Marina begint te socializen met jonge Iraniërs, waaronder Zamani, de zoon van een minister met goede connecties. Ze vindt het een uitdaging om zich aan te passen aan de binnenlandse politiek. De Amerikanen slagen er niet in om Nadia te redden uit een hinderlaag in Libanon. Debailly dreigt zijn medewerking in te trekken; de CIA slaat terug door hem te dreigen te verraden en vraagt ​​hem vervolgens om een ​​beter aanbod te doen. Debailly biedt aan om een ​​potentiële DGSE-bron binnen de Iraanse nucleaire industrie te delen. De DGSE ontdekt dat een van de IS-beulen, Boumaza, een Franse staatsburger is.

Debailly herinnert zich de eerste keer dat hij Nadia ontmoette en blijft zich zorgen maken over haar lot. De CIA bevestigt haar interesse in Zamani, maar Debailly en Marie-Jeanne krijgen ruzie over Marina's missie; Debailly overtuigt Deflot om haar te vervangen door hem als Marina's contactpersoon. Debailly vertelt Marina om dichtbij Zamani te komen. De Iraanse geheime politie is geïnteresseerd in Zamani en Marina. De Franse regering autoriseert actie tegen Boumaza; Cyclone kweekt de familie van de jihadist en Sisteron doet zich voor als een ondersteunende advocaat. Duflot blijft jagen op de mol binnen het Bureau. Nadia wordt gevangen gehouden in Syrië.

De DGSE rekruteert de zus van de jihadist, met het plan om Boumaza te vangen en te doden. Ondertussen blijft de Iraanse geheime politie Marina onderzoeken, en de DGSE ontdekt dit van een bron. Marina wordt teruggeroepen naar Parijs, maar vertrekt op expeditie voordat ze het bericht ontvangt, en wordt gearresteerd. In Syrië ondervraagt ​​rechter Badran Nadia over haar affaire. Duflot vermoedt dat Dr. Balmes, die ontslag heeft genomen bij de DGSE, mogelijk de CIA-mol is geweest, maar kan geen bewijs vinden.

DGSE ontvangt een rapport dat Nadia is geëxecuteerd in Syrië, maar de CIA heeft Debailly gewaarschuwd om valse rapporten te verwachten en stemt ermee in om met hem samen te werken in ruil voor zijn Iraanse bron. Marina wordt ondervraagd door de Pasdaran, vervolgens vrijgelaten en keert terug naar Parijs. Duflot vertelt Marina om geen contact op te nemen met Zamani, die naar Parijs komt, maar Debailly vertelt haar vervolgens om opnieuw contact met hem op te nemen. Sisteron en de zus spreken af ​​om Boumaza te ontmoeten aan de Syrische grens, waar het Turkse leger van plan is hem te arresteren. De zus communiceert echter in het geheim met haar broer. Ondertussen krijgt Nadia, na een schijnexecutie, haar 'vrijheid', maar wordt gedwongen om undercover te werken voor de Syrische regering en haar rebellen in het buitenland te vertegenwoordigen.

Duflot ontdekt dat Debailly zijn bevel aan Marina om geen contact op te nemen met Zamani negeerde, ontslaat hem wegens wangedrag en stelt Marie-Jeanne weer aan als handler. Maar Duflots baas besluit dat Marina door moet gaan met het cultiveren van Zamani. Debailly onderhoudt contact met de CIA. Nadia, die Frankrijk bezoekt, weigert hem te zien. Ondertussen gaat Sisteron met Boumaza's zus op pad om de jihadist te ontmoeten. Turkse speciale troepen halen Sisteron op, maar ze worden overvallen door jihadisten en Sisteron wordt gevangengenomen. Te laat ontdekt DGSE de communicatie van de zus met Boumaza.

