La Classe 3-E, tot i que algunes coses han canviat, té la mateixa tasca: matar el professor abans d'acabar l'any. Però és més fàcil de dir que de fer, ja que el Korosensei ha deixat clar que no caurà sense lluitar.

经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙。

C'est une rentrée très spéciale qui commence, car à la fin de cette année scolaire, Koro-sensei détruira le monde si les élèves de 3E ne le tuent pas avant.

Class 3E and while some things have changed, the class assignment is still the same: kill their teacher before the end of the year. Easier said than done since Koro Sensei's made it clear he won't go down without a fight.

突如現れたとても奇妙な担任教師によって1学期の授業は始まった。落ちこぼれクラス「エンドのE組」と呼ばれた生徒たちは、暗殺教室というかつて経験したことのない特別授業や様々な試練を通じて、新たな仲間と絆、そして少しずつ自分たちに自信を持っていく。そして、1学期が終了し迎えた夏休みもいよいよ最後の日を迎えた。新たに始まる2学期、3年E組の生徒たちは期限の卒業までに担任教師である「殺せんせー」暗殺ミッションを成功させることができるのか。

Другий сезон одної з найоригінальніших історій 2015 року, історії про клас Е - найгірший клас у відомій приватній школі Кунуґіґаока, головною метою якого є геть не навчання, а вбивство їхнього вчителя - тентаклеподібної істоти, яка обіцяє знищити світ до кінця навчального року. Чи стане сил у класу вбивць знищити свого учителя, який за півроку навчання став усім небайдужим?