17歳にして科学雑誌に論文を掲載された若き天才、鑑純一郎だが、今はやりたい事しかできない“YD”というニートのオタク青年。そんな鑑は妹、純音の計らいにより、母校の東神鳴高校で非常勤講師として働く事になる。赴任した鑑は、叶美奈子がクラスのリーダー格、鬼頭ミホたちにいじめられている事に気付く。

鑑は栗林雪乃がDVDを万引きしている現場を目撃。鑑はDVDを棚に戻すため、雪乃のコートのポケットに手を入れる。すると雪乃は「痴漢」と叫び、鑑を突き飛ばして逃げ出す。後日、鑑が背後から雪乃に抱きついた画像が痴漢教師というキャプション付きでネットに流れる。この後、鑑がクビになるという噂が流れて…。

東神鳴高校をクビになった鑑は私立柊学園の理事長、柊暦にスカウトされる。明朝、純音は家まで返事を聞きに来た暦に謝罪。鑑が姿を消してしまったのだ。暦は部下たちを使い、鑑の足取りを探索。間もなく捜査員が鑑を発見するが、鑑は追尾する捜査員に気付いて逃走。秋葉原を舞台にした鑑と暦の勝負の結末は…。

銀杏学園の教師になる事を受け入れた鑑は最初の授業としてメイドの品格を生徒会長のマキナに教える事に。マキナは純音と共にメイドとして1日働く事になる。体験してメイドの良さ、奥の深さを理解したマキナ。だが、マキナは切子の退学を撤回する気はないという。すると鑑は切子とマキナをある場所へ案内する。

銀杏学園の非常勤講師として採用された鑑は赴任早々に巨漢の男子生徒、七海征十郎が暴れる現場に遭遇する。元野球少年の七海は札付きのワルだった。そこに現れた暦は鑑と七海の勝負を勝手に決めてしまう。翌朝、鑑は七海を呼び出し、2日後の勝負の内容を決めたと伝える。鑑が決めた勝負の内容に困惑する七海だったが…。

鑑は七海にサッカーの試合で勝負する事を告げ、騙された七海は激怒する。試合開始早々、七海は強烈なタックルを鑑に食らわせるが、鑑チームはルーズボールを拾い、あっという間に先制。鑑チームは追加点を奪い、前半は3対0で終了する。鑑は不貞腐れて試合放棄しようとする七海に気付き、更生させるための授業を開始する。

鑑は純音から物理を教えて欲しいというクラスメイトの花音を紹介される。花音は全ての会話をメールでやりとりして一切喋らない。実は花音は中学時代に声をからかわれ、それ以来、一言も喋らなくなったという。花音がどんな声をしているか聞いた鑑は俄然やる気になり、あの手この手を使って花音に喋らせようとするが…。

鑑はクラスの不登校児の家へ家庭訪問に行き、登校するように指導してと頼まれる。だが、鑑は断って漫画「終末学園」最新刊を秋葉原に買いに行く。そこで鑑は自分がこの漫画の一番のファンだと自負するゴスロリ少女と出会う。少女は作者の天上院騎咲先生の生原画など、ファンには入手困難なものばかりを所有していて…。

人気オンラインPCゲーム「UROBOROS」内でファーストと名乗る鑑はルーチェというネット上のパートナーと最強難度のクエストをクリア。明日開催のイベントクエストへの参戦を決める。鑑はクラスの生徒33人全員を仲間にして参加する事に。生徒たちの腕前は上達するが、イベント参戦が危ぶまれる問題が発覚して…。

不登校児の光太郎は鑑がPCゲーム「UROBOROS」内でパートナーを組むルーチェだった。追加メンバーも見つかり、鑑たちはイベントへの参加手続きを完了。対戦相手はここ数年負けなしの最強チームだった。ルーチェはログインだけして不参加を表明し、鑑はルーチェをゲーム内に連れ戻しに向かうが…。

光太郎（ルーチェ）はゲーム内で七海に自分が同じクラスの不登校児の光太郎だと打ち明ける。騎咲はリアルで話さないかと提案し、光太郎の家を訪ねる。この後、騎咲は強引に光太郎をブティックへと連れて行く。その頃、鑑は切子にある事を頼む。鑑は光太郎が現実世界に帰ってくるための特別な授業を考えていた…。

鑑はPCゲーム「UROBOROS」の優勝祝賀パーティーにクラスの生徒全員を招待する。鑑は優勝者の権限を使い、好きに設定した合戦イベントを実行。それはファースト（鑑）とルーチェ（光太郎）の対戦だった。鑑は勝利したらルーチェの重大な秘密を暴露する皆に宣言し、それを聞いた光太郎は言葉を失って…。

