암살 여행의 마지막 날. 살생님은 학생들에게 섬에 있는 동굴로 담력 체험을 하러 가자고 한다. 하지만 살생님이 진짜 노리는 건 담력 훈련이 아닌, 학생들의 커플 탄생.

늘 뒤로 빠져 있던 카에데가 이번에는 앞에 나서서 암살 계획을 세운다. 바로, 거대 푸딩을 만들어 폭파하는 것. 학생들은 한마음이 되어 달콤한 푸딩 만들기에 돌입한다.

이토나가 살생님을 다시 공격해온다. 하지만 이토나의 공격 패턴을 꿰뚫어 보고 간단히 물리치는 살생님. 패배에 충격을 받은 이토나는 촉수에 점차 정신을 지배당하고 만다.

3학년 E반으로 오게 된 이토나. 직접 개조한 RC카로 살생님을 처치하기로 한다. 하지만 다른 남학생들은 이토나의 무선 조종 자동차를 여학생 관찰용으로 이용하려 하는데.

E반 반장 이소가이는 교칙을 위반하며 몰래 아르바이트를 하다 아사노에게 들킨다. 당황한 이소가이에게 아사노는 장대 눕히기 경기에서 A반을 이기면 눈감아 주겠다고 한다.

길에서 위험한 훈련을 하다가 지나가던 보육원 선생님을 다치게 한 E반 학생들. 화가 잔뜩 난 살생님은 2주간 공부를 금지하고, 학생들을 보육원으로 보내 봉사활동을 시킨다.

이리나의 생일. 학생들은 무심한 카라스마를 속여 이리나에게 꽃을 선물하게 한다. 그러나 전부 학생들의 계획이었던 게 들통나고, 마음을 다친 이리나는 학교를 떠나버린다.

카라스마와 살생님이 학생들을 구하러 출동하지만, 살생님은 금방 사신에게 붙잡히고. 사신이 살생님과 함께 학생들의 목숨까지 희생시키려 하자, 카라스마는 결단을 내린다.

진로 상담의 시간. 암살자로서의 재능을 발견한 나기사는 암살자의 길을 가는 것을 고민해보지만, 자식의 출세에 집착하는 나기사의 엄마는 아들을 E반에서 빼내려 한다.

쿠누기가오카 학원제가 열린다. E반은 산에서 난 신선한 재료로 요리를 만들어 팔기로 하고. 한편 아사노가 마련한 초호화 이벤트로 축제를 찾은 사람들의 마음을 뺏는 A반.

어느덧 기말고사가 코앞으로 다가오고, 이사장은 A반을 세뇌해 E반을 증오하게 한다. 아버지의 교육 방침을 보고만 있을 수 없는 아사노. E반을 찾아가 한 가지 부탁을 한다.

기말고사 마지막 시간, 마지막 문제. 카르마와 아사노는 도무지 손댈 엄두도 안 나는 최고난도 수학 문제에 도전한다. 그리고 드디어 전교생의 기말고사 성적이 발표된다.

이사장이 살생님을 암살하러 E반에 찾아온다. 하지만 오히려 자신이 친 덫에 걸려 죽을 위기에 처하고. 그때 그의 머릿속에는 교사로 살아온 지난날들이 주마등처럼 지나간다.

연극이 끝나고 창고를 정리하던 카야노와 살생님. 카야노는 숨겨둔 무기를 꺼내 살생님에게 일격을 가한다. 카야노의 전혀 다른 얼굴을 보게 된 학생들은 충격에 빠진다.

살생님에게 쉴 새 없이 공격을 퍼붓는 카야노를 막기 위해, 나기사는 아무도 생각 못 한 방법을 쓴다. 이후 살생님은 끝까지 감추고 싶었던 과거를 모두에게 털어놓는다.

천재 과학자 야나기사와의 실험실에서 처음 만난 사신과 아구리는 함께 시간을 보내며 점점 가까워진다. 한편 야나기사와는 예상치 못한 실험 변수로 달을 날려버리게 된다.

살생님을 구하고 싶은 나기사. 하지만 학생들은 찬성파와 반대파로 나뉜다. 서로 의견이 달라 분열되는 학생들을 보며 살생님은 서바이벌 게임을 해서 결론을 내자고 한다.

산속에서 벌어진 암살 서바이벌 게임에서 마지막까지 살아남은 사람은 카르마와 나기사. 카르마는 나기사에게 모두가 결과를 인정할 수 있도록 일대일 정면 승부를 제안한다.

나기사와 카르마는 반 친구들의 도움으로, 우주 정거장으로 향하는 로켓에 몰래 올라타는 데 성공한다. 둘의 임무는 살생님을 살리는 데 필요한 우주 실험 데이터 빼내기.

이제 곧 중학교를 졸업하는 E반. 다들 본격적으로 고교 입시를 준비한다. 한편 어느덧 밸런타인데이가 찾아오고, 카야노는 그동안 숨겼던 마음을 나기사에게 전하기로 한다.

졸업 앨범을 만들자는 살생님. 지난 1년 동안 틈틈이 찍어둔 학생들 사진을 반 전체에 공개한다. 나기사는 마지막 진로 상담 시간에 선생님이 되고 싶다고 자신 있게 말한다.

살생님을 암살하기 위한 레이저가 다시 충전될 때까지 앞으로 세 시간밖에 남지 않았다. 학생들은 학교를 포위한 정예 부대를 뚫고 살생님에게 가기 위해 작전을 개시한다.

사신과 야나기사와가 달라진 모습으로 살생님과 학생들 앞에 나타난다. 야나기사와는 살생님을 죽이기 위해 학생을 표적으로 삼고, 카라스마는 그의 공격을 말리려 뛰어든다.

혼신의 힘을 다해서 카야노를 치료한 살생님은 약해질 대로 약해져 버린다. 이제는 시간이 다 되었음을 느낀 살생님. 3학년 E반 학생들에게 마지막으로 부탁을 하나 한다.