Elliot se réveille chez Angela après une amnésie de plusieurs jours. Il découvre que New York est plongée dans la torpeur depuis une panne d'électricité générale. Pas encore remis de sa blessure, le hacker décide de tout mettre en oeuvre pour stopper l'étape 2. Darlene accepte de l'aider en l'emmenant à un endroit où il y a encore du réseau. En voyant le chaos propagé par la chute d'E Corp, Elliot nourrit de plus en plus de doutes sur « sa » révolution. Quant à Whiterose, elle semble avoir tout prévu, et sa Dark Army est plus que jamais déterminée à profiter de la confusion ambiante.

Elliot a décroché un travail chez E Corp grâce à l'intervention d'Angela. Le hacker a un plan pour réparer les dommages de fsociety : convaincre sa hiérarchie de numériser sur place plutôt que de rassembler toutes les archives à New York. Mais Mr Robot n'a pas encore dit son dernier mot, et reste fixé sur la destruction totale d'E Corp. Après la mise en ligne d'une nouvelle vidéo de fsociety, Darlene est mise sous pression par le FBI. Elle tente de renouer avec son frère pour obtenir des informations sur les liens entre Tyrell et Elliot, sans se douter que son alter ego est de plus en plus méfiant.

Le soir du piratage d'E Corp, Mr Robot et Tyrell anticipent la nécessité d'une étape 2. Ils décident de s'associer pour régler tous les détails, mais Irving débarque dans leur quartier général pour leur proposer une association. Le duo est obligé de se séparer, Tyrell est caché par l'émissaire de la Dark Army et Elliot est mis en prison pour une autre affaire. Depuis sa planque, Wellick suit la chasse à l'homme lancée contre lui. Malgré les recommandations d'Irving, il est de plus en plus tenté de reprendre contact avec sa femme. Quitte à mettre en péril la mécanique mise en place par la Dark Army.

Elliot est remonté jusqu'à l'appartement de Darlene en détournant les mouchards du FBI. Il ne se doute pas qu'elle travaille avec les fédéraux, et lui propose de l'aider à coincer son alter ego. Darlene devra guetter sa transformation en Mr Robot depuis l'appartement voisin pour enfin savoir ce qu'il planifie dans son dos. La jeune femme saisit l'occasion de se racheter auprès de son frère sans en informer le FBI, malgré la crainte que lui inspire Mr Robot. Au milieu de la nuit, Darlene suit l'autre personnalité de son frère dans les rues de New York, sans se douter de ce qu'elle va découvrir.

Lorsqu'il arrive au travail comme tous les lundis, Elliot a le sentiment que quelque chose cloche. Ses accès au réseau informatique d'E Corp ne fonctionnent plus et il ne parvient pas à se rappeler ce qu'il a fait de son week-end. En consultant l'ordinateur d'un collègue, il réalise que la Dark Army cherche à déclencher l'étape 2. Une course contre la montre s'engage pour empêcher les hackers de détruire les archives d'E Corp, mais les agents de sécurité traquent Elliot pour l'expulser hors du bâtiment. Pendant ce temps, une manifestation sur le parvis de l'entreprise menace de dégénérer.

Elliot ne peut plus reculer et doit s'infiltrer dans le bâtiment des archives d'E Corp pour stopper l'étape 2 avant que la Dark Army ne fasse tout exploser. Mais Mr Robot tente de l'empêcher de mettre ses projets à exécution même s'il doit le blesser pour parvenir à ses fins. Le hacker tente de le court-circuiter. En vain.

L'étape 2 mise en œuvre par la Dark Army a tué des milliers de personnes à travers les États-Unis. Elliot réalise trop tard que ses initiatives pour protéger les archives d'E Corp ont aggravé la catastrophe, et part se réfugier chez sa thérapeute. De son côté, Leon est parvenu à débusquer Mobley et Trenton en Arizona. Pris en otages, les deux anciens membres de fsociety cherchent un moyen de s'évader. Tyrell s'est quant à lui rendu au FBI, et l'agent DiPierro espère le convaincre à livrer ses complices. Contre toute attente, l'ancien cadre d'E Corp va peut-être accepter de collaborer…

Elliot se morfond toujours chez lui des semaines après les attentats contre E Corp. Convaincu d'être l'unique responsable du désastre, le hacker décide d'effacer son passage chez fsociety en employant les grands moyens. Il détruit son ancien matériel, se procure un gros paquet de morphine, et va rendre un dernier hommage à Mobley et Trenton avant de commettre l'irréparable. Il dispense quelques mots d'apaisement à leurs proches encore sous le choc, et part s'isoler sur une plage. Lorsqu'il se rend compte que le petit frère de Trenton l'a suivi, Elliot remet ses plans à plus tard pour ramener le garçon chez lui.

