Elliot refuse un emploi bien payé de Tyrell Wellick, le nouveau directeur de la technologie par intérim d'E Corp. Elliot obtient l'accès au compte d'E Corp de Tyrell Wellick grâce à la faille de sécurité Shellshock. Dans un message vidéo public destiné à accréditer la culpabilité de Colby, Fsociety exige que Colby soit libéré et qu'E Corp soit dissoute. Elliot est de plus en plus paranoïaque et augmente ses prises de morphine. Darlene lui rend visite à son domicile pour le conduire chez Fsociety alors que personne ne devrait savoir où il vit. Mr. Robot et Fsociety veulent qu'Elliot pirate une usine de production de gaz, provoquant l'explosion d'un gazoduc et la destruction de Steel Mountain où réside les sauvegardes informatiques d'E Corp. Elliot refuse car il ne veut pas que des vies soient mises en jeu...

Tyrell frappe un sans-abri qu’il paie pour se défouler après avoir compris qu’il ne serait pas nommé au poste de directeur technique. Il séduit le secrétaire de son patron afin de pouvoir installer un rootkit sur son smartphone et découvrir qui sera nommé. Sur les instructions de sa femme enceinte Joanna, Tyrell planifie un dîner avec le candidat.

Darlene et Angela ont une conversation lors d’un cours de danse qui implique qu'elles sont des amies de longue date. Elliot et Fsociety planifient une nouvelle attaque mais ils ont encore besoin de l’aide de la Dark Army. Pour ce faire, avec l’aide d’Ollie qui doit une faveur à Cisco, il bloque le réseau d’Allsafe afin de joindre Elliot. Après avoir compris qu'Angela était derrière l'attaque d’Allsafe, Elliot rencontre Whiterose, une femme obsédée par le temps et cheffe de la Dark Army. Elle lui reproche son manque de concentration et dit que la Dark Army s’est initialement retirée du projet car Gideon, qui suspecte Elliot depuis un moment, a piégé le serveur piraté d’E Corp avec un honeypot, un « pot de miel » chargé d’attirer les personnes mal intentionnées. Elliot le retire avec l'aide de Darlene. Cependant Gideon soupçonne plus que jamais Elliot.

La routine qu'Elliot s'impose ne porte toujours pas ses fruits : Mr Robot continue de le harceler jour et nuit pour qu'il reprenne ses anciennes activités. Le hacker tente tant bien que mal de canaliser son alter ego en marchandant une rencontre avec Tyrell, toujours porté disparu. Le FBI, bien décidé à traduire les membres de fsociety en justice, confie l'enquête à la brillante Dom DiPierro. De son côté, Angela gravit petit à petit les échelons dans son nouveau travail au sein d'E-Corp. Son ascension suscite beaucoup de jalousie chez ses collègues, mais la jeune femme s'accroche malgré ses nombreux doutes…

Complètement dépassée par les événements, Darlene se résout à appeler son frère à la rescousse, mais Elliot sent qu'elle lui cache quelque chose. Mr Robot rôde toujours, et Elliot repousse comme il peut les assauts son alter ego. Mais ce dernier est plus que jamais déterminé à reprendre la lutte, et propose à son hôte de jouer une fois pour toutes leur destin avec une partie d'échecs. Pendant ce temps, les agents du FBI fouillent de fond en comble l'ancien quartier général de fsociety dans l'espoir de trouver des indices. DiPierro croit toujours en ses chances de débusquer les pirates informatiques…

Elliot a décidé d'aider Ray, afin d'avoir accès à un ordinateur pour aider Darlene. Il pirate ainsi le FBI, mais découvre aussi ce qui se vend sur le site internet de Ray. Darlene recrute Angela pour les aider dans le piratage du FBI. Le FBI est invité en Chine pour évoquer le hacking mais aussi la Dark Army. Dom fait la connaissance de Whiterose.

Elliot réalise qu'il se trouve en prison, où il effectue une peine pour le piratage des données personnelles et le vol du chien de l'ex-petit-ami de sa thérapeute. Grâce à Whiterose, il est enfin libéré et Darlene l'attend à sa sortie. Il veut aussitôt reprendre les activités de fsociety, mais son trouble de la personnalité en relation avec Mr. Robot s'accentue. De son côté, Angela tente de récupérer des documents sensibles d'E Corp.

Phillip Pryce demande un service à Terry Colby : annexer le Congo pour y favoriser les intérêts de la Chine. Elliot se retrouve chez Joanna Wellick, qui lui ordonne de localiser les appels sur son portable pour retrouver son mari. Cisco convainc Darlene d'emmener Vincent à l'hôpital tandis que le FBI dresse son portrait-robot et le diffuse publiquement contre l'avis de Dipierro. Celle-ci craint que la Dark Army ne le tue.

Les mystérieux ravisseurs conduisent Angela dans une maison, où elle se trouve face à une enfant lui posant une série de questions absurdes. A l'hôpital, l'agent Dipierro, choquée mais indemne, veut continuer à enquêter, persuadée que cette dernière opération de la Dark Army était destinée à effacer des indices avant d'effectuer une attaque de plus grande ampleur. Mais son supérieur lui conseille de laisser tomber.

Elliot a décroché un travail chez E Corp grâce à l'intervention d'Angela. Le hacker a un plan pour réparer les dommages de fsociety : convaincre sa hiérarchie de numériser sur place plutôt que de rassembler toutes les archives à New York. Mais Mr Robot n'a pas encore dit son dernier mot, et reste fixé sur la destruction totale d'E Corp. Après la mise en ligne d'une nouvelle vidéo de fsociety, Darlene est mise sous pression par le FBI. Elle tente de renouer avec son frère pour obtenir des informations sur les liens entre Tyrell et Elliot, sans se douter que son alter ego est de plus en plus méfiant.