갑자기 나타나 세계의 모든 것을 먹기 시작한 수수께끼의 생물, 아라가미. 모든 아라가미를 쓰러뜨릴 결심을 하고, 한 소년이 펜릴 극동지부로 왔다.소년의 이름은 공목렌카.렌카는 교관·아메미야 츠바키아래, 동기인 후지키 코타와 함께, 신인 갓이터로서 즉시 혹독한 훈련을 받게 된다.빨리 실전에 참가하고 싶은 마음이 점점 더해가는 렌카.그러던 중 아라가미가 극동지부로 침입했다.생각지도 못한 공격에 작전실의 긴장이 높아지는 가운데, 사태를 안 렌카는 결의를 굳힌다.

스스로의 신기를 손에 들고 뛰쳐나온 렌카.상처받은 에릭을 구하려고 싸우는 렌카에게 제1부대의 갓이터인 소마, 린도, 사쿠야가 나타난다.단지 아라가미·바쥬라는 강하고, 린도들도 공격해 지쳐, 렌카는 상처받아, 쓰러져 버린다.렌카가 정신을 차렸을 때 그곳은 독방이었다.명령위반죄로 구속된 것이다.'너는 나오지 말았어야 해'라고 내뱉는 동백나무.그 무렵 러시아 지부를 출발해 극동 지부를 목표로 하는 새로운 갓 이터가 있었다.

러시아 지부로부터 극동 지부를 목표로 하는 수송기를 소형 아라가미의 대군이 덮친다.그곳에는 렌카와 마찬가지로 신형 신기를 모는 갓이터 알리사가 탑승하고 있었다.린도 등 1부대는 렌카를 데리고 알리사의 구조를 시도하려 하지만 알리사는 제의를 거절한다.알리사를 지키기 위해 엄호하는 렌카들이었지만, 거기에 또 다른 아라가미의 원군이 접근해 상황은 악화. 린도는 렌카를 데리고 직접 알리사를 구조하러 가지만 알리사는 완강히 동행을 거부한다.알리사가 수송기를 떠나고 싶어하지 않는 그 이유는…….

알리사의 구조 임무에서 무사히 귀투한 렌카는, 제1 부대로의 배속을 알린다.알리사와 동기인 코우타 역시 제1부대 배속이 됐다.코우타의 권유에 처음 시가지로 나온 렌카는 멀리 떨어진 바다 위에 떠 있는 에이지스 섬의 존재를 알게 된다.펜릴 극동지부는 아라가미의 위협으로부터 인류를 보호하기 위해 거대한 인공섬을 피난터로 삼아 전 인류를 수용하는 에이지스 계획을 최전선에서 진행하고 있는 것이다.

에이지스 계획 달성의 길은 아직 멀다는 것을 알고 당황하는 렌카.에이지스 계획을 실현하기 위해서는 더 많은 양의 알라클 자원이 필요했다.그런 렌카를 뒤에서 걷어차버리는 소마."우리가 할 수 있는 것은, 아라가미를 쓰러뜨린다....그것 뿐이잖아」. 베테랑 신기사인 린도와 소마가 부재중이기 때문에, 다음 작전의 타겟으로부터 위험한 대형종의 아라가미를 제외하는 사쿠야. 하지만, 대형종이 가지는 큰 코어가 에이지스 계획의 달성에는 보다 공헌할 수 있다고 생각한 렌카는 대형종의 토벌을 제안.코타와 아리사도 그 제안에 동조하고 사쿠야는 신인 3명에게 반쯤 밀리는 형태로 대형종 아라가미 바주라 토벌 임무를 선택한다.

대형종 아라가미 바주라 2구의 토벌 임무 중, 동족이어야 할 아라가미를 잡아먹는 이질적인 검은 바주라를 만난 렌카, 알리사, 코타, 사쿠야의 4명.그 엄청난 힘 앞에 제1부대는 뿔뿔이 흩어지고, 렌카는 정신을 잃은 알리사를 데리고 가까운 폐허로 도망친다.신기가 꺾여 자신도 큰 상처를 입은 렌카는 거기서 탈진해 버린다.알리사도 앞선 혼란으로 신기를 잃고, 일찍이 눈앞에서 부모를 검은 바주라에게 살해당했다는 어린 시절의 기억이 선명하게 되살아난 알리사는 공포에 사로잡히고 만다.거기에 추격하듯, 만신창이인 두 사람이 도망친 폐허로 우가태일의 무리가 다가간다.

