游行群众纷纷抗议政府的卖水行为，事态陷入混乱。公安9课强行采取控制，此时发生多起Ghost Hack事件，部队人员开始袭击群众，并自相残杀。导致电子脑被夺取的元凶是震网型病毒，公安9课调查后对黑客的所在位置发起攻击。在事件发生地，突然出现了全身义体化的神秘少女……

草薙等人将全身义体化的少女押送到陆军501机关进行分析，原来少女是以战后技术为基础的特殊间谍。她担任搜寻稻草人的任务，而稻草人正是袭击了服务器的嫌疑犯。草薙得知了稻草人的真实身份，名为布林达朱尼亚的会计师。为了查出幕后黑手，草薙决定潜入稻草人的Ghost进行调查。

公安9课准备调查被暗杀的中佐的受贿事件，并要对中佐的电子脑进行回收。此时隶属501机关的草薙闯入墓园，双方一番争论后公安9课仍然决定打开棺材，然而棺材里却躺着一位神秘少女。神秘少女对众人展开攻击，草薙等人这才明白有人设下了陷阱。中佐的电子脑去向不明，草薙展开搜寻……

草薙追踪中佐被杀事件，她潜入第六演习场，终于将所有线索串了起来。躲在一旁的突击队成员巴特早就被草薙发现，就在他们争执不下时，一群神秘人突然包围了他们。草薙等人奋力冲出仓库，此时一群机器少女对他们发起死亡进攻。关键时刻，陆军警察救了他们，但草薙却被当做杀害中佐的嫌疑人而遭到逮捕。

最高法院对曾我和哉判以死刑，此时春日国防次官闯入法庭，曾我称试图切断他网络的人会从这个城市消失，而他希望春日能找出真相。公安的整个系统陷入瘫痪，草薙任命调查此事。LOGICOMA被入侵者植入了虚假的记忆，就在草薙查询这段记忆时，交通管制系统被大面积入侵，交通陷入瘫痪状态。

草薙陷入防壁迷宫，曾我执意要连接潘多拉。草薙在寻找出口时，看到了卡尔迪斯坦歼灭作战的真相，而曾我早已被病毒感染。草薙顺利掉进迷宫空隙，曾我通过模块控制了交通管制系统，企图扰乱世界秩序。政府陷入慌乱，草薙和VIVI追踪运送模块的车辆，与敌方展开追逐战，一切即将真相大白。

西之内发生了爆炸，这是恐怖分子所为，受害者里有外国水企业的重要人士、产业省的官员和国内兵器的制造商。山手的大坝也发生了爆炸，这是否与恐怖事件有所关联尚未得知。公安9课要求草薙出动，他们虽然利用草薙的预测名单追击到了犯人，但是因为武装水平的差异很难抓住犯人。草薙命令全员出击追逐犯人，恐怖分子的目的究竟是？

草薙的恋人很可疑，他与卡尔迪思的人接触，似乎在计划什么巨大的阴谋，之前的两起爆炸案他也是知情者之一。草薙坚持认为斯库拉萨斯已经死亡，多条线索都指向了干濑晶。库露兹要求草薙不要声张斯库拉萨斯已经死亡的事实，不然下一个葬送的将是她自己。巴特追踪了卡尔迪思组织，但却没有找到指导战术者是谁。

2029年1月，飞机381航班在飞行中发生了爆炸事故，公安9课认定犯罪嫌疑人是一名记忆疑似被植入了电脑病毒的男子村坂堤，他们决定去这个男子的住所进行搜查。但在进行搜查前，似乎有人先潜入了村坂堤的住所。经过一番打斗后公安9课才发现这群陌生人是美军情报部的人员，他们要求和公安9课合作进行调查。

草薙虽然逮捕控制了纵火犯，但是这个纵火犯却不是伽尔贝斯，之前发生爆炸坠毁的飞机失事现场发现了疑似伽尔贝斯的遗体。被草薙控制的纵火犯究竟是什么人，相关部门的技术人员正在努力解析。草薙的部队被剔除了共同调查的队伍，美军情报部想利用失事飞机的乘客对纵火犯进行解析。草薙信不过这些技术人员，她要求直接调查解析穗积。