Daredevil è riuscito a ridurre notevolmente il tasso di criminalità e a rendere più sicura Hell's Kitchen, tuttavia la Nelson & Murdock è prossima al tracollo finanziario per via dei troppi casi pro bono; l'atmosfera di relativa tranquillità cambia completamente nel momento in cui qualcuno uccide con tecniche ed attrezzature militari quindici membri della mafia irlandese all'interno del loro stesso clan. L'unico superstite, Grotto, contatta Matt, Foggy e Karen per rappresentarlo legalmente e fargli avere la protezione dalla procuratrice distrettuale.

Sopraggiunto sul luogo dello scontro, Foggy riesce a soccorrere Matt riportandolo al suo appartamento e convincendolo a prendersi un po' di riposo. Nel frattempo la procuratrice distrettuale Samantha Reyes e il suo vice Blake Tower, offrono a Grotto di entrare nel programma protezione testimoni a patto che si faccia mettere un microfono addosso per incriminare un potente trafficante di droga con cui ha collaborato in passato. Durante l'operazione tuttavia Foggy e Karen capiscono che il vero piano della Reyes è usare il criminale per attirare allo scoperto il vigilante che lo sta braccando, soprannominato "Punisher".

Punisher incatena Daredevil al comignolo di un tetto ed ha con lui un serrato confronto verbale sul credo morale da applicare all'attività di vigilante. Mentre il primo ritiene che lasciar vivere i criminali equivalga a non finire il lavoro, il secondo è convinto che non spetti a loro decidere chi ha diritto di vivere. Intanto Foggy, sperando che Matt sia fuggito dopo lo scontro, si reca al Metro-General Hospital aiutando l'infermiera notturna Claire a sedare una rissa scoprendo però che Matt non si trova nell'ospedale. Karen contatta invece il viceprocuratore Blake Tower offrendogli dei documenti compromettenti con cui far radiare l'infida Reyes in cambio del dossier su Punisher in possesso del suo ufficio.

Il violento e instabile gangster Finn Cooley giunge a Hell's Kitchen per vendicare il figlio, ucciso e derubato da Punisher, iniziando una serrata caccia all'uomo per tutta la città. Intanto Karen, dopo aver trovato nei dossier su Punisher la radiografia del cranio di un uomo che ha subito un colpo di pistola alla testa rimanendo in vita, intuisce che non si tratta di una vittima del vigilante ma di lui stesso. Pertanto indaga fino a scoprire la sua vera identità: Frank Castle, ex-Marine sopravvissuto allo sterminio della sua famiglia.

Dieci anni prima degli eventi narrati, il giovane Matt Murdock conosce l'affascinante e ribelle ereditiera greca Elektra Natchios con cui inizia una relazione sentimentale tanto profonda da confidarle il suo passato, i suoi poteri e le circostanze della morte di suo padre; un giorno, per fargli una sorpresa, la ragazza rintraccia il responsabile del delitto, Roscoe Sweeney, affinché possa ucciderlo e vendicarsi ma Matt si limita a picchiarlo e a consegnarlo alla polizia, segnando la fine del suo rapporto con la ragazza. Nel presente Elektra si ripresenta a casa di Matt chiedendogli di aiutarla a troncare una serie di cattivi investimenti fatti dal defunto padre con la Roxxon ma questi è riluttante e sospetta che la donna gli nasconda qualcosa.

Sconfitti i sicari della yakuza, Elektra svela a Matt di aver scoperto, tentando di recuperare il denaro malamente investito nella Roxxon dal defunto genitore, i loschi legami della società con l'organizzazione criminale giapponese, rimasta nascosta a Hell's Kitchen per più di un anno; il vigilante cieco si lascia convincere controvoglia a collaborare con lei introducendosi a un gala della Roxxon per rubare i loro registri contabili, scoprendo che, oltre al traffico di droga ed esseri umani, hanno in atto una misteriosa operazione indicata solo tramite codici cifrati.

Il processo contro Frank Castle ha inizio: mentre Foggy fatica a trovare una valida strategia di difesa assieme a Karen, Matt viene trascinato da Elektra nelle indagini notturne sul misterioso traffico della malavita giapponese, che scoprono essere in qualche modo collegato a una serie di edifici acquisiti un anno prima da Nobu e dai suoi uomini; l'assenza di Matt pesa parecchio sul processo, infatti Foggy si trova costretto a improvvisare il discorso d'inizio e vede sfumare il piano di far confessare al medico legale di avere falsificato i referti della famiglia Castle nel momento in cui questi lo rivela spontaneamente poiché minacciato, la sera prima, da una "donna col volto coperto" (Elektra).

