Prima che le Leggende abbiano il tempo di sistemare l'anacronismo creato nel finale della seconda stagione, il Time Bureau comandato da Rip Hunter risolve il problema e "licenzia" Sara e Co. confiscando il Waverider. La gang cerca di andare avanti riprendendo una vita normale, ma ben presto torneranno a viaggiare nel tempo per catturare Giulio Cesare e riportarlo nella sua legittima linea temporale.

Zari è insofferente agli ordini di Sara e ha dubbi sulla permanenza nella squadra. Si ritroverà in un loop temporale, alla fine del quale la nave esplode.

Mentre Sara si reca a un appuntamento galante con Ava a Star City, il resto della squadra va alla caccia del Totem del Fuoco e di quello della Terra. La loro ricerca li porta alle Bahamas nel 1717 dove Amaya, Nate e Palmer si spacciano per pirati con l'intento di avvicinare il famigerato Barbanera, che, al momento, è in possesso del Totem della Terra.

Dopo essere stato preso in ostaggio dai Darhk, Ray viene torturato. Decide quindi di andare con Nora nella Berlino del 1962 per salvare il dottor Vogal.

Le Leggende vengono informate che una vera e propria epidemia di terrore si è impadronita della città di Memphis nel 1954 costringendo la popolazione a fuggire altrove e trasformando così quella che sarebbe diventata la patria del rock and roll in una città fantasma.

Mallus, tramite il totem della morte, prende il controllo di Sara, trasformandola in una minaccia per le altre Leggende sulla nave. Quando sembra non esserci più speranza, Ava chiede aiuto a Constantine.

Gary chiede aiuto alle Leggende per ritrovare Ava, scomparsa da qualche giorno. Sara e Ray si mettono sulle tracce della donna, ma si ritrovano a dover affrontare un misterioso Anacronismo a Vancouver in Canada nel 2213 che li porterà faccia a faccia con molteplici Ava.

Amaya è intenzionata a salvare il suo popolo anche a rischio di cambiare il corso del tempo e liberare definitivamente Mallus. Intanto le leggende tornano indietro nel 1979 e salvano Barack Obama da Grodd.

Rip sacrifica la sua vita per dare alle leggende il tempo sufficiente a fuggire da Mallus e per mettere al sicuro i sei Totem. Il demone viene spedito nel vecchio West dove le Leggende ritrovano Jonah Hex. Ma ci sono anche altre loro vecchie conoscenze che vogliono i Totem per conto del demone, per fortuna in loro aiuto vengono Ava, Kuasa e Jax