Sakura Mamiya n'est pas une lycéenne comme les autres. Elle est en effet capable de voir les esprits. Un beau jour son voisin de classe Rinne Rokudô, jusque-là inconnu au bataillon, débarque sans crier gare. Le souci est que seule Sakura semble capable de le voir. Et pour cause ! Ce dernier est en fait capable de se transformer en esprit, et donc de devenir invisible pour le commun des mortels, en revêtant la veste de l'au-delà. Le jeune garçon a également une mission bien particulière : guider les âmes perdues vers la roue de la réincarnation...

Une nuit, Sakura et toute sa classe font le même cauchemar : une femme en kimono les avertit qu'ils seront maudits dans trois jours s'ils ne font pas une offrande à la boîte aux vœux située derrière l'école. Persuadée que c'est l’œuvre de Rinne, le jeune fille va le trouver. C'est alors que la femme du rêve apparaît. Elle est en fait la grand-mère de Rinne...

Rinne ne semble pas vouloir se décider : est-il un Shinigami ou un humain ? Soucieuse de savoir à qui elle a affaire, Sakura interroge Rinne sur ses origines. On apprend que sa grand-mère s'était unie à un humain. Ce faisant, elle a contracté une dette envers le monde des Shinigami. C'est cette dette qui force aujourd'hui Rinne à faire le travail d'un Shinigami.

Un nouvel élève arrive dans la classe de Sakura ! Ce dénommé "Tsubasa Jûmonji" est amoureux d'elle depuis la primaire. Malheureusement pour lui, Sakura peine à se souvenir de lui. Pourtant, lui aussi est capable de voir les esprits... Pour couronner le tout, Tsubasa est un exorciste. Il chasse les esprits à la manière forte, contrairement à Rinne qui les amène à la réincarnation. Cette arrivée inopinée va questionner les sentiments de notre héros...

Un fantôme hante l'école, laissant d'étranges traces de mains partout. Cette dénommée Hanako est l'esprit d'une petite fille qui hante les toilettes. Sa colère s'abat sur Tsubasa car ce dernier l'a chassée de ses toilettes originelles, cinq ans auparavant. Mais une ombre bien plus menaçante se cache derrière la petite. Le mystérieux spectre Toichi manipule les sentiments de Hanako et cherche à la transformer en mauvais esprit...

Sakura et ses amies inspectent un autel mystérieux au bord d'une route. Des voix semblent en effet provenir de ce dernier et notre héroïne s'en va quérir l'aide de Rokudô. Cependant, celui-ci est déjà sur une affaire : le petit frère d'un lycéen se comporte bizarrement... Les deux incidents vont vite se révéler plus proches que prévu...

Un nouvel ennemi redoutable fait son apparition ! Le démon Masato déteste Rinne depuis l'enfance et est bien décidé à se venger des affronts qu'il a subis. Ainsi, il va ensorceler l'esprit de Reiji, un jeune accidenté de la route encore dans le coma. Influencé par la malédiction, le garçon va s'en prendre à sa copine et à son meilleur ami, persuadé à tort qu'ils fricotent dans son dos...

Rinne se rend jusqu'en enfer pour sauver l'âme de Reiji. Mais le piège de Masato se referme, et pour notre héros, le moindre faux pas le condamnera à travailler pour l'éternité dans l'enfer des dettes. De son côté, Sakura retrouve le cadeau que Reiji voulait offrir à Suzu, et qu'il a perdu lors de son accident...

C'est la fête du lycée ! La classe de Sakura et de Rinne organise un café mais nos héros ont déjà fort à faire. Et pour cause, une perruque volante s'en prend au club d'art dramatique ! Rinne et Sakura vont devoir se mettre au théâtre pour parvenir à l'exorciser ! À peine nos héros ont-ils le temps de souffler qu'une menace bien plus dangereuse plane sur l'école ! Un Damashigami a volé le visage d'un beau garçon. Il s'en sert pour séduire des filles à tour de bras, pour mieux les mener à leur perte...

Les Damashigami passent à l'attaque ! Alors que Rinne est affaibli par une vilaine grippe, son père Sabato fait son apparition. C'est en fait lui, le patron de la Damashigami company ! Sabato pousse son fils, accompagné par Sakura, Rokumon et Tsubasa, à le rejoindre au siège de son entreprise, dans l'autre monde. Dans son antre, il propose un marché empoisonné à Rinne : si ce dernier accepte de reprendre l'entreprise en tant que Damashigami, il renverra sur terre sains et saufs Sakura et Tsubasa.

Voilà enfin Rinne et son père Sabato, bien décidés à en découdre dans un ultime face-à-face. L'enjeu de ce combat n'est pas des moindres : si Rinne gagne, la Damashigami company sera démantelée. Mais s'il perd, il devra prendre une Damashigami pour épouse et succéder à son père à la tête de l'entreprise ! Malheureusement, le combat tourne mal d'entrée de jeu pour notre héros...

Un nouveau Shinigami fait sont apparition ! Cette jeune fille prénommée Ageha voue une haine féroce aux Damashigami. Une alliée de choix pour Rinne, si le père de notre héros n'était pas à la tête de la Damashigami company et ne fricottait pas avec la sœur d'Ageha, la faisant quitter son travail de Shinigami. Avec en plus un début de jalousie de Mamiya à l'encontre de la nouvelle venue, la suite s'annonce mouvementée pour Rinne !

Sakura Mamiya a été piégée par des Damashigami ! La secrétaire personnelle de Sabato, patron de la Damashigami company et père de Rinne, est à l'origine de ce traquenard. Fort heureusement, Rinne arrive à temps pour mettre un terme à cette mascarade. Cependant, Ageha a suivi Rinne, et va très vite découvrir que la secrétaire n'est autre que sa sœur disparue !