Aggrediti da un gruppo di ninja poco dopo essere giunti al misterioso cratere, Daredevil ed Elektra vengono tratti in salvo da Stick, il quale rivela all'ex-pupillo l'identità degli assalitori: la Mano, un'antica setta ninja capace di resuscitare i morti nemica ancestrale dell'ordine cui egli è affiliato, i Casti; il vecchio rivela inoltre che Elektra ha sempre lavorato per lui ed ha cercato di traviare Matt all'università al fine di riportarlo dalla loro causa, ella ammette però di aver rinunciato alla missione poiché innamoratasi realmente di lui. Nel frattempo Castle viene chiamato a testimoniare e, inaspettatamente, inizia ad inveire contro il sistema giudiziario dichiarandosi colpevole e per nulla pentito delle sue azioni, cosa che porta la Nelson & Murdock a perdere il caso.

Daredevil fa in modo che Mahoney, nel frattempo promosso detective, soccorra gli esangui prigionieri della Mano e li conduca al Metro-General Hospital affinché ricevano le cure di Claire, unica di cui si può fidare. L'evasione di Punisher viene resa pubblica e la Reyes, preoccupata per l'incolumità sua e della sua famiglia, contatta Matt, Foggy e Karen confessando di aver organizzato la retata dell'FBI a Central Park per arrestare Blacksmith senza sgombrarlo dai civili, provocando dunque lo sterminio di molti di essi, tra cui la famiglia Castle, nel momento in cui il mancato sopraggiungere del signore della droga ha spinto le gang a iniziare uno scontro a fuoco; terminata la rivelazione la procuratrice distrettuale viene freddata da un cecchino e le autorità incolpano Punisher.

La Mano prende d'assalto il Metro-General Hospital riuscendo a ricatturare i ragazzi sottratti alla loro prigionia nonostante Daredevil tenti di fermarli. Punisher e Karen iniziano ad indagare assieme su Blacksmith, vero responsabile dell'omicidio della Reyes e di chiunque fosse a conoscenza dell'insabbiamento del massacro di Central Park, sebbene in realtà il vigilante intenda servirsi della ragazza, a sua volta bersaglio del signore della droga, per attirarne allo scoperto i sicari e estorcere loro la posizione del molo dove avverrà la consegna del suo prossimo carico di eroina; parallelamente Daredevil, grazie al viceprocuratore Tower, ottiene le medesime informazioni dal principale rivale in affari di Blacksmith: Madame Gao, rifugiatasi a Chinatown dopo i fatti dell'anno precedente.

Mentre maestro e discepola si stanno affrontando i ninja della Mano sopraggiungono e rapiscono Stick; Daredevil ed Elektra si mettono dunque sulle sue tracce, uno per salvarlo e l'altra per ucciderlo. La Nelson & Murdock viene intanto chiusa definitivamente e, sebbene dopo l'esplosione al molo la polizia non rinvenga il corpo di Punisher, Karen si convince che sia morto e decide di scriverne un articolo commemorativo sul New York Bulletin recandosi, a tal proposito, dall'ex-comandante dell'uomo nei Marine, il colonnello Ray Schoonover; durante l'intervista tuttavia, la ragazza si rende conto che l'ufficiale è Blacksmith ma, prima che questi possa ucciderla, Castle sopraggiunge rivelando di essere sopravvissuto ed uccidendo l'ex-superiore.

Daredevil ed Elektra si apprestano alla guerra contro Nobu e la Mano che, tuttavia, manda alcuni suoi adepti ad aggredire Mahoney per sottrargli i file raccolti dalla polizia sugli interventi eroici del vigilante così da catturare alcune delle persone con cui questi ha avuto più spesso a che fare, tra cui Karen e Turk, usandoli poi come esca per attirarlo in trappola in un magazzino abbandonato; nel giro di pochi minuti l'edificio diviene il teatro di una cruenta battaglia tra decine di ninja della Mano, Elektra e Daredevil che, anche grazie all'inaspettato aiuto di Punisher, riesce infine a sconfiggere Nobu (in seguito decapitato da Stick) a costo però della vita di Elektra, sacrificatasi per salvarlo nel corso della battaglia.