児童養護施設・まほろばで育った龍崎イクオ（生田斗真）と段野竜哉（小栗旬）。2人が小学生のとき、母親のように面倒を見てくれていた施設職員の「結子先生（広末涼子）」が何者かに殺されるのを目撃する。犯人について2人は警察に証言するが、その言葉は“金時計”をした警察関係者に握りつぶされ、なぜか事件はもみ消された…。それから20年。イクオは刑事となり、新宿第二警察署刑事課に勤務していた。イクオとバディを組むのは日比野美月警部補（上野樹里）。ドジで明るいお人好し、冴えないキャラのイクオであったが、なぜか事件のにおいを嗅ぎ取ることに長け、検挙率は署内ナンバーワン。東大出のエリートキャリアである美月はいつもそのことが不思議でならなかった。一方、竜哉は抜群の頭脳を生かし暴力団・松江組の幹部として闇の世界でのし上がっていた。警察とヤクザ…決して交わることのないはずの二人の目的は、事件を握りつぶした「金時計の男」を警察内から探し出し、真実を探り出し、最強の権力組織である“警察”の闇を暴くこと。「信じるのはお互いだけ…」誰にも知られてはいけない相棒として、龍崎イクオと段野竜哉の“二匹の龍”は“警察”という絶対不可侵の禁城に挑む！ある夜、新宿で男性が転落死する。事故か、自殺か、他殺か…。自殺との見方が強まる中、イクオは亡くなった男性の家族に会いたいと言い出す。そのころ、転落場所近くのパーキングで車上荒しがあり、防犯カメラの映像から、常習の沢渡（中村蒼）が浮かび上がる。沢渡は男性が転落する一部始終を見ていたようで…。

イクオ（生田斗真）と美月（上野樹里）は３年前に起こったキャバクラ嬢殺人事件の内偵でキャバクラへ。そこでキャバクラ嬢の葵（岡本玲）と店長・神谷（尾上松也）と知り合う。ところが後日、葵が３年前の事件と同じ手口で殺された…。葵が働いていたキャバクラは竜哉（小栗旬）が所有しており、イクオと竜哉はそれぞれに犯人を捜し始める。一方、「金時計の男」も捜し続けている二人。竜哉は事情を探らせていたライターの御子柴（田中要次）の事務所へ行き、あるものを発見する。

新宿でホームレスが殺害される事件が相次いで起こり、イクオ（生田斗真）たち新宿第二署は雑用担当に。我慢できなくなった美月（上野樹里）はイクオに提案し、独自で捜査を開始する。そんな中、二人は男がホームレスを襲撃している現場に遭遇。犯人を取り押さえ被害者に事情を聞こうとするが、すでに姿はなく…。一方、“金時計の男”の手がかりを探す竜哉（小栗旬）は、闇医者の劉宗鉉（山本學）から新情報を入手する。

突然警視庁捜査一課に配属されたイクオ（生田斗真）は、警察官連続殺人事件の捜査を命じられる。相棒は坂東（大地康雄）という一匹狼の刑事だ。坂東を相手に四苦八苦するイクオは、境川署で所轄の刑事・中嶋（笠原秀幸）とダンボールに詰められた警察官のバラバラ死体を発見する。警察官連続殺人事件、3人目の被害者だった…。一方、竜哉（小栗旬）は我孫子桐乃（武田久美子）から、我孫子会の直参に引き上げる、という出世話を持ちかけられていた。

美月（上野樹里）から竜哉（小栗旬）との関係を問いただされたイクオ（生田斗真）は、果たしてどこまで隠し通せるのか不安を覚えていた。そんな折、北川貴一郎警視総監（中村橋之助）が何者かに狙撃され、イクオたちは特別捜査本部に招集される。一方、ハイジマコーポレーション社長の桂田（デビット伊東）の遺体と結子先生（広末涼子）の警官姿の写真を見つけた竜哉は、その場で二人の男に襲撃される。自分を襲撃した男たちが公安刑事だったと知り、竜哉は公安とつながりの深い暴力団・山城会を探り始める。

死亡した山城会会長（佐々木勝彦）から「まほろばの資料は息子に渡した」と聞いたイクオ（生田斗真）と竜哉（小栗旬）は、息子である山城隼人（中野裕太）を捜す。公安の“ゼロ”と呼ばれる２人の男たちも隼人を捜しており、タイムリミットは迫っていた。一方イクオと竜哉の関係を疑っているのは美月（上野樹里）だけではなかった。新宿第一署の蝶野（滝藤賢一）は、あることからイクオと竜哉への疑いを深め、独自に調べていた…。

公安「ゼロ」に撃たれたイクオ（生田斗真）だったが、止める美月（上野樹里）を振り切り、山城会会長の息子・隼人（中野裕太）を連れて「ゼロ」から逃げている竜哉（小栗旬）を捜すため再び現場に戻る。その頃、彼らの目的が結子先生（広末涼子）の形見であるウロボロスのネックレスだと知った竜哉は、「ゼロ」の二人と死闘を繰り広げていた。一方、事態を知った聖副総監（野村将希）も自ら現場に駆けつけ指揮を執っていた。そしてイクオと竜哉の前にもう一人、重要な人物が現れる・・・。

突然現れた那智聡介（綾野剛）に拉致された美月（上野樹里）は、イクオ（生田斗真）と竜哉（小栗旬）の関係と児童養護施設「まほろば」の秘密を知り、衝撃を受ける。そして美月はある人物に新たな疑いの目を向ける。一方、連絡が取れない美月を心配したイクオは彼女の自宅を訪れ、荒らされた様子を目にする。そこに美月の父・日比野（光石研）と小夏（清野菜名）もやってきて…。

児童養護施設「まほろば」跡地で何者かに殺害された日比野（光石研）と怪我を負わされた小夏（清野菜名）。イクオ（生田斗真）はそこから立ち去る竜哉（小栗旬）の姿を目撃するが、竜哉が日比野を殺したとは考えていなかった。「まほろば」に関する資料を手に入れた竜哉はある事実を知り、驚愕。そして一人、決意を新たにする。一方、イクオと美月（上野樹里）は日比野殺害事件の犯人について“あること”を確信していた。

いよいよ最終回！ 20年をかけたイクオと竜哉の仇討ちの行方は？