Mr Robot a laissé un message sans équivoque à Elliot : la Dark Army a infiltré le FBI. Cette situation embarrasse d'autant plus le hacker qu'il lui faudrait accéder au système informatique de l'agence pour défaire le piratage d'E Corp. Darlene lui propose de trouver une solution en dupant Dom DiPierro, son contact privilégié là-bas. Décidé à piéger l'organisation de Whiterose, Elliot fait courir le bruit d'une étape 3 censée porter le coup de grâce à E Corp. Cette stratégie ne tarde pas à réveiller des soupçons du côté de la Dark Army, qui cherche à en savoir plus auprès d'Alderson.

Darlene est incarcérée dans les locaux du FBI pour avoir tenté de voler le badge de l'agent DiPierro. Son immunité est du coup annulée, et la jeune femme joue sa dernière carte en affirmant qu'elle a les moyens d'annuler le piratage d'E Corp. Effrayée par cette révélation, la taupe de la Dark Army prend l'initiative d'exfiltrer Darlene pour l'assassiner. Lorsqu'il comprend que sa sœur est en danger de mort, Elliot choisit de faire la paix avec Mr Robot pour augmenter leurs chances de la sauver. Mais Irving les surprend alors qu'ils sont en train de fouiller l'appartement de la taupe.

Malgré les conseils de Price, Angela réclame vengeance pour les manipulations de Whiterose. Ne pouvant raisonner sa fille, Price laisse deux agents de la Dark Army s'approcher et l'abattre d'une balle dans la tête, le laissant hurler sa colère à Whiterose.

Price ramène Elliot dans les bureaux abandonnés d'AllSafe, où le PDG d'E. Corp lui raconte toute l'histoire derrière son entreprise, créée uniquement par le Deus Group, un groupe d'influence rapidement noyauté pour financer le plan de Zhang, qu'il imagine depuis la chute du bloc communiste, et derrière la Dark Army.

En 1982, le jeune Zhang, promis à une grande carrière, négocie un partenariat avec IBM dont il compte tirer toutes les données possibles. Sa visite aux États-Unis lui laisse entrevoir une vie avec Chen, son amant, à qui il fait son coming out transgenre.

Elliot et Tyrell parviennent à piéger l'agent de la Dark Army qui les écoutaient. Tyrell le frappe à la tête d’un coup de marteau. Ils partent ensuite loin de tout et achètent de l'essence pour brûler la camionnette, mais en sortant de la boutique, la camionnette a disparu avec l'agent.

Elliot met le feu au fourgon avec l’agent de la Dark Army à l’intérieur. Darlene à la recherche de son frère le repère grâce à la fumée du fourgon.

Vera retient Krista en otage chez elle, la forçant à lui révéler tout ce qu'elle sait d'Elliot afin de lui faire du mal.

Vera ramène Elliot chez le Dr Gordon et lui offre une nouvelle fois d'être son partenaire dans sa conquête de New York. Déjà manipulé par le Dominicain, Elliot exige de voir Krista en vie, mais en échange, Vera veut être confronté à Mr. Robot.

Elliot et Krista s'échappent avant que les hommes de Vera ne reviennent et trouvent le corps de leur patron. Krista se rend à la police mais Elliot ne peut la suivre, encore sous le choc et perturbé par une vision de lui-même enfant.

Dans l'espace mental d'Elliot, Mr Robot retrouve Magda et Elliot jeune, craignant l'instabilité actuelle d'Elliot et s'interrogeant sur la possibilité de révéler tout ce qu'Elliot a fait et Darlene pourrait parvenir à le réveiller.

Le doxxing du groupe Deus fait encore la une des journaux au lendemain de Noël. DiPero, qui a survécu à sa blessure, découvre dans son lit d'hôpital, que Zhang était Whiterose. Craignant encore pour sa vie et celle de sa famille, elle décide de quitter l'hôpital dès qu'elle le peut mais reste le sujet d'une enquête du FBI comme agent actif de la Dark Army et ne peut voir sa famille.

La Dark Army a réussi à abattre les hommes du FBI envoyés capturer le ministre Zhang, mais elle assume désormais totalement son identité de Whiterose.

Elliot reprend conscience sur un parking, près du lieu où se trouvait la centrale de Washington Township. Il explore la ville qu'il voit prospère, où ses parents vivent encore dans sa maison d'enfance, son père tient toujours la boutique Mr. Robot.

Elliot cache le corps de son double dans un carton et se prépare à prendre sa place au mariage. Mr. Robot essaie de lui expliquer en quoi c'est une mauvaise idée mais Elliot fait la sourde oreille.