo. Para completar el proyecto son necesarias enormes cantidades de Oracle, un recurso natural que debe extraerse de los Aragami. Con Lenka estupefacto, Soma le aparta del medio y le explica que lo único que pueden hacer es cazar Aragami. Los veteranos God Eaters Lindow y Soma no están disponibles cuando llega la nueva misión, con lo que Sakuya, a quien han dejado al cargo, decide ir a cazar Aragami menores. Pero sabiendo que a mayor sea el núcleo extraído, más rápido se completará el Proyecto Aegis, Lenka sugiere que en la misión den caza a Aragami de mayor tamaño. Cuando Kota y Alisa acceden a la petición de Lenka, Sakuya decide llevarse a los tres novatos a dar caza a un Aragami de gran tamaño... Vajra.

Lenka y Alisa son rescatados de un violento ataque de un Aragami, y Lindow los lleva a Asyl, un lugar en el que aquellos que fueron rechazados por la Sede del Extremo Oriente se refugian, viven, y se apoyan entre ellos. Haciendo la ronda con Lindow, Lenka presencia algo impactante. Lenka es incapaz de responder a Lindow cuando este le pregunta por qué quiere destruir a los Aragami. En ese momento, un Vajra aparece con intención aparente de atacar Asyl, y Lindow ordena a Lenka que vuelva al asentamiento para protegerlos a todos, no sin recordarle que no debe morir nadie, ni tan siquiera él.

Lenka y Alisa regresan a la Sede del Extremo Oriente, pero Alisa sufre de estrés post-traumático y el God Arc de Lenka ha sufrido graves daños, con lo que retiran a ambos del servicio temporalmente. Los recuerdos de su batalla con el brutal Dyaus Pita siguen torturando a Alisa, y su incapacidad para controlar su miedo le frustra. Cuando Lindow pregunta por qué unos poderosos Aragami se dirigen hacia la Sede del Extremo oriente, Tsubaki le muestra unos datos que lo dejan sin palabras. Mientras tanto, el Dr. Sakaki investiga cómo es posible que el God Arc de Lenka se haya roto. Pese a la carencia de Nuevos Tipos, el director de la Sede está por comenzar una nueva estrategia de batalla.

La sobreadaptación de Lenka a las Células Oracle está provocando cambios en su cuerpo. Lenka se ve en un dilema cuando le explican que, aunque no podrá librarse de la inevitable muerte, si deja de ser un God Eater tal vez pueda prolongar su vida un tiempo. Mientras tanto se celebra una reunión sobre la "Estrategia Meteorito", la misión crucial que permitirá ejecutar el Plan Aegis. A Lenka le reconocen sus habilidades tácticas y es escogido como líder, aunque descubre que el resto de unidades evitan a Soma, a quien han calificado como "shinigami", pero esto le servirá para descubrir el pasado que le ocultaba.

Hace quince años, la familia Utsugi encuentra un bebé abandonado y deciden acogerlo. Llaman al bebé Lenka, y es criado amorosamente por su madre adoptiva, su padre y su hermana mayor Iroha. Viven en Agir, una comuna de refugiados. Un día, Lindow Amamiya, un God Eater, aparece y anima a todos a hacerse la prueba del parche. Se considera que cualquier persona que dé positivo tiene los atributos de un God Eater, y se le permitirá ingresar a Fenrir, incluidos los parientes relacionados con la sangre. El padre de Lenka desprecia este método discriminatorio de selección. Sin embargo...

La Operación Meteorito, un plan para atraer a Aragami con un dispositivo de guía recientemente desarrollado, es fundamental para completar el Plan Aegis. Lenka no puede unirse a la unidad debido a los ajustes que deben hacerse en su God Arc, pero Lindow le recomienda que comande el campamento base avanzado. Alisa se reincorpora a la unidad, pero los demás parecen sentirse incómodos a su alrededor. La Operación Meteorito comienza con éxito, pero de repente los Aragami se alejan de los dispositivos de guía y se dirigen al noroeste. Lindow es enviado a hacer un reconocimiento y se da cuenta de que los Aragami están convergiendo en Asyl, el asentamiento al que Lindow ha estado ayudando.

Existe una alta posibilidad de que la irregularidad en los dispositivos de guía se deba a una piratería interna. Rodeado por Vajra, Lindow continúa su batalla solitaria. Lenka adquiere un nuevo God Arc y saca a Lindow del peligro en el último momento. Razonando que alguien debe haber colocado otro dispositivo de guía que de repente distrajo a los Aragami, Lindow se propone encontrarlo y destruirlo. Pero Deus Pita aparece ante él. Es una batalla cuesta arriba para Lenka y Lindow, pero la 1.ª Unidad llega para ayudar.

Dejando a Lindow para que se encargue de Deus Pita, Lenka y los demás se apresuran a ir a Asyl para rescatar a la gente de allí. Pero Pita los alcanza, con el brazalete de Lindow colgando de su boca... La 1ª Unidad está en estado de shock, pero no tienen tiempo que perder. De repente, Pita amenaza la seguridad de Asyl. Lenka suplica a los miembros de la 1.ª Unidad que recuerden el deseo de Lindow y sus órdenes, e inspira al equipo con sus palabras: '¡Cree en tus amigos! ¡Destrúyelo!'