纽约自从经历了“重大灾难”后，转眼间就挤满了虎视眈眈的恶势力，而俄罗斯黑手党、日本极道、与香港黑帮侵占著纽约地狱厨房区域，让所有小老百姓不得安宁。一位生活在地狱厨房里的一位盲人律师马特·默多克，白天时会和自己的最好朋友及合伙人弗吉·尼尔森在法庭上辩护一个又一个案子，夜晚时却会利用自己从小失去双眼所换来的高级感官、穿上黑衣与面罩在外打击罪犯。

马特、弗吉与凯伦认识了一个新客户，一名墨西哥裔的老妇人埃琳娜·卡德纳斯，自己的公寓由于处于强拆危机，而来雇佣马特和弗吉来解决问题。两人于是决定着手调查埃琳娜的房东阿曼德·徒利，另一个有权势的生意人；两人首先为了拜访了他的律师而来到兰德曼-扎克律师事务所时，弗吉发现自己的前女友玛茜·史戴尔就是他们的代表，她透漏说埃琳娜与她的钉子户邻居们要么接受和解、要么被逐出公寓。当马特独自来到警察局找资料时，他隐隐约约听见两名为菲斯克工作的腐败警察布雷克和霍夫曼，栽赃嫁祸、杀害了一名打算合作的俄罗斯黑帮份子，马特于是在夜间袭击了布雷克，用他的手机得到了弗拉基米尔的所在位置。

凯伦和弗吉花了大力气才带马特入伍，马特以禁止他们做一些置自己于危险中的事情才决定加入。另一边，信因为失去了黑空而感到极度不满，但菲斯克强调自己一定会给他应有的一切，顺便开始为恢复清醒的布雷克想对策。为了防止布雷克心生不满而供出事情，菲斯克尽全力说服了霍夫曼去暗杀他，霍夫曼于是为布雷克注射了毒药后使他丧命，但马特身穿黑衣现身打算制止霍夫曼却失败，最后反而还是背负了杀害布雷克的罪名。

菲斯克一露面，让本和凯伦打算举报他的计划失败，但凯伦却仍然不想放弃，打算靠一己之力来查出菲斯克过去的秘密。马特为了打探情报而来到凡妮莎的画廊，会面了菲斯克本人，面对仇人却无计可施。同时，信因为失去耐心而向菲斯克追问自己的补偿，菲斯克答应他会给他一个街区，前提就是信帮他解决黑衣人。之后，菲斯克决定加紧节奏清除不肯搬离的钉子户，想方设法将他们驱离，最后甚至收买一名瘾君子来杀死身无寸铁的埃琳娜。当凯伦等人来到警察局认尸时，只能靠在她的尸体旁边痛哭。马特在愤怒下抓回了该名瘾君子，威胁他去自首后问出了菲斯克藏身的码头仓库，进去后却发现里面的人只是身穿红色忍者服、手持铁链手里剑的信。

凯伦射杀了韦斯利后抹掉自己在此的痕迹，将枪扔水里后跑回家，在晚上时因为罪恶感而做噩梦。同时，马特摧毁了高夫人的海洛因工厂，救出了所有为她工作的盲眼华人；高夫人在生意毁掉后跑去和利兰告了别，最后重返了家乡中国去发展。当菲斯克找到韦斯利的尸体时，在陷入悲愤下发现他最后一通电话是打给自己母亲，之后将母亲送往国外时也没从她口中问出什么。凡妮莎当时恢复清醒，菲斯克基于下毒事件而打算将她送走时，遭到她的拒绝。本在经过几分考虑下决定刊登菲斯克儿时罪行的故事，但被自己的主编埃利森拒绝，最后甚至被他开除。