Boumaza neemt Sisteron mee naar Syrië. DGSE besluit niet aan te vallen om de lokale agenten te beschermen. Hij hoort dat Turkse troepen zijn zus hebben en ruilt Sisteron voor haar, nadat hij zijn voet heeft afgehakt. DGSE vraagt ​​Debailly onofficieel terug om een ​​team te leiden om Boumaza te jagen; hij plant een moord met behulp van een zelfmoordterrorist. Duflot ziet, via de GPS-geschiedenis van Debailly's telefoon, het weekend dat het niet te traceren was (toen hij bij de CIA werkte). Hij plant een afluisterapparaat in het kantoor van Dr. Balmes. Nadia, in Parijs, aarzelt om haar rol voort te zetten, maar Nadim dwingt haar; ze neemt contact op met de DGSE voor hulp. Celine regelt dat Nadia Debailly ontmoet. Ondertussen keert Marina terug naar Iran, belast met het rekruteren van Zamani. Debailly geeft haar rapporten door aan de CIA.

Nadia zet haar ontmoeting met Debailly voort en dringt erop aan dat DGSE haar helpt te ontsnappen aan haar gedwongen rol als boegbeeld voor de Syrische rebellen. Debailly besluit Nadim te compromitteren door zijn asielaanvraag te vervalsen; hij loopt over en Nadia wordt meegenomen naar een safehouse. Debailly en Dr. Balmes ontdekken de afluisterapparatuur in haar kantoor. De CIA ontslaat Dr. Balmes van haar dienst. Ondertussen zijn de Fransen bijna zover om Zamani als bron veilig te stellen, maar ze ontdekken dat hij net is gerekruteerd door de CIA. Debailly blijft plannen maken om de jihadist te executeren.

Dulfot gaat Marina persoonlijk interviewen over hoe de CIA erin slaagde Zamani te rekruteren. Marie-Jeanne wil Marina exfiltreren, maar ze wordt overruled. Zamani wordt betrapt op het sms'en van zijn contactpersoon vanuit een vergadering van de Iraanse overheid; zijn arrestatie leidt naar die van Marina. Ondertussen ondervraagt ​​Duflot Nadim over Lefevbre, maar hij houdt zich aan de antwoorden die Debailly hem had opgedragen. Marie-Jeanne ondervraagt ​​Nadia. Debailly schrijft een afscheidsbrief aan zijn dochter. De DGSE identificeert een Duitse journalist met IS-connecties, als een manier om Boumaza in Syrië te bereiken.

De zelfmoordterrorist trekt zich terug uit de missie tegen Boumaza en Debailly stapt in de operatie, reist naar Syrië maar zweert zijn team tot geheimhouding. Hij maakt zijn brief aan Prune af. DGSE hoort dat Marina wordt ondervraagd door de Iraanse geheime politie, die Zamani martelt. De DGSE ontmoet de CIA en dringt erop aan dat ze de mol identificeren; na te zijn bedreigd, noemen de Amerikanen Debailly. Prune vindt Debailly weg uit zijn flat, leest zijn brief en waarschuwt de DGSE.

Duflot geeft zijn team een ​​preek over loyaliteit en biedt vervolgens aan om op te stappen, maar zijn baas weigert. De DGSE onderzoekt Debailly's ontrouw en interviewt zijn collega's. Debailly neemt de plaats van de zelfmoordterrorist in als cameraman voor het interview met Boumaza. In Iran heeft de CIA ingestemd om een ​​van haar gevangenen te ruilen voor Marina, maar de Pasdaran proberen haar te vermoorden nadat ze haar hebben aangemoedigd te ontsnappen. Ze ontkomt echter aan gevangenneming en wordt geëxfiltreerd naar Frankrijk. In Raqqa ontmoet en doodt Debailly de jihadist, maar wordt zelf gevangengenomen en gegijzeld. Nadia opent de brief die hij haar heeft achtergelaten, waarin dezelfde gevoelens over hun liefdesaffaire worden uitgedrukt als zij deed in de eerste aflevering van seizoen één.