아라가미의 습격에서 겨우 구출된 렌카와 아리사가 린도에게 끌려간 곳은 펜릴 극동지부 내 거주지역 입주를 허가받지 못한 사람들이 옹기종기 모여 살고 있는 아지르(대피소)였다.린도와 함께 주위를 둘러보던 렌카는 놀라운 광경을 목격한다.아라가미를 쓰러뜨리고 싶은 것은 무엇때문인가, 라고 렌카에게 묻는 린도에게 잘 대답하지 못하는 렌카.바주라가 아지르로 쳐들어가려 할 때 린도는 렌카에게 명령한다."너는 돌아가서 모두를 지켜라" "그리고 말이야…… 누구 하나 죽는 것은 허씨.……너도 말이야."

극동지부로 무사히 돌아왔지만 정신적인 불안정성이 가시화된 알리사와 신기에 큰 손상을 입은 렌카에게는 휴대를 명령받는다.흉포한 바줄라의 변이종 디아우스 피터와의 전쟁으로 과거의 인연이 플래시백하고 트라우마에 대한 공포와 원수에 맞서 아무것도 하지 못한 자신의 한심함에 괴로워하는 알리사.극동지역을 향해 강력한 아라가미들이 모여들고 있는 것에 의문을 제기하는 린도에게 동백은 어떤 우려를 잉태한 데이터를 나타낸다.한편 렌카 신기가 부러져 버렸다는 이상 사태에 대해 사카키 박사가 조사를 시작한다.그리고, 신형 신기사의 2명을 결한 채, 지부장은 새로운 작전을 개시하려고 하고 있었다.

렌카의 몸에 일어났던 이변.그것은 오라클 세포의 과잉 적합에 의한 것이었다.죽음의 운명은 피할 수 없지만 갓이터를 은퇴하면 약간의 연명이 가능하다는 소식을 듣고 결단을 내려야 하는 렌카. 때마침 에이지스 계획 완수를 위한 중요한 미션 메테올라이트 작전의 브리핑이 이루어졌다.거기서 렌카는 지휘 능력을 인정받아 리더로 임명되게 된다.동행하는 소마가 다른 부대 인간들로부터 저승사자로 지목받고 있음을 알게 된 렌카에게 사카키가 말한다.참혹한 운명.자네와 마찬가지로 그도 그 피해자라고 말할 수 있겠지……" 소마의 숨겨진 과거를 안 렌카지만…….

15년 전 한 아기가 빈집털이에게 주워졌다.아기는 렌카라는 이름을 얻었고, 아버지와 어머니, 그리고 언니 이로하의 사랑을 받으며 무럭무럭 자라났다.렌카들이 사는 것은, 난민들이 공동생활을 하는 아지르. 어느 때, 갓이터의 "아메미야 린도우"가 이 아지르를 방문한다.린도는 난민들에게 패치 테스트를 받으라고 권유하러 온 것이다.양성반응이 나오면 갓이터로서의 적성을 인정받아 그 인물과 혈연자만은 펜릴로 받아들이겠다는 것이다.렌카의 아버지는 사람이 사람을 가려내는 그 행동에 거부감을 보이는데.

「에이지스 계획」완수를 위한 중요한 작전, 신개발의 장치를 이용해 아라가미를 유도해 섬멸시키는"메테오 라이트 작전"이 시동.렌카는 신기의 조정이 늦지만 린도의 천거로 지휘관으로서 작전참가가 결정된다.회복한 알리사의 참전도 정해지지만, 렌카달 제1 부대는 복귀한 알리사의 모습에 위화감을 느끼는 것이었다.당초 순조로웠던 메테오라이트 작전이었지만 갑자기 유도장치의 기능에 반해 아라가미가 일제히 북서쪽으로 이동하기 시작한다.이변을 감지하고 정찰을 지원하는 린도.아라가미가 모인 곳은 린도가 지원하는 아지르였다.

디아우스 피터를 린도에게 맡기고 앞서 아지르 사람들을 구출하러 나선 렌카들이었지만 그곳으로 피터가 쫓아오고 만다.그 입가에는 린도의 팔찌가.큰 충격을 받는 제1부대. 하지만 멈출 틈이 없다.피터의 위협도 사라지지 않고, 여전히 위험에 노출된 채인 아지르. 렌카는 제1부대의 멤버에게, 린도의 생각을, 명령을 준수해야 한다고 말한다.동료를 믿어라.뒤집는 거야!」렌카의 말이, 동료를 분발시킨다--.