霍夫曼在罪恶感驱使下走到警察局里自首，在马特、弗吉与凯伦面前将所有实情一五一十地供述。在事实公开下，所有为菲斯克卖命的人全部遭到逮捕，包括特克、一些黑警与政府官员、以及走漏本的消息的报社女编辑。当菲斯克准备去和凡妮莎回合时，马特突袭了他的车后和他进行一场恶战。马特花了大力气才将菲斯克击败，布伦特刚好到场逮捕了菲斯克。事情之后，菲斯克被捕入狱，马特、弗吉与凯伦也开始庆祝胜利，纽约市也将拯救他们的黑衣人正式命名为“夜魔侠”。

自从菲斯克入狱、俄罗斯黑手党遭歼灭、香港黑帮与日本极道销声匿迹后，地狱厨房所有剩余的黑帮团伙，开始疯狂抢夺菲斯克遗留的资源，其中包括爱尔兰黑帮家族、墨西哥贩毒集团、以及地狱犬机车团。一日，爱尔兰黑帮家族在开会聚餐时，突然遭到“不明军队”歼灭，而唯一的幸存者埃利叶·格罗特在无处可去下，只能去找如今扳倒菲斯克而成名的马特、弗吉与凯伦求助。凯伦为了想办法解救事务所的经济困境而接受了格罗特的请求，将他送至医院抢救。当弗吉和马特来到黑帮命案现场，从布莱特那边得知所有黑帮份子都是以高级军事武器残忍杀害。

弗吉在隔天一早跑到顶楼找到了受伤昏迷的马特，发现他头上的子弹所幸被头盔挡了下来，而马特被救回公寓里后，发现枪击对自己的听觉与行动造成了很大的影响。当弗吉回到警察局打算推动格罗特加入证人保护计划时，纽约地检署的女检察官萨曼莎·雷耶斯却突然跑过来插手这件事，打算利用格罗特去引出一个高级毒贩。马特随后去找梅尔文勉强修复了自己的头盔，来到爱尔兰黑帮被屠杀的现场调查时，得知他们所养的猎狗被带走。

爱尔兰黑帮因为惩罚者而受到重创之下，黑帮家族族长芬恩·克鲁利来到纽约收拾残局，并开始全力抓捕惩罚者，以报死去儿子的一箭之仇；他在最后通过猎狗而找到了惩罚者的住处，了解了他的身份。这时，凯伦开始暗中调查惩罚者的身份，从雷耶斯的副手、检察官布莱克·塔沃手上要到的资料上，发现了一张人体头骨的X光片、并发现头骨上停留了一颗子弹。为此，凯伦发现惩罚者本名为弗兰克·卡斯特，是一个妻小惨遭帮派杀害的退伍军人。凯伦于是潜入了弗兰克的住宅中，发现了他的家人所留的遗物。

马特与手持双剑的艾丽卡联手制服了黑帮份子，两人于是立即离开去吃早餐，艾丽卡解释日本极道其实一直都没有离开过，只不过是隐藏在阴影中等待回归。马特虽然答应这次会协助她，但命令她在事情结束后必须离开城市。另一边，躺在医院的弗兰克·卡斯特恢复清醒后，导致各个媒体蜂拥而至，而马特、凯伦与弗吉怀疑这件事有些蹊跷，为了不让雷耶斯继续掌控局面，他们在商量过后决定担任弗兰克的律师。在医院里，弗兰克原本打算认命，但凯伦展示了自己当初从他家中寻获的一张全家福照片，这才让弗兰克回心转意。

马特联络布莱特将五名小孩带到附近的医疗设施治疗，让克莱尔帮忙照顾他们，随后便收到了弗兰克越狱的消息。第二天，马特、凯伦与弗吉被心急如焚的雷耶斯传唤过来，塔沃对他们坦白他们一年前为了抓捕人称“铁匠”的神秘毒枭，决定在中央公园的交易中设下圈套一举拿下他；但不慎错估形势，铁匠根本没有现身，并导致黑帮火拼时牵连了站在一旁的平民、其中就包括弗兰克的家人。