Debailly is gevangene van IS in Irak. DGSE vraagt ​​Nadia om zijn vrijlating te onderhandelen via een tussenpersoon Shahanah, een corrupte kunsthandelaar, en belooft haar een positie als EU-adjunct-commissaris in ruil voor haar hulp. Sisteron wordt naar Irak gestuurd om Koerdische strijders te ontmoeten en hem te redden, maar hun poging om dat te doen tijdens een zandstorm mislukt. Hij vindt een SNCF-spoorwegwisselschema dat IS heeft achtergelaten, waarvan DGSE denkt dat het een poging is van 'Cochise', iemand met een hoge positie binnen IS, om met hen te communiceren. Ondertussen werkt Marina als seismoloog en is ze nog steeds getraumatiseerd door haar ervaringen in Iran.

Een van Debailly's bewakers is een Russische FSB-mol en biedt aan hem te helpen. Ondertussen probeert Duflot Marina te helpen haar trauma te overwinnen. Shahanah neemt Nadia mee om Lely te ontmoeten, een vrouwelijke tussenpersoon voor IS. Sisteron en de Koerdische strijder Esrin worden overvallen door sluipschutters en ze raakt gewond, en wordt naar Frankrijk gevlogen voor behandeling. Sisteron stelt Duflot voor dat Esrin gerekruteerd moet worden in ruil voor hulp bij de opleiding van haar zoon. Marina, geplaagd door paniekaanvallen, neemt ontslag bij de DGSE. De FSB-mol raakt ernstig gewond in een gevecht.

Debailly verliest de hoop nadat zijn FSB-hulp gewond raakt en stopt met eten. Marina wordt benaderd door Phillipe, een Mossad-agent die zich voordoet als DGSE en haar wil rekruteren. DGSE adviseert haar om het aanbod te accepteren en alles aan hen te rapporteren. Shahanah eist dat Nadia gestolen artefacten uit Syrië witwast in ruil voor zijn hulp bij de onderhandelingen, maar ze weigert zichzelf te compromitteren. De FSB-mol herstelt in het ziekenhuis en keert terug op het moment dat Debailly wordt gefilmd voor een nieuwe gijzelaarsvideo door IS.

De CIA wil het kamp waar Debailly vastgehouden zou kunnen worden bombarderen, maar DGSE staat erop dat ze wachten. Duflot wil Debailly vrijlaten voordat hij met pensioen gaat, maar MAG herinnert hem eraan dat het agentschap normaal gesproken niet veel moeite doet om ontrouwe agenten te redden. DGSE gebruikt Prune om Nadia onder druk te zetten om de onderhandelingen te hervatten; Nadia ontmoet Lely opnieuw en krijgt de gijzelaarsvideo. DGSE ziet dat het puntendiagram is aangepast om te communiceren dat Cochise wil overlopen. Duflot meldt zich aan om het veld in te gaan en beide zaken zelf af te handelen. In Irak ontsnapt de FSB-spion met Debailly de woestijn in, met IS in de achtervolging. Ondertussen overtuigt Mossad Marina om te spreken op een seismologieconferentie in Bakoe. Simon, Marina's ex die voor DGSI werkt, biedt zijn hulp aan als ze in de problemen komt.

Shahanah wordt vermoord door de Iraniërs. DGSE organiseert een geheime ontmoeting tussen Duflot en Cochise in de buurt van Jarabulus, en Duflot bereidt zich voor op zijn missie. Lely vraagt ​​om Nadia opnieuw te ontmoeten, en DGSE vermoedt dat IS Debailly kwijt is; hun agenten in Irak bevestigen dat hij is ontsnapt. Ondertussen vangt en doodt IS de Russische spion, maar Debailly weet te ontkomen.

Debailly weet te ontsnappen naar de heuvels en vraagt ​​hulp aan een boer die hem verraadt aan IS, en hij wordt heroverd. Franse agenten identificeren het gebied waar hij ontsnapte, maar komen te laat aan. In Bakoe geeft Marina haar presentatie op de conferentie en krijgt daar een baan aangeboden, die Mossad haar aanspoort aan te nemen; ze stemt toe na overleg met DGSE. Ze raakt in paniek wanneer haar wordt gevraagd een leugendetectortest te doen, maar wordt door Mossad getraind in hoe ze moet slagen. In Syrië neemt Esrin Duflot mee naar zijn geheime ontmoeting met Cochise; Cochise wordt echter over de rivier gevolgd door twee van zijn mannen.

