אייברי ריאן ומחלקת הסייבר של האף-בי-איי חושפים מזימה של חטיפת תינוקות ומכירתם במכירות פומביות מקוונות.

האקר שמתענג על שפיכות דמים גורם להתרסקות של רכבת הרים ומתכנן לרסק רכבת תחתית בבוסטון. אייברי ריאן וצוות הסייבר פועלים כדי לעצור אותו.

רוצח סדרתי מתחזה לנהג באפליקציית "זוגו" ורוצח את נוסעיו. יחידת הסייבר פועלת על מנת לעצור אותו. דניאל קראמיץ מעיד בשימוע שחרור על תנאי של רוצח הוריו, בנסיון למנוע את שחרורו.

האקר מפיץ קוד זדוני שמסוגל לגרום למכשירי חשמל לעלות באש. הוא דורש מחברת מחשבים כופר בתמורה לכך שיפסיק את ההצתות. יחידת הסייבר מחפשת אותו והפעם מתברר שיש לנלסון קשר אישי אל הפושע.

מחבל משאיר במקום לא ידוע פצצה המופעלת על ידי צפיות גולשי אינטרנט בסרטון פיגוע. ברגע שיגיעו למיליון צפיות, הפצצה תופעל. יחידת הסייבר יוצאת למצוד אחר המחבל.

אישה נרצחת במלון, אך החשבון שלה מעיד על כך שהמשיכה להזמין שירות חדרים וסרטים גם שלושה ימים לאחר שכבר מתה. יחידת הסייבר מגלה שהאקר פרץ למחשבי המלון ומנסה להפליל אדם אחר ברצח.

נערה בת 17 סובלת מהתעמרות מצד בריוני סייבר ולפתע נעלמת. איש אינו יודע אם בכוונתה להתאבד או לצאת למסע נקמה בבריונים. יחידת הסייבר פועלת למצוא אותה.

יחידת הסייבר מגלה ששבע נשים נחטפו ומוחזקות על ידי סוטה מטורף ואלמוני שמוצא את קורבנותיו באתרי שידוכים וממשיך לזייף את הסטטוסים שלהן ב-"פרנד אנג'נדה". אייברי והצוות יוצאים לחפש אותו.

האקר מסתורי וידוע ששמו לומיס משתלט על הרשת האלחוטית במטוסים של חברת תעופה ועל הטלפונים הניידים של הנוסעים. הצוות של אייברי חוקר את האירוע ומנסה להגיע אל היעד לפני שיופץ מידע רגיש.

האקר מפרסם תרופות מזויפות באתר בריאות פופולרי וגורם למותו של אדם חולה. מחלקת הסייבר חוקרת מי זייפן התרופות המסתורי.

רוצח המכונה "וייפר 75" קונה אקדחים בלתי חוקיים ברשת התחתית מסוחר ידוע המכונה "טריגר" ומשתמש בילדים כשליחים. יחידת הסייבר מגלה שהוא יוצר קשר עם הילדים באמצעות משחקי וידאו מקוונים.

מזימה של האקרים לשדוד את חשבון הביטקוין של זוג גמלאים מובילה למעורבות של ציידי ראשים אלימים שרוצחים כדי להשיג את הססמה לחשבון. יחידת הסייבר של האף-בי-איי פועלת לעצור אותם.

פרק סיום העונה. ההאקר שפרץ למחשב של אייברי לפני עשר שנים והביא למותה של מטופלת שלה חוזר להפיץ מידע אישי של מטופלים של פסיכולוג נוסף, אך המטרה האמיתית שלו היא אייברי עצמה.

הצוות מתמודד עם האקר שחדר דרך מערכת אבטחה מתוחכמת ורצח בן אדם. דניאל מתכונן להעיד במשפט של אחותו.

חברתה של רייבן סובלת מהטרדת סייבר לאחר שהיא דוחה את חיזוריו של בחור שניגש אליה בבר. רייבן מצליחה לגייס את הצוות לעזרתה לאחר שחברתה מופללת ברצח.

סרטון של שוטר לבן שיורה בצעיר שחור ולא חמוש מצית מהומות גזעיות בעיר אשדייל. לחברי הצוות מתברר שהסרטון ערוך, והם מנסים לגלות מי מנסה לחולל אסון בעיר.

חברי הצוות מנסים לאתר שני אחים שיצאו למצוא את הזקנה האדומה, דמות מיתולוגית שהתעוררה לתחייה ברשת. במקביל, מחלת הסרטן של אביו של אלייז'ה משפיעה לרעה על תפקודו של אלייז'ה בעבודה.

הצוות נמצא במירוץ נגד הזמן מול גורם מסתורי שחדר למערכת של בית חולים ומאיים להרוג חולים אם לא ייענו לדרישותיו. אייברי ודי-בי מתמודדים במקביל עם שדים מעברם.

הצוות מנסה למצוא האקר שפורץ למערכת הממוחשבת של מכוניות, משתלט עליהן ומתחרה בהן במירוצי רחוב שגובים חיי אדם.

הצוות מנסה למצוא רוצח שהרג בחורה צעירה בזמן שיחת וידאו עם הוריה. עד הראייה היחיד הוא השכן שלה, שסובל מאמנזיה.

הצוות מתמודד עם פייתון לאחר שהוא רוצח סוכן של האינטרפול שהוא גם חבר טוב של אייברי. האם הפעם יצליחו לחשוף את זהותו האמיתית?

לאחר שנמצאת גופתה השרופה של האקרית, הצוות מנסה למצוא את הרוצח ומגיע לאתר שבו מעלים באופן אנונימי סודות אפלים.

פריצה מקוונת לבנק גורמת לציבור לתהות אם ההאקר הוא גיבור או נבל. במקביל, רייבן מתכוננת לשימוע שלה לקיצור תקופת השירות שלה באף-בי-איי.

פריצה למטוס גורמת לחטיפתו בעת הטיסה ולהיעלמותו מהמכ"ם. הצוות מנסה למצוא את המטוס ולאתר את הסיבה לחטיפה ובמקביל - להציל את אנשי הצוות ואת הנוסעים שבמטוס.

וירוס מחשבים מתוחכם מתנהג כמו וירוס שפעת ומתפשט דרך האוויר למכשירי טלפון ניידים ומונע מאנשים להזעיק עזרה ממוקד החירום.

ההאקרים מתחילים לבצע רציחות דיגיטליות, והחוקרים במחלקת פשעי הסייבר אינם יודעים איך להתמודד עם סוג פשע חדש זה.

אישה שעסקה בספורט נרצחה והחשד נופל על בעלה, אך ככל שהחוקרים מעמיקים לחקור מתברר להם שמדובר במזימה אפלה.

פיתון חוזר להטריד את מנוחתה של אייברי והמלחמה ביניהם הופכת לאישית. פיתון מאיים על חייה של צעירה שיקרה מאוד ללבה של אייברי והזמן להצילה הולך ואוזל.

תמונות רצח של קורבנות מועלות לרשת החברתית. הצוות מנסה למצוא את הרוצח הסדרתי האחראי למעשה לפני שיכה שוב.

חבורת צעירות רודפת פרסום וחובבת מותגים פורצת לאפליקציית ניווט כדי לנווט את הקורבנות שלהן למקום מבודד. הצוות ממהר למצוא אותן כדי למנוע מהן לפגוע באנשים נוספים.

פרק סיום העונה. הצוות נמצא במרדף נגד השעון כדי להציל ילד בן 13 שפרץ לשרת הממשלתי וכעת רודף אחריו מישהו שמוכן להרוג כדי להשיג את הכונן שבו שמור כל המידע.