달의 70%를 파괴한 마하 20의 초생물. 그가 3학년 E반 담임이 되자 학생들은 선생님, 아니 살생님으로 부르며 암살을 시도한다. 상금이 무려 100억 엔. 지구 구하기는 덤이다.

스기노가 항선생 BB탄이 박힌 야구공을 힘껏 던진다. 하지만 그 속도로는 역부족. 느긋하게 피한 살생님은 수업 후 뉴욕 야구직관까지 다녀오는데. 이것도 다 뜻이 있었으니.

정학이 풀린 아카바네 카르마. 그는 선생님을 증오하는 학생이다. 등교 첫날 예상치 못한 공격으로 살생님에게 상처를 입히지만, 살생님 역시 녀석을 마음껏 손질해준다.

E반에 새로 부임한 이리나 옐라비치 선생님. 알고 보니 국가가 고용한 프로 암살자였다. 화끈한 몸매로 미인계를 시전하자 홀랑 빠져드는 살생님. 학생들은 어이가 없다.

솔직한 암살 방법의 등장. 오쿠다는 살생님에게 아예 독을 마셔달라고 부탁한다. 진심을 담아 만든 독. 하지만 통할 리가. 살생님은 오히려 함께 독을 만들어보자고 제안한다.

END의 E반은 이대로 남아 있어야만 합니다. 변화를 원치 않는 학교 이사장의 경고에 분노하는 살생님. 마하 20의 속도로 분신해 학생들에게 중간고사 일대일 지도를 펼친다.

교토로 떠난 수학여행. 물론 살생님의 암살계획도 포함이다. E반 학생들은 조별로 암살하기 좋은 장소를 물색하는데, 갑자기 나타난 불량배들에게 여학생 둘이 납치된다.

2km 거리의 표적도 죽인 바 있는 전문 저격수, 레드아이. 수학여행 중인 살생님을 암살하려 하지만 번번이 실패. 실의에 빠져있는 순간, 살생님이 찾아와 뜻밖의 말을 한다.

새로운 전학생. 이름하여 자립 사고 고정포대. 수업이 시작되자 막강한 화력을 뿜어내고, 살생님의 방어 패턴을 학습해 재공격까지 하는 진정한 암살 기계의 면모를 보인다.

이리나 앞에 옛 스승 로브로가 나타나 암살철수를 명령한다. 살생님은 이 두 사람에게 흥미로운 대결을 제안하고, 카르마와 나기사는 살생님과 함께 하와이로 날라간다.

야구부원들이 스기노에게 모욕감을 안긴다. 복수를 다짐하며 구기 대회에 나간 E반 학생님과 살생님. 초반부터 녀석들의 코를 납작하게 만들자 갑자기 이사장이 개입한다.

카라스마를 돕기 위해 타카오카 체육선생님이 부임한다. 아빠 같은 털털한 성격에 마음씨 좋은 스승 같지만, 곧 그의 본성이 드러나는데. 친애와 공포, 이것이 그의 교육관.

아이들과 어울리지 못한 채 불만만 가득한 테라사카. 어느 날 시로, 이토나의 도움을 받아 살생님을 암살하려 한다. 장소는 새로 생긴 수영장. 살생님의 약점을 파악한 걸까.

이런 살생님 또 없습니다. 과목별 1등에게 촉수 파괴권을 주겠다는 파격 제안. 당근을 적절히 활용하는 진정한 교육자의 모습이다. 덕분에 학생들의 열공 의지가 불타오르고.

기말고사라는 전쟁터. 목숨 걸고 싸운 E반 학생들이 A반과의 내기에서 승리하고, 살생님은 약속대로 촉수 파괴권을 준다. 하지만 그때 무언가 잘못되었음을 모두가 깨닫는다.

살생님 죽이기 딱 좋은 여름 방학이 왔다. 남쪽 섬의 암살 여행까지 앞으로 1주일. 로브로가 특별 강사로 찾아와 E반 학생들을 훈련하고, 드디어 암살 여행의 날이 밝아온다.

계획은 이렇다. 살생님에게 영상을 보여주고, 촉수를 파괴해 일제히 암살 시작. 그러면 하야미와 치바의 저격으로 마무리. 하지만 살생님에게도 나름의 계획이 있었으니.

감염된 학생들. 치료제를 구할 방법은 두 가지. 범인에게 살생님을 넘기거나, 호텔을 기습하거나. 후자를 선택한 E반 학생들은 호텔 최상층을 향해 잠입을 계속 이어나간다.

기말고사에서 패자가 된 후 심기일전한 카르마. 교묘한 작전으로 부하 하나를 쓰러뜨린다. 이제 VIP층이 코앞. 나기사와 여학생들은 실내로 들어가려 하지만, 나기사 복장이?

콘서트홀의 암살자. 총의 상태를 맛으로 확인하는 대단한 녀석이다. 살생님의 도움으로 위기를 넘긴 학생들은 마침내 최상층에 다다르고, 그곳에서 뜻밖의 인물과 조우한다.

필살기라고 해서 반드시 죽이는 기술은 아니다. 나기사는 로브로의 가르침을 떠올려, 전투 모드인 타카오카에게 최후의 일격을 가한다. 그리고 곧 놀라운 진실과 마주한다.