Blindspot parte de una atractiva mujer, sin recuerdos de su pasado, que aparece desnuda en Times Square cubriendo su cuerpo solamente de tatuajes intrincados. Su descubrimiento pone en marcha un gran y complejo misterio que llama inmediatamente la atención del FBI, que comienzan a seguir la hoja de ruta en su cuerpo para revelar una conspiración más amplia de delito y, de esa manera, descubrir la verdad sobre su identidad.

El equipo resuelve un enigmático tatuaje que apunta al sargento Arthur Gibson, un piloto de la Fuerza Aérea con un doloroso pasado y una agenda letal. Jane sigue buscando pistas sobre su identidad y es torturada por destellos de un recuerdo que la obliga a cuestionar su pasado. Mientras tanto, Weller cree conocer la verdadera identidad de Jane.

Un equipo de ladrones casi logra el atraco perfecto, excepto un ladrón - con un tatuaje idéntico al de Jane, que es capturado en la escena del crimen. Mientras tanto, Jane recibe la visita - y una advertencia ambigua -Del misterioso hombre barbudo de su primera memoria, asi como Weller y Mayfair luchan con el papel de Jane en el equipo.

Patterson y su novio experto en rompecabezas, David, descifran una clave de tatuaje que envía el equipo a los centros para el Control de enfermedades (CDC). Mientras que en el CDC, el equipo descubre un mensaje oculto en el cuerpo de Jane que descubre un complot que podría tener consecuencias mundiales catastróficas. Mientras tanto, Jane y Weller se acercan.

Después de que una situación de rehenes aparentemente sencillo resulta tener consecuencias internacionales más profundas, la CIA y el FBI se encuentran compitiendo unos contra otros para aprehender el mismo penal con una historia oscura. Carter expresa su preocupación por la confiabilidad de Jane, causando fricción con Mayfair y pruebas la lealtad de Reade al equipo. La familia de Weller resulta abrumadora para Jane mientras ella lucha con su identidad.

Cuando un asesinato lleva al equipo a una aplicación peligrosa que permite a los delincuentes rastrear vehículos del gobierno, tienen que trabajar con el creador de la aplicación para hacerlos caer. Jane y Weller intentan mantener su relación profesional. Zapata lucha con un problema moral .

Uno de los tatuajes de Jane envía el equipo a un lugar remoto donde se encuentran cara a cara con un peligroso criminal en un caso que pone a prueba la tensa relación entre Jane y Weller y amenaza con exponer los secretos de Mayfair. Mientras tanto, Patterson rompe las reglas para resolver un tatuaje rompecabezas.

Después de que un oficial de policía es asesinado, Patterson descubre un tatuaje inquietante que parece haber predicho su muerte, y el equipo persigue una pista violenta para detener nuevos ataques. Mayfair revela secretos de su pasado a Weller, poniendo a prueba su relación.

Jane y Weller van de incógnito como un par de asesinos de clase mundial para evitar que cierta información caiga en manos equivocadas. La asignación íntima los atrae más cerca que nunca. Mientras tanto, David se embarca en una misión en solitario para recuperar a Patterson, y Carter se enfrenta con Mayfair sobre cómo manejar a un individuo peligroso.

En este emocionante episodio del final de la mitad de la temporada, el equipo tiene que perseguir una llamada que ha activado un espía durmiente. También tendrán que darse prisa para poder parar una serie de asesinatos.

Jane se recupera del impacto que le producen las masivas revelaciones de sus tatuajes y se enfrenta con la posibilidad de confiar en Oscar. Uno de sus tatuajes lleva al equipo a un descubrimiento sorprendente en el Mar Negro.

El equipo expone una trama siniestra. Jane recuerda su propio pasado militar misterioso y contempla una nueva relación con Oscar.

Después de que se revela que hay un topo dentro de la Oficina del FBI en Nueva York, el equipo deberá enfrentarse al examen profundo del inspector Fischer. Los secretos más profundos del equipo están a punto de ser expuestos y todo el mundo es un posible sospechoso pero algunos, especialmente Jane, tienen más cosas para ocultar.

Una llamada anónima lleva al equipo a investigar un caso urgente sobre una muerte, Zapata va encubierto. Después de casi ser descubierta durante la búsqueda del topo, Jane considera dejar el FBI.

Después de que una pintura igual a uno de los tatuajes de Jane es robada de una galería, el equipo descubre que Jane es el verdadero objetivo. 

Después de que un camión blindado es robado, el equipo descubre que los objetos hurtados son armas químicas y tienen que apurarse para frustrar un complot terrorista. Mientras tanto, Jane se enfrenta con un recuerdo confuso de Welle, y Patterson recibe una llamada telefónica de alguien de su pasado.

Después de que Patterson descubre un mensaje oculto en el crucigrama del New York Times, se embarca en una búsqueda de un tatuaje que la conduce hacia el peligro. Oscar finalmente le dice a Jane más acerca de quién era ella, y Weller busca la opinión de su padre acerca de quién pudo haber secuestrado a Taylor Shaw.

Con el fin de capturar a un peligroso criminal internacional, Jane y Weller se ven obligados a colaborar con Rich DotCom. Jane debe decidir si correr el riesgo de hacerle daño a Weller por cumplir con una orden moralmente cuestionable de Oscar.

Cuando se desata un tiroteo en una escuela durante la investigación de un tatuaje, el equipo se divide para acabar con el tirador. Por otro lado, Mayfair hace frente a algunos problemas de su pasado.

Cuando una misteriosa joven con una conexión con un tatuaje cae al cuidado de Borden, él lleva su caso al equipo del FBI - pero sus vínculos con una organización terrorista resultan peligrosos para ellos. Mientras tanto, una conflictiva Jane comienza a acercarse de nuevo a Weller, y una amistad florece entre Borden y Patterson.

Unos hackers criminales se infiltran en el edificio del FBI, atrapando al equipo en el interior. Mientras luchan para encontrar una salida, Mayfair, Zapata, Reade y Sarah hacen frente a sus conflictos personales.

Luego de que un bebé abandonado es encontrado con un tatuaje idéntico a uno de Jane, el equipo se apura para reconstruir la identidad del niño. Jane furiosa se enfrenta a Oscar por el resultado de sus misiones secretas.

Weller busca la verdad en una afirmación desgarradora y confusa. Jane contacta a un ex sospechoso en busca de ayuda con Oscar. Mientras tanto, el resto del equipo lucha para ayudar a un amigo.