Prima che le Leggende abbiano il tempo di sistemare l'anacronismo creato nel finale della seconda stagione, il Time Bureau comandato da Rip Hunter risolve il problema e "licenzia" Sara e Co. confiscando il Waverider. La gang cerca di andare avanti riprendendo una vita normale, ma ben presto torneranno a viaggiare nel tempo per catturare Giulio Cesare e riportarlo nella sua legittima linea temporale.

La gang sta cercando di proteggere un fuorilegge di nome Zari per cercare di catturare un viaggiatore del tempo non autorizzato.

Durante una riunione che la squadra tiene per accogliere degnamente l'ultima arrivata Zari, Palmer scompare misteriosamente. Si scoprirà che nel 1988 era stato ritrovato morto, assassinato, due giorni dopo la notte di Halloween. Così le Leggende tornano a quell'epoca per intercettare il Ray Palmer ragazzino...

Le Leggende arrivano nella Londra di fine '800 per scoprire un'anomalia riguardo un vampiro che lascia vittime lungo la strada. Al loro arrivo si imbattono in Rip, che è lì per dare la caccia a Mallus. Le leggende scoprono che una sacerdotessa con in corpo Mallus riporta in vita Damien Darhk e inseguito si scopre che il nome della donna è Nora Darhk, la figlia di Damien, e così entrambi riescono a neutralizzare le leggende e il Time Bureau. L'episodio termina con il direttore del Bureau e l'agente Ava Sharp che arrestano Rip, il quale prima di essere portato via avvisa le leggende che Mallus sta arrivando.

La squadra rileva un'anomalia nella Hollywood del 1937: a causa di una dispersione temporale Elena di Troia si ritrova negli studi cinematografici contesa tra due delle più importanti major di quegli anni. E così come nella sua epoca la bellezza di Elena fu la causa della sanguinosa guerra tra greci e troiani...

Le leggende hanno a che fare con un anacronismo creatosi nel 1967 in Vietnam durante la guerra. Un mostro misterioso rischia di cambiare gli eventi storici. Scopriranno che si tratta di Gorilla Grodd, che vuole creare un suo popolo per impadronirsi del mondo dopo che le nazioni si saranno distrutte con le guerre.

Gli eroi tornano su Terra-1 e Iris, Felicity, Kara vengono salvati dagli eroi ritornati e dalle Leggende rimaste sulla Waverider. Crossover con Arrow e Supergirl

Mentre Jax cerca di elaborare il lutto per la morte di Martin, le Leggende devono sistemare un anacronismo riguardante i Vichinghi che hanno conquistato l'America e non si vogliono convertire al cristianesimo credendo al dio Beebo, un pupazzo parlante portato nella loro epoca per un misterioso salto temporale dal giovane Martin Stein.

Star City 2017. John Constantine si reca nell'ospedale psichiatrico in cui è rinchiusa la piccola Nora Darhk registrata sotto il falso nome di Emily assegnatole dai servizi sociali dopo la morte del padre. Il suo intento è quello di praticare su di lei un esorcismo per liberarla dal demone di Mollus che la possiede e che, per sua bocca, lo avverte che presto prenderà con sé anche Sara Lance facendola scivolare nell'oscurità.

Zari è insofferente agli ordini di Sara e ha dubbi sulla permanenza nella squadra. Si ritroverà in un loop temporale, alla fine del quale la nave esplode.

Mentre Sara si reca a un appuntamento galante con Ava a Star City, il resto della squadra va alla caccia del Totem del Fuoco e di quello della Terra. La loro ricerca li porta alle Bahamas nel 1717 dove Amaya, Nate e Palmer si spacciano per pirati con l'intento di avvicinare il famigerato Barbanera, che, al momento, è in possesso del Totem della Terra.

Dopo essere stato preso in ostaggio dai Darhk, Ray viene torturato. Decide quindi di andare con Nora nella Berlino del 1962 per salvare il dottor Vogal.

Le Leggende vengono informate che una vera e propria epidemia di terrore si è impadronita della città di Memphis nel 1954 costringendo la popolazione a fuggire altrove e trasformando così quella che sarebbe diventata la patria del rock and roll in una città fantasma.

Mallus, tramite il totem della morte, prende il controllo di Sara, trasformandola in una minaccia per le altre Leggende sulla nave. Quando sembra non esserci più speranza, Ava chiede aiuto a Constantine.

Gary chiede aiuto alle Leggende per ritrovare Ava, scomparsa da qualche giorno. Sara e Ray si mettono sulle tracce della donna, ma si ritrovano a dover affrontare un misterioso Anacronismo a Vancouver in Canada nel 2213 che li porterà faccia a faccia con molteplici Ava.

Amaya è intenzionata a salvare il suo popolo anche a rischio di cambiare il corso del tempo e liberare definitivamente Mallus. Intanto le leggende tornano indietro nel 1979 e salvano Barack Obama da Grodd.

Rip sacrifica la sua vita per dare alle leggende il tempo sufficiente a fuggire da Mallus e per mettere al sicuro i sei Totem. Il demone viene spedito nel vecchio West dove le Leggende ritrovano Jonah Hex. Ma ci sono anche altre loro vecchie conoscenze che vogliono i Totem per conto del demone, per fortuna in loro aiuto vengono Ava, Kuasa e Jax