克莱尔在惊慌失措下被马特救走，而五名小孩最后自愿跟着忍者们回去，每个人自行将自身的血液抽干后，供给了一个名为苏生的神秘古代仪器。警方赶到后找到一名已死的忍者，但在拿回去解剖之后却发现，该死者的身上有着无数个旧致命伤。克莱尔发觉该忍者已经复活过多次后，医院方面却打算隐瞒这件事，克莱尔于是在无法接受下辞去了职务。这时，凯伦脱离警方掌控后在餐厅和弗兰克见面，和他讨论关于铁匠的事情，而两个由铁匠派来的杀手突然袭击了餐厅，弗兰克只能将他们重伤、问出了铁匠的所在位置后处决了他们俩；并将惊吓过度的凯伦留下后亲自去解决。

艾丽卡赶到后和棍叟进行了一场师徒大战，马特的出现制止了双方对打，但手合会的忍者们赶到后将棍叟抓走。隔天，警察收拾码头的残局后认定弗兰克·卡斯特已死，凯伦还是决定回去纽约公报将事实写出来，并在埃利森的建议下坐上了本·尤里克的位置。凯伦为了寻找更多能够证明弗兰克不只是杀手的细节，于是前去采访雷·舒诺沃，弗兰克参与战争时的老长官。而凯伦突然发现他家中的一张合影上的其中一个小兵、和码头上的一具尸体是同一个人，于是顿然发现舒诺沃才是铁匠本人。舒诺沃将凯伦挟持出去后，弗兰克的突然出现救了她一命，舒诺沃在重伤下坦白了是自己造成了他家人的惨死，还大言不惭地认为弗兰克当初没有选择为他卖命才沦为如此。

弗兰克将武器全部占为己有后，回到自己的老家房子进行准备，并在盔甲上画上一个头骨符号，正式挂上了“惩罚者”的称号。马特与艾丽卡将棍叟救回去治疗后，手合会为了将夜魔侠引出来，于是从警察局偷走了关于夜魔侠的所有案子，并抓走了所有夜魔侠帮助过的受害人。受害人里包括凯伦与特克，但特克由于受到警方软禁而迫使警察通报了这件事。马特与艾丽卡用此信号找到了他们关押人质的设施，闯进去救了凯伦与其他人质，追逐到屋顶上却被十几名忍者们重重包围。

福吉对于马修的出现感到既惊喜又措手不及。眼下菲斯克被释放，原以为死掉的好朋友马修又重新出现在自己面前，还叫自己不要插手，这让福吉都不知道自己该何去何从了。福吉十分担心自己的安危，他不知道菲斯克会对自己做出什么事，他无时无刻都担心着自己随时小命不保。在福吉发愁的时候，马修已经在行动了。他回旧时的住处，换了一套正经的西装，然后拿着从福吉那里偷来的钱包，还有一个冒充的律师身份——富兰克林·尼尔森，成功混了进监狱。他联系一名自己之前的线人迈克尔，想透过他给自己搭路，认识阿尔巴尼亚帮的维克。迈克尔一听这个名字，立即萌生了退缩的念头，可见这个人物在阿尔巴尼亚帮中有一定的地位，而且不是迈克尔这样层次的人所能触碰的。马修本想锲而不舍地劝服迈克尔，但迈克尔不打算跟他耗下去。他突然打了马修一拳，引起了狱警们的注意，狱警把迈克尔捉回狱室后，便把马修带到一处地方，让他稍作休息。没想到这是个圈套，这个监狱已经被菲斯克入侵并控制了，昴宿用假名字混入的事被他知道，很快，这个监狱的狱警、囚犯都仿佛成了杀手，纷纷向着马修杀来。凯伦和福吉回到马修的旧住处，两人感到马修的回来十分惊喜，也十分诡异，凯伦起初不相信，但马修似乎想让凯伦安心一般，把自己的墨镜留了在房间中。纳迪姆在安全屋中监视、保护着菲斯克，也因此有一段时间不能回家和家人在一起。妻子想念他，于是把饭菜带来给纳迪姆，同时告诉纳迪姆，儿子萨米要去自己的姐姐那里暂住一段时间。纳迪姆既感到无力，又感到无奈，这次的案件对他的晋升之路十分重要，哪怕牺牲自己和家人的时间，哪怕儿子不理解，纳迪姆也得走下去。马修好不容易在线人的协助下杀出重围，但菲斯克的人依旧对他穷追不舍。马修上了一辆计程车，想逃跑，但却殃及了司机。司机被杀死在驾驶座上，失控的计程车在无人把控的情况下，冲进了河流里。

