自从菲斯克入狱、俄罗斯黑手党遭歼灭、香港黑帮与日本极道销声匿迹后，地狱厨房所有剩余的黑帮团伙，开始疯狂抢夺菲斯克遗留的资源，其中包括爱尔兰黑帮家族、墨西哥贩毒集团、以及地狱犬机车团。一日，爱尔兰黑帮家族在开会聚餐时，突然遭到“不明军队”歼灭，而唯一的幸存者埃利叶·格罗特在无处可去下，只能去找如今扳倒菲斯克而成名的马特、弗吉与凯伦求助。凯伦为了想办法解救事务所的经济困境而接受了格罗特的请求，将他送至医院抢救。当弗吉和马特来到黑帮命案现场，从布莱特那边得知所有黑帮份子都是以高级军事武器残忍杀害。

弗吉在隔天一早跑到顶楼找到了受伤昏迷的马特，发现他头上的子弹所幸被头盔挡了下来，而马特被救回公寓里后，发现枪击对自己的听觉与行动造成了很大的影响。当弗吉回到警察局打算推动格罗特加入证人保护计划时，纽约地检署的女检察官萨曼莎·雷耶斯却突然跑过来插手这件事，打算利用格罗特去引出一个高级毒贩。马特随后去找梅尔文勉强修复了自己的头盔，来到爱尔兰黑帮被屠杀的现场调查时，得知他们所养的猎狗被带走。

警察开始收拾场地的残局时，弗吉一边对设计他们的雷耶斯敢怒不敢言，一边发现马特再度不见人影。另一边，马特清醒后发现自己被铁链五花大绑，发现惩罚者就坐在自己面前缝伤口、备武器。惩罚者自我介绍名为弗兰克，而两位“英雄”也刚好开始对维护正义的方法而产生了激烈争吵。马特始终强调每个罪犯都有“赎罪机会”，因此希望弗兰克能够停止暴行，让他们去寻找“希望”。

爱尔兰黑帮因为惩罚者而受到重创之下，黑帮家族族长芬恩·克鲁利来到纽约收拾残局，并开始全力抓捕惩罚者，以报死去儿子的一箭之仇；他在最后通过猎狗而找到了惩罚者的住处，了解了他的身份。这时，凯伦开始暗中调查惩罚者的身份，从雷耶斯的副手、检察官布莱克·塔沃手上要到的资料上，发现了一张人体头骨的X光片、并发现头骨上停留了一颗子弹。为此，凯伦发现惩罚者本名为弗兰克·卡斯特，是一个妻小惨遭帮派杀害的退伍军人。凯伦于是潜入了弗兰克的住宅中，发现了他的家人所留的遗物。

十年前，大学时代的马特一次与弗吉参加学校派对时，首遇了艾丽卡·纳奇丝，一个希腊大使的千金。而他们俩因为都深藏不露，于是很快就对对方产生了兴趣，并成为了一对情侣。一日，马特对艾丽卡讲述了自己父亲惨死以及自己获得能力的事情，而艾丽卡突然为了实现马特想为父报仇的愿望，于是将当初买凶杀了马特父亲的罪魁祸首罗思科·斯威尼搬到他面前。马特即便面对杀父仇人，但最后还是没有下手，而他与艾丽卡的感情也从此不了了之。今日，艾丽卡再度现身在马特的公寓里，希望马特能在这次调查和日本黑帮有关联的罗克森能源集团的事情上协助自己，马特一开始拒绝了她，但之后还是决定从远处盯着艾丽卡的一举一动，并发现她在会议上暗装了窃听器。

马特与手持双剑的艾丽卡联手制服了黑帮份子，两人于是立即离开去吃早餐，艾丽卡解释日本极道其实一直都没有离开过，只不过是隐藏在阴影中等待回归。马特虽然答应这次会协助她，但命令她在事情结束后必须离开城市。另一边，躺在医院的弗兰克·卡斯特恢复清醒后，导致各个媒体蜂拥而至，而马特、凯伦与弗吉怀疑这件事有些蹊跷，为了不让雷耶斯继续掌控局面，他们在商量过后决定担任弗兰克的律师。在医院里，弗兰克原本打算认命，但凯伦展示了自己当初从他家中寻获的一张全家福照片，这才让弗兰克回心转意。