Cochise weigert te spioneren voor DGSE binnen IS, en wil exfiltratie. Duflot stemt toe, als Cochise Debailly kan bevrijden. Voordat hij kan terugkeren, wordt Duflot neergeschoten door een van Cochise's mannen; hij wordt naar het ziekenhuis gebracht, maar sterft later. Cochise krijgt de voogdij over Debailly. Ondertussen identificeert DGSE dat Mossad van plan is om Marina te gebruiken om het Iraanse nucleaire programma te infecteren met een computervirus, waardoor ze het vervolgens kunnen verstoren, via het seismische monitoringsysteem dat is gekoppeld aan Bakoe. Marina raakt opnieuw in paniek wanneer ze de Iraanse connecties van haar nieuwe veiligheidsmanager ontdekt, en probeert te vluchten, maar wordt onderschept en gerustgesteld door de Mossad-agent.

DGSE rouwt om het verlies van Duflot. Ondertussen geeft Mossad Marina de geheugenstick met het virus, die DGSE weet te kopiëren voordat Marina het succesvol in het systeem introduceert. In Irak nemen Cochise en zijn IS-strijders Debailly mee naar een geplande hinderlaag met Franse speciale troepen. Voordat ze aankomen, wordt een van hen achterdochtig en stopt het konvooi; de CIA voert een drone-aanval uit op het ondersteuningsvoertuig. Cochise raakt gewond in de strijd; de Franse troepen arriveren op tijd om Debailly te redden, die op een schip naar Libië wordt gezet. De CIA staat erop Debailly eerst te debriefen; DGSE stemt met tegenzin toe op voorwaarde dat Dr. Balmes het interview doet. Later ontsnapt Debailly van het schip.

DGSE ontdekt dat Debailly de gestolen ID's van voormalige agenten gebruikt om terug te reizen naar Frankrijk. Nadia hoort van de Iraanse contactpersoon van haar assistent dat Debailly vrij is, maar DGSE weigert haar iets te vertellen; ze gebruiken Prune om Debailly te verleiden contact met haar op te nemen. Debailly gebruikt burner phones om contact op te nemen met Prune en krijgt dan een bericht naar Nadia. Ondertussen vertelt de Mossad-agent Marina dat haar missie is voltooid. Voordat hij vertrekt, realiseert hij zich dat Marina hem niet de hele waarheid over zichzelf heeft verteld en begint hij te vermoeden dat ze een spion is. Hij confronteert haar en houdt haar gevangen. Marina gebruikt hun overeengekomen code om Simon om hulp te vragen.

DGSE volgt Debailly's pogingen om contact op te nemen met Nadia. Dr. Balmes ontmoet haar en legt uit hoe Debailly haar uit gevangenschap heeft bevrijd. Debailly bedenkt een plan om Nadia in een hotel te ontmoeten en neemt contact met haar op via de mobiele telefoon van haar assistent, die DGSE al in de gaten houdt voor een andere operatie. Ondertussen vertelt Simon DGSE over Marina's oproep om hulp; hij vermoedt dat ze in het hotel wordt vastgehouden en plaatst een microfoon in haar kamer. De agent krijgt te horen dat er een Mossad-team komt om haar te behandelen, wat DGSE afluistert. Marina wordt op het laatste moment gered wanneer DGSE haar dekmantel verklapt. In Syrië trekken de Fransen zich terug uit de hulp aan de Koerden, maar laten Esrin op haar plaats; ze wordt gedood in de strijd. In Frankrijk arriveert DGSE bij het hotel om Debailly te arresteren, maar Nadia waarschuwt hem met behulp van hun overeengekomen code. Nadia wordt meegenomen en Debailly verdwijnt in de nacht.

Achtervolgd door de DGSE en de CIA helemaal tot Moskou, probeert Malotru te onderhandelen over zijn terugkeer naar Frankrijk. De nieuwe directeur van de DGSE, JJA, initieert een volledige audit van The Bureau en zijn nieuwe chef Marie-Jeanne, met de duidelijke bedoeling om in het proces een paar hoofden af ​​te hakken.