玛姬嬷嬷从外头回教堂，离教堂还有一小段距离时，就听见前方传来一阵吵闹声。她立即加紧步伐走到教堂那儿，只见不断有人从教堂里冲出来，还伴随着凄厉的呼叫声。玛姬心想大事不妙，果不其然，她看见穿着夜魔侠紧身衣的德克斯逃出了教堂。玛姬走入教堂，只见兰顿神父身上满是血迹，已经一动不动了。此时，已经有人报警了，德克斯逃到纳迪姆的车上，一边换装一边让纳迪姆尽快以联调局的名义接管教堂的骚动。德克斯知道凯伦和马修还藏在教堂中，他打算以联调局的名义在教堂搜个底朝天，誓要执行金并下达的命令，杀死凯伦。此事凯伦和马修在地下室缓一缓气，玛姬嬷嬷便给出现，给他们带来一些干净的衣物，并接应他俩。马修看见玛姬后，百感交集，但眼下不是说母子恩怨的时候，纳迪姆和德克斯以联调局的身份走进来了，他们要想办法躲起来。玛姬回到教堂地面，假装配合德克斯的搜寻安排，带他们来到地下室，并成功了把开凯伦和马修的行踪掩饰过去。但没想到，他们还留有一手，就是出动到警犬，幸好玛姬和修女们有意误导联调局的人，把他们引至远离地下室的地方。凯伦和马修暂时争取了安全的时间，他便质问凯伦为什么做这样的蠢事，他本来潜入金并的房间，准备对他动手，不是因为要来救她的话，金并可能已经被他杀死了。凯伦听后，更加自责了。一来，因为她擅自来到教堂，害死了兰顿神父，二来，她的所作所为让马修失去了一次绊倒金并的好机会。凯伦也向马修坦白，她本意是激怒金并，让金并在联调局面前对她出手，好让联调局把金并抓起来。天真的凯伦到现在还不知道联调局，甚至整个司法体系都已经被金并控制住了。说着说着，福吉以律师的身份来到教堂，并借助布莱克的地位，在众目睽睽，申请为凯伦辩护。眼下到处都是人，凯伦立即出现，申请自首，并让福吉对她进行司法保护。周围都是民众，德克斯纵使再想对凯伦就地正法，也只得忍着。德克斯十分焦急，他不愿让老大金并失望，焦急和愤怒让他理智渐失。

玛姬看出了纳迪姆的心思，他知道纳迪姆和德克斯不一样，他心底里还保持着一股善良，她趁着周围没人时，找到纳迪姆，隐晦地劝说他不要失去自己的道义。纳迪姆尽管身不由己，但他很清楚自己的处境已经到了朝不保夕的地步了，金并如此狡诈，纵使他愿意委曲求全，但终究是治标不治本。果然，纳迪姆回到家中，只见周围一片狼藉。他知道不够忠心的自己是入不了金并法眼的，只好慌张地找到妻儿，再尝试凭一己之力杀出重围。就在纳迪姆陷入苦战时，马修赶到他家，为他扫清了逃走的道路，还为他和家人安排了临时的住处——地检官克莱尔的家。西玛惊魂未定，她责备纳迪姆一直对她有所隐瞒，让她和儿子萨米陷入危险之中。纳迪姆这会儿知道自己怎么解释都没有用了，这次，他决定站在正义的一边，不想再让金并为所欲为。德克斯没有如金并所愿地杀死凯伦，他担心自己地位不保，想向金并解释，但金并却不太想理会他。当下，金并心里塞满了一个人，一件事。就是他终于守得云开见月明，得以和魂牵梦萦的凡妮莎重逢了。两人分隔多时，凡妮莎一直在金并的手下的保护之中。她看见金并后，立即大吐苦水，告诉金并，无论周围多少人围着她，她都觉得自己十分孤独，她不知道金并在干什么，感觉和他不是一个世界的人。金并一直以来都刻意不让凡妮莎沾染自己那些肮脏的勾当，但凡妮莎主动提出要加入，金并细想之下，也认为跟自己的爱人并肩作战也未尝不是一件好事。马修和福吉让纳迪姆作为证人，在地检官的见证下，出庭指证金并的罪行。但金并就像先知一样，早早便部署好人手，在纳迪姆前往法庭的路上对他赶尽杀绝。纳迪姆在马修的帮助下，总算安然无恙地来到了法庭，并说了很多关于金并罪行的口供。就在马修和福吉以为计划成功时，马修灵敏的耳朵突然听见有人在朗读陪审团那些私人信息。陪审团也被金并威胁了，整个司法体系都遭到金并的掌控。

