L’Agente Claire Bennigan sta indagando su una bimba di sei anni che ha tentato di uccidere la madre e capisce che una persona misteriosa di nome Drill sta manipolando i bambini. Nel frattempo, l'agente del Dipartimento della Difesa Wes Lawrence è inviato nel deserto del Sahara dove un F22 scomparso, pilotato da Sean - marito di Claire - si è incagliato in una strana struttura di origine aliena.

Claire, Sean e Wes cercano di mantenere vivo Thomas Harcourt, nella speranza che possa fornire informazioni sull’obiettivo finale di Drill. Tuttavia, Drill ha preparato un nuovo piano per uccidere il suo ex "amico".