Malotru wordt door de DGSE gedumpt, komt uit zijn schuilplaats en wordt snel gevonden door de Russische geheime dienst. Bij de DGSE manipuleert Liz Sisteron om wantrouwen tussen hem en Marie-Jeanne te creëren. Ondertussen begint Jonas te vermoeden dat zijn missie een verborgen motief zou kunnen verbergen: uiteindelijk de jihadisten elimineren die hij als doelwit heeft.

Malotru wordt gearresteerd voor spionage door de Russische geheime dienst, wordt opzijgezet en overgeleverd aan de genade van andere gevangenen. Terug in Frankrijk probeert de DGSE zijn motieven te begrijpen voordat ze actie ondernemen. Marina's telefoon is gehackt en gebruikt in een cyberaanval op het Boulgakov Centre. Terug in Irak vermoedt Jonas dat een ogenschijnlijk berouwvolle jihadist hem misschien bespeelt om stiekem terug te keren naar Frankrijk.

Terwijl Malotru onder grote druk staat van de FSB om mee te werken, overweegt hij hoe hij een cyber operations officer moet benaderen. Terug in Frankrijk vraagt ​​Marie-Jeanne Mag om advies, maar ze komt erachter dat JJA hem heeft gedwongen om af te treden en dat zij heel goed de volgende zou kunnen zijn. Jonas huurt een expert in om een ​​islamistisch financieel netwerk te infiltreren.

Net nu Karlov zijn geduld begint te verliezen, stelt Malotru voor om Ellenstein te rekruteren. Terug bij de DGSE houdt Marie-Jeanne een cyberaanval in de gaten, in de hoop de persoon op te sporen die verantwoordelijk is voor het hacken van Marina's telefoon. Ondertussen zoeken Jonas en Jean-Paul in Mosul naar een manier om door de verwoeste stad bij de Collector te komen.

Onder Karlovs waakzame blik initieert Malotru de rekrutering van Ellenstein. Bij de DGSE vermoedt Sisteron dat Cesar niet klaar is om op missie te gaan en zijn legende niet geheim kan houden. Terug in Raqqa, nog steeds bezet door Daesh, voegen Jonas en Jean-Paul zich bij een bataljon Yazidi-vrouwen om Iode 3 op te sporen.

In Moskou verwelkomt Malotru César, die de identiteit van Ellenstein heeft aangenomen. Terug in Damascus weigeren de Syrische autoriteiten Jonas of Jean-Paul toegang te verlenen tot het mortuarium, waar het lichaam van Iode 3 hoogstwaarschijnlijk ligt.

Karlov vraagt ​​Malotru om zich bij de FSB in Moskou aan te sluiten. In Parijs moeten Sisteron en het hele Bureau een vragenlijst over Marie-Jeanne beantwoorden, die JJA tijdens de volgende bestuursvergadering tegen haar wil gebruiken. Ondertussen is Marina verbolgen over de manier waarop het Bureau Micha gebruikt, bang om opnieuw een spoor van vernietiging achter te laten.

Sisteron waarschuwt Marina dat haar dekmantel is weg, maar dat haar arrestatie kan helpen bij een andere cruciale opdracht. Ondertussen scheidt Malotru zich af van Samara en keert terug naar Frankrijk, waar hij in eenzame opsluiting zal worden vastgehouden. Terug in Syrië is Jonas het spoor van Iode 3 kwijt en moet hij kunstmatige intelligentie gebruiken om hem te vinden.

In Oekraïne arriveert Malotru op de wissellocatie om Marina op te halen. Maar op de terugweg wijkt hun konvooi af van de route die de DGSE aanvankelijk had afgesproken, waardoor hij Sisteron moet waarschuwen. Terug in Parijs begrijpt Marie-Jeanne snel dat Malotru's leven op het spel staat en confronteert JJA en Ponte. Ondertussen ondervraagt ​​Jonas Iode 3 om te proberen een dreigende terroristische aanslag in Frankrijk te voorkomen.