金并一直以来都为了保护凡妮莎，而不让她知道太多自己干的事。然而，凡妮莎绝非普通女流之辈。能吸引大坏蛋金并的女人，身上必然也充斥着罪恶的魅力。自从两人达成共识后，感情更是恩爱有加。金并控制了司法体系后，把一名警察的死嫁祸到纳迪姆身上，两人距离权力的巅峰更进一步了。金并和凡妮莎还在大摇大摆地筹备着二人的婚礼，凯伦、福吉、纳迪姆和马修则眼白白看着之前所做的一切恐怕得付诸东流。他们实在心有不甘，都做好了觉悟，哪怕是以卵击石，都要绊倒这个大恶枭。纳迪姆的妻子西玛给福吉打了电话，希望他担任自己的律师。福吉心感不妙，果然，来到警局，便看见西玛正常对纳迪姆的上司“指证”纳迪姆干了杀人犯罪的勾当。福吉很明显知道西玛是被威胁了，西玛一边说着话，一边给福吉用纸和笔交谈。原来，金并利用警方的力量，以西玛的孩子萨米的性命作为威胁。金并为了让自己成为德克斯的新心灵指引“北极星”，把他喜欢的女人朱莉杀死了。马修将计就计，把德克斯引至金并把朱莉藏尸的地方。德克斯起初搞不清楚状况，以为这些都是马修做的。但待马修把真相告知后，德克斯理清楚思绪后，才发现自己被金并耍了，还被耍得很惨。纳迪姆知道自己已经被逼至绝路了，他知道金并要自己的命，自己已经躲不过了。但他绝不愿意白白牺牲。他给自己录下了一段视频，把自己所知道的一切都交代了。纳迪姆逃不过金并的毒手，但视频辗转来到福吉和凯伦手上。两人收到视频后，立即猜到纳迪姆已经不在人世了，不禁黯然伤神一番，但很快便回过神来，知道纳迪姆的用意。纳迪姆希望福吉以此作为铁证，能让金并的罪行暴露于世人面前的铁证，至于法律能否撼动金并的，就听天由命了。一切都在金并的算计之中，他放下心来，专心于自己和凡妮莎的婚礼。婚礼当日，城中权贵、名流以及被金并威胁的人、替金并干脏活的人都被邀请出席。金并作为城中的大人物，他的婚礼也有很多传媒在场。就在金并、凡妮莎在众人的目光下翩翩起舞时，纳迪姆的视频突然被植入到会场、周围人的手机视频中。会场开始陷入尴尬的气氛，但大伙儿碍于不敢忤逆金并，都敢怒不敢言。直到一位不速之客突然闯入会场。德克斯穿着假夜魔侠的服装，带着朱莉被冻僵的尸体闯入会场，要向金并讨回一个交代。这下金并无法再保持优雅的姿态，宾客们知道准备要发生暴力事件，都纷纷逃走。