父親の借金のせいで住む家をなくした桃園奈々生は、公園で怪しげな男・ミカゲから家を譲られる。しかし行ってみた先は廃神社。実はミカゲは土地神で、奈々生に神の印を与え社を譲ったのだった。そこに居たのは狐の妖怪・巴衛。巴衛はミカゲに仕える神使であったが、新しい主の奈々生を受け入れようとはせず出て行ってしまう。残された奈々生は巴衛を捜すため、あやかしの世界に足を踏み入れることになり…

巴衛が神使になり、ミカゲ社で暮らしはじめた奈々生。ある日、奈々生の通う高校に超人気ビジュアル系アイドル・KURAMA(鞍馬)が転入してくる。奈々生は鞍馬見たさに学校に行こうとするが、神の印のせいで妖怪に狙われやすいため巴衛に止められる。それを押し切り学校に行った奈々生だったが、鞍馬に冷たくあしらわれすっかり幻滅。しかし、なぜか鞍馬の方が奈々生に興味を持ちはじめ…

ミカゲ社に、ミカゲと友好関係にあった沼皇女が挨拶にやってくる。巴衛は人間の娘が土地神になったと知られてはまずいと考え、奈々生を会わせずその場をやり過ごそうとするが、奈々生が部屋に入ってきて計画は丸つぶれ。しかし、沼皇女からは意外な相談を持ちかけられる。人間の男の子に恋をしてしまい縁を結んで欲しいというのだが、妖怪と人間の恋は禁忌。巴衛は一蹴するが、沼皇女の恋する姿を見た奈々生は協力に乗り出す。

学校に迷い込んだ白蛇を助けた奈々生。その時、白蛇からの一方的な婚約の印を腕に付けられてしまう。巴衛は白蛇から奈々生を守るため、人間に化けて奈々生のクラスに転入することに。しかし2人が少し離れた隙に、奈々生は白蛇の化身・瑞希に攫われてしまう。瑞希はヨノモリ社の神使で、奈々生を自分の社に連れていき求婚をする。奈々生はそれを断り帰ろうとするが、歩いても歩いてもヨノモリ社に戻ってしまい抜け出せず…

ミカゲが神の印を奈々生に譲ったことを知った雷神・鳴神姫が、印を奪いにやってくる。それを阻止しようとした巴衛だったが、打出の小槌で体を幼児にされてしまい、奈々生も神の印と社を奪われてしまう。しかも巴衛は体が小さくなったことで熱を出し倒れてしまった。巴衛を元に戻すには、鳴神姫の神使になるという条件をのまなくてはならない。そんな巴衛を抱え路頭に迷っていた奈々生の前に、鞍馬が現われて…

神と神使の再契約のキスをした奈々生と巴衛。その日から巴衛を見るとドキドキしてしまう奈々生。巴衛は朝食を食べている奈々生が熱を出していることに気付く。しかし出席日数が足りない奈々生は、巴衛が止めるのも聞かず学校に行こうとする。すると虎徹の提案で、巴衛が奈々生に化けて代わりに学校にいくことに。完璧に化けたつもりの巴衛に、鞍馬が近づいてきて…。一方、巴衛が不在と聞いて、奈々生のもとに瑞希が訪ねてくる。

水族館に行って以来、巴衛と自然に接することができない奈々生。巴衛の態度は変わらないが、奈々生にこれまでのように触れてはこない。元気のない奈々生を見たあみは、奈々生を海水浴に誘う。しかし、巴衛は海に入れない理由があるといい、奈々生を守ることができないと反対するが、結局、瑞希と巴衛も一緒に行くことに。海水浴を楽しむ奈々生たちだったが、あみが溺れてしまい、助けるために巴衛が海の中へ入ることになり…

過去に巴衛が奪った龍王の右目を取り戻すため、時廻の香炉で過去に行く奈々生と瑞希。そこで右目を持った野狐の巴衛と出会う。奈々生は巴衛を尾行した民家で、人間の女性・雪路と恋仲であることを知りショックを受ける。巴衛が龍王の右目を盗んだのは、雪路の病を治すためだった。巴衛が去った隙に龍王の右目を盗もうとした奈々生だったが、雪路が苦しみ始めたため、不老長寿の効果があるという右目を雪路に与えてしまう。

今より数百年前――。神堕ちと契約し、その契約が果たせなかったため呪を受け瀕死状態にあった巴衛は、土地神・ミカゲと出会う。ミカゲはその呪いの進行を止めるため、巴衛に忘却の暗示をかけ過去を忘れさせた。その後、回復した巴衛はミカゲの神使となったが、社の外では傍若無人な振る舞いでミカゲを困らせていた。神使であることに迷いを感じていた巴衛であったが、次第にミカゲを慕うようになっていく。

奈々生と巴衛は学校に行き、社で留守番中の瑞希は、その不公平さを感じていた。瑞希はテレビに映ったアイドルの鞍馬を見て、人間社会に溶け込む妖術を学ぼうと、鞍馬に会いに街にでかける。人間に慣れていない瑞希は途中、キャッチセールスで高額なシールを買わされたり、怖い人にからまれたり、タクシーを無賃で乗ってしまったりとトラブルをおこす。偶然通りかかった鞍馬に助けられ、一緒に番組の打ち上げに参加するが…

今日も参拝者ゼロのミカゲ社。実は近くの住人から｢お化け神社｣｢廃神社｣と呼ばれ、敬遠されていた。そのことを知った奈々生は、なんとか人に来てもらおうと、ミカゲ社で祭を企画する。巴衛は奈々生では祭事は荷が重いと反対するが、奈々生が自分のために参拝者を増やしたいと考えていることを知り協力をすることに。祭では奈々生が神楽舞を踊ることになり、巴衛の厳しい指導のもと必死で練習する奈々生であったが…

ミカゲ社に蔓延る瘴気を払うことができず、土地神としての自信をなくした奈々生は、ミカゲ社を出ていってしまう。巴衛と瑞希が街中を必死に捜すも見つからない。そのころ奈々生はもう一度、瘴気を払うことを決心しミカゲ社へ。しかし、どんどん瘴気が濃くなっており、木々は枯れ、まるで廃神社のようになってしまったミカゲ社。奈々生は土地を清めるため、巴衛から教わった神楽の舞を踊る。