马特由于一边要和艾丽卡执行任务、一边要协助凯伦与弗吉来办理弗兰克的事情，于是开始陷入蜡烛两头烧的局面。在开庭时，弗吉打算利用战争心理创伤的理由却没奏效，而马特与凯伦开始四处奔走，决定赶在雷耶斯之前为弗兰克寻找有利的证据。凯伦于是来到纽约公报里，和打算将功赎罪的埃利森合作寻找资料，并发现弗兰克的家人们死于黑帮在中央公园的交火中。

马特与艾丽卡在坑里调查时遭到忍者部队的袭击，艾丽卡也不慎被毒剑所伤。突然间，棍叟再度出现而击退了所有忍者，和马特一同将艾丽卡带回公寓里治疗。棍叟随后供述艾丽卡其实一直以来都为自己卖命，说她从小就受过自己的训练，和马特几乎是同期出道；之后便解释那些忍者是神秘组织“手合会”的侍卫，也是控制罗克森集团以及日本极道的首脑。就在马特开始治疗艾丽卡时，凯伦却刚好来到而目睹了一切，马特虽然打算做解释，但凯伦在无法接受下离开。

菲斯克当初在证据确凿下被关进了“莱克岛监狱”，和一大群重罪犯关在了一起，而一向呼风唤雨的他如今受到了狱中霸王达顿的欺压。而一日，几个崇拜菲斯克的犯人决定为他卖命及提供资源，菲斯克在看到关于惩罚者的报导后，决定靠他来借刀杀人，于是暗中收买了一名守卫协调而导致弗兰克在庭上咆哮，在他入狱后和他达成了协议去解决达顿，声言达顿手上就有他家人惨死的重要线索。夜里，弗兰克袭击了达顿，而达顿供出当初促成中央公园毒品交易的人，是一个被称为“铁匠”的神秘毒枭，说他因为行事低调而一直不为人知，手上还有从中东运来的几吨重的高级毒品。

马特联络布莱特将五名小孩带到附近的医疗设施治疗，让克莱尔帮忙照顾他们，随后便收到了弗兰克越狱的消息。第二天，马特、凯伦与弗吉被心急如焚的雷耶斯传唤过来，塔沃对他们坦白他们一年前为了抓捕人称“铁匠”的神秘毒枭，决定在中央公园的交易中设下圈套一举拿下他；但不慎错估形势，铁匠根本没有现身，并导致黑帮火拼时牵连了站在一旁的平民、其中就包括弗兰克的家人。

克莱尔在惊慌失措下被马特救走，而五名小孩最后自愿跟着忍者们回去，每个人自行将自身的血液抽干后，供给了一个名为苏生的神秘古代仪器。警方赶到后找到一名已死的忍者，但在拿回去解剖之后却发现，该死者的身上有着无数个旧致命伤。克莱尔发觉该忍者已经复活过多次后，医院方面却打算隐瞒这件事，克莱尔于是在无法接受下辞去了职务。这时，凯伦脱离警方掌控后在餐厅和弗兰克见面，和他讨论关于铁匠的事情，而两个由铁匠派来的杀手突然袭击了餐厅，弗兰克只能将他们重伤、问出了铁匠的所在位置后处决了他们俩；并将惊吓过度的凯伦留下后亲自去解决。

艾丽卡赶到后和棍叟进行了一场师徒大战，马特的出现制止了双方对打，但手合会的忍者们赶到后将棍叟抓走。隔天，警察收拾码头的残局后认定弗兰克·卡斯特已死，凯伦还是决定回去纽约公报将事实写出来，并在埃利森的建议下坐上了本·尤里克的位置。凯伦为了寻找更多能够证明弗兰克不只是杀手的细节，于是前去采访雷·舒诺沃，弗兰克参与战争时的老长官。而凯伦突然发现他家中的一张合影上的其中一个小兵、和码头上的一具尸体是同一个人，于是顿然发现舒诺沃才是铁匠本人。舒诺沃将凯伦挟持出去后，弗兰克的突然出现救了她一命，舒诺沃在重伤下坦白了是自己造成了他家人的惨死，还大言不惭地认为弗兰克当初没有选择为他卖命才沦为如此。