Un froid s'est installé entre Sakura et Rinne depuis l'appartition du Shinigami Ageha. Du coup, Mamiya va solliciter Tsubasa plutôt que Rinne au sujet d'un mystérieux fantôme hantant la piscine du parc d'attractions. Face à la brutalité habituelle de Tsubasa, ce dernier – ou plutôt cette dernière – s'enfuit du côté de la maison hantée du parc. Or il s'avère que Rinne doit enquêter sur la maison hantée en question...

Toujours en froid avec Sakura, Rinne guette désespérément une occasion de s'expliquer avec elle. De son côté, Ageha est de plus en plus entreprenante avec le jeune Shinigami, ce qui ne fait qu'aggraver la situation. Ageha offre alors un luxueux bento à Rinne. Cependant, la boîte est hantée par un esprit maléfique, qui propose d'offrir trois vœux à ses victimes avant de dévorer leur âme !

Tsubasa décroche son premier rendez-vous en tête à tête avec Sakura ! Ils se rendent tous les deux à leur ancienne école primaire. Tsubasa avait enfoui une pierre de pouvoir au pied du cyprès de la cour et souhaite la récupérer. Malheureusement pour lui, un esprit maléfique s'est emparé de ladite pierre et en tire un immense pouvoir. En outre, le spectre n'est autre que leur ancien camarade de classe de CM1 Yôta, décédé dans un accident, et il en veut personnellement à Sakura !

Tsubasa est dans une colère noire. Son rendez-vous avec Sakura a été gâché par Rokudô ! C'est le moment que choisit le démon Masato pour venir à sa rencontre. Il lui révèle que sa gemme de pouvoir corrompue est capable de lancer des malédictions et lui donne un tome maléfique ! Dans un premier temps, Tsubasa se refuse à utiliser un pouvoir aussi maléfique mais malheureusement pour lui, une simple pensée négative permet de lancer une malédiction !

Un nouvel adversaire, Kaïn, se présente face à Rinne et ses amis. C'est un Shirushigami, un être chargé de vérifier que la durée des vies humaines est bien respectée. Kaïn poursuit donc la Damashigami company qui écourte injustement la vie d'humains innocents. Potentiellement l'allié idéal pour Rinne, Kaïn lui en veut cependant personnellement car le père de notre héros a arnaqué la mère du Shirushigami en lui faisant miroiter un mariage idyllique...

Rinne est en mauvaise posture face à Kaïn le Shirushigami. Il risque la réincarnation forcée ! De leur côté, Sakura et ses amis sont enfermés dans la réserve de la maison familiale de Kaïn. Ils y découvrent une grande boîte que seul Rinne est en mesure d'ouvrir. Alors que la situation semble désespérée, ils réussissent à retrouver Rinne et lui donnent la boîte. Son contenu va-t-il changer la donne ?

Sakura est bien embêtée, des fantômes errent dans sa maison. Mais le plus étrange dans l'histoire, c'est que ça n'avait jamais été le cas jusque-là. Elle décide donc de demander l'aide de Rinne pour qu'il trouve une solution au problème. Réjoui à l'idée d'aller chez sa bien-aimée, Rinne s'empresse de la rejoindre. Malheureusement pour lui, Ageha et Tsubasa ne vont pas tarder à jouer les trouble-fête...

Les primes du personnel du ministère des Destins ont été dérobées ! Il semblerait que quelqu'un ait profité d'un malheureux accident pour dépouiller le pauvre Kaïn qui était chargé de les transporter. Fait étrange, la mallette contenant l'argent apparaît chez Rinne. Mais qui est donc le coupable ? La traque commence...

C'est Noël et Ageha est bien décidée à passer le réveillon en tête à tête avec son bien-aimé Rinne ! Mais la soirée ne va pas se passer comme prévu car elle se trouve coincée dans une maison en ruine par une barrière spirituelle. Elle est rejointe par Rinne, mais aussi Sakura puis Tsubasa qui sont alors piégés à leur tour ! Cependant,Tsubasa connaît le fin mot de l'histoire. La maison était occupée par une famille qui fêtait chaque année Noël en grande pompe. Cette famille partie, la maison elle-même se languissait des joyeux réveillons qu'elle accueillait. Nos amis vont donc devoir célébrer tous ensemble cette sainte nuit...

Un vil renard à neuf queues s'est échappé du ministère des Destins et il cherche à se venger de Tamako en s'attaquant à son petit-fils Rinne. Pour pouvoir accomplir sa vengeance, l'esprit malin va posséder le corps de Tsubasa, alors affaibli par un vilain rhume. Tsubasa fusionné avec le renard va s'avérer être un adversaire très coriace pour Rinne et Kaïn ! D'autant plus que Tsubasa semble lui-même prendre plaisir à martyriser notre héros...

Un nouveau restaurant de râmen a ouvert près de l'école, et il est délicieux ! Mais fait étrange, Rinne reçoit une lettre de souhait dudit restaurant, car son chef serait possédé par un esprit malin. Se rendant sur les lieux, Rinne retrouve Sakura, Tsubasa, et même Ageha. Quelle n'est pas sa surprise lorsqu'il découvre que le cuisinier n'est autre que son père ! Ce dernier aurait-il enfin décidé de mener une vie honnête ?

La compétition annuelle opposant les esprits malins est sur le point de débuter. Les règles sont simples : le premier à maudire la cible humaine sélectionnée est déclaré vainqueur. Et malheureusement, la cible n'est autre que Sakura ! Manque de chance, cette dernière a pris un bonbon qui lui a fait perdre temporairement son don de vision des esprits. Rinne va donc devoir se plier en quatre pour la protéger des mauvais esprits, alors qu'elle n'a même pas conscience du danger qui la guette !