鑑の家にスイスからティム博士が突然押し掛けてくる。彼女は人類最高の頭脳が集まる素粒子物理学研究所、CERMの所長だった。ティムは鑑が銀杏学園の教師になったと知り、体験留学生として鑑のクラスの生徒になる。生徒たちは鑑が教師を辞めるかもと心配。そんな中、ティムはCERMへの参加を賭けて鑑に勝負を挑む。

鑑は人気ゲーム「バトルワールド3」を購入後、フリマに立ち寄り、生徒会の会計係の蔵持円と知り合う。円は見ただけでモノの価値を金額に査定できる能力の持ち主だった。円は鑑自身が欲しいと突然結婚を申し込む。円は鑑と結婚し、KMCを世界一のソフトメーカーにしたいと考えていた。鑑は全く取り合わなかったが…。

KMCは世界最大のゲーム会社から買収を仕掛けられていた。KMCの社員を残す条件は円が向こうの会社のCEO、ヘル・ゲイツと結婚する事。鑑は自分が円の本当のフィアンセだと名乗り、ゲイツは鑑に決闘を申し込む。対戦には発売前の「キングヘイロー3」を使うと伝える。ゲイツが圧倒的に有利なゲームだったが…。

鑑は、1年閉鎖されている合宿所をクラスの生徒全員と泊まり込みで掃除する事に。夜、鑑は図書室で目を覚ます。その時、女の子がすすり泣く声を聞こえてくる。泣いていたのは銀杏学園の制服を着た幽霊少女。彼女は1年前に不慮の事故で亡くなった漫画好きの生徒だった。鑑は成仏させてほしいと幽霊少女から懇願されるが…。

翌朝、登校中の花音は男子生徒たちの熱い視線を感じる。だが、花音に熱い視線を向けていた男子たちは一斉にいなくなる。男子たちが向かったのは女子の制服を着て初登校する光太郎の所だった。花音は光太郎が男子からチヤホヤされる光景を見て、学園一の美少女のポジションを奪われてしまうと不安になって…。

鑑は優勝して手に入れたレアカードをマキナに没収される。翌朝、マキナは没収したカードがない事に気付き、弟の一也がカードを持って登校したと察する。放課後、一也は前日敗れたケンジにカードゲームの再戦を申し込み、負けたらカードを取られる真剣勝負をする。一也はレアカードがあれば勝てると信じていたが…。

鑑は15歳の女の子、小宮滝と仲良くなる。滝は家にも学校にも居場所がない若者たちが集まるブラックオラクルネオというチームのリーダーだった。そんな折、鑑は純音とライブを観に行く。ライブ後、鑑の携帯に滝の双子の姉、小宮流から着信。鑑の話を聞いた流は妹の滝をチームから抜けさせて下さいと鑑に頼むが…。

流は滝をブラックオラクルネオから抜けさせたい本当の理由を鑑に打ち明ける。自分の居場所としてブラックオラクルネオを作った滝。流はアイドルの資質がある滝のいるべき場所を奪ってしまったと罪悪感を抱いていた。数日後、鑑は流の思い込みをぶっ壊すため、廃工場のイベントに流を呼び出して…。

流が滝を逆恨みする武田たちにさらわれてしまう。武田は流を滝と間違えて連れ去ったのだ。鑑警察沙汰になれば、スキャンダルになって流の芸能生命は終わってしまう状況。鑑はネットのBBSに書き込んだり、ツイートしたりして流の情報を拡散。この後、滝は流を助けるため、ビルの中へ単身乗り込むが…。

CERMのティムは緊急会見を開き、簡易型空間歪曲転移ゲート発生装置、通称“どこでもドア”の製造を最終目的とした実証実験を開始すると発表。鑑は会見を見て、自分のやりたい事が教師じゃない事を思い知る。そんな鑑の前に高校の同級生だったKECの刀祢大和が現れる。大和はドアの開発を指揮して欲しいと鑑に頼む。

暦は一日体験入所が終わる頃に零子を研究所まで迎えに行くが…。研究所では鑑と一緒にいたい零子が立てこもる事件が起きていた。零子は研究所を占拠したと宣言し、正式な所員と認めて欲しいと要求する。鑑はノートPCを使ってセキュリティを次々に解除していく。そして鑑は研究所の入口を開けて中へ入っていくが…。