은둔형 외톨이에 오타쿠인 카노 신이치는 어느 날 어뮤텍의 오타쿠 테스트를 풀게 된다. 그리고 결과는 만점 통과! 어뮤텍은 신이치 같은 인재를 계속 기다리고 있었다며 그를 처음보는 이세계로 보내버리는데...

목이 달아날 위기에서 벗어나 황제 페트랄카의 맘에 들게 된 신이치. 페트랄카의 전면적 허가와 정부의 지원으로 본격적 문화 전파활동을 시작하게 된다. 그러나 신이치는 오타쿠 문화를 전파함에 있어 커다랗고 근본적인 문제점을 깨닫게 되는데...

좀 더 많은 이들에게 오타쿠 문화를 전파하기 위해 페트랄카의 허가하에 학교를 세우는 신이치. 그러나 그럼에도 뮤셀만을 위하는 듯한 신이치가 페트랄카는 영 맘에 들지 않았다. 한편 이러한 왕국의 행보에 불만을 가진 불온한 움직임이 있었는데...

신이치가 세운 학교에서는 본격적인 오타쿠 문화 수업이 시작된다. 그러나 신이치와 미노리가 준비한 수업내용은 처음부터 너무나도 높은 난이도였다. 한편 신이치의 저택근처에서 이웃나라 바하이람의 스파이로 추정되는 웨어울프 소녀가 포획되는데...

신이치의 오타쿠 수업은 날이 갈 수록 열기를 더해가고 학생들또한 빠르게 오타쿠 문화에 적응해 나갔다. 한편 신이치집에 전속화가로서 눌러살게 된 엘비아가 수상한 움직임을 보이기 시작했는데...

언제나처럼 옥신각신하는 엘프와 드워프족 사이를 중재시키기 위해 고민하던 신이치는 때마침 일본에서 도착한 물품 중 미노리의 한정 굿즈 축구공을 보고 스포츠를 통한 종족간 화합이라는 방법을 떠올린다. 그러나 만화책과 애니메이션으로 축구의 룰을 습득한 두 종족간에 막상 시합이 시작되자 경기는 전혀 예상치 못한 방향으로 전개되고 만다.

새로운 교재 구입을 위해 일본으로 돌아오게 된 신이치. 그러나 신이치가 돌아오지 않을 것을 걱정한 뮤셀은 신이치의 짐 속에 섞여 일본으로 함께 오게 된다. 모든 것이 만화 속에서만 보던 신세계...! 뮤셀은 흥분을 가라앉히지 못 했는데...

매일매일 이어지는 산더미 같은 집무에 지친 페트랄카는 방문을 굳게 닫고 은둔형 외톨이로 전락하고 만다. 이에 국가가 자랑하는 은둔형 외톨이의 최상급 전문가 신이치는 그녀를 구하기 위해 방문을 두들기기 시작한다.

미노리의 밀려있던 유급휴가를 소화하기 위해 신이치는 황실 소유의 휴가지를 빌리게 된다. 드디어 수영복 편! 그러나 기뻐하는 신이치와 일행 뒤편에서는 정체불명의 존재들이 꿈틀대고 있었는데...

엘프와 드워프 간의 축구시합이 자위대의 실수로 그만 인터넷으로 유출되고 만다. 이세계의 일이 세간에 알려지면 정부의 모든 프로젝트가 수포로 돌아갈 상황. 이를 무마하기 위해 신이치와 미노리는 엘던트를 배경으로 한 특촬 판타지 영화를 찍을 것을 제안하는데...

모든 것이 순조로운 신이치의 오타쿠 문화 전도. 그러나 절대적인 물량 부족 등으로 인한 부작용들이 하나하나 엘던트 국민들에게 나타나기 시작한다. 이러한 부분들의 개선을 위해 미토바에게 협조를 요청하는 신이치. 그러나 이 모든 것은 일본 정부의 음모였다.

신이치를 제거하기 위한 수를 쓰기 시작한 일본정부. 하지만 그를 미리 예측한 페트랄카와 호위 메이드 부대 덕분에 신이치는 목숨을 부지한다. 그러나 정부의 음모는 여기서 끝나지 않았는데...