Trois mois se sont écoulés depuis les émeutes déclenchées par Morale. Les esprits se sont apaisés et la ville de Yokohama a retrouvé son calme, mais non sans peine. Beaucoup de sang a coulé et de nombreux sacrifices ont dû être faits... Ces événements ont entaché l'image des Détenteurs et les détectives de Hamatora, amputés d'un membre, reçoivent de moins en moins d'offres de travail, et doivent trouver un autre moyen de subsister...

Nice est de retour... Et ses camarades ne lui font pas l'accueil chaleureux qu'il souhaitait. Art, qui a tenté de le tuer trois mois auparavant, pourrait bien revenir à la charge s'il apprenait que Nice est encore en vie. Mais pour le moment, l'équipe Hamatora doit retrouver Chiyû, une jeune illustratrice de talent qu'ils avaient aidé quelques mois plu tôt. Cette dernière se serait échappée de l'hôpital où elle était en convalescence et aurait rejoint un groupe de jeunes fugueurs...

L'explosion à l'Institut a laissé l'équipe de Hamatora perplexe : bien que les élèves aient eu la vie sauve, ils se retrouvent dans un état euphorique préoccupant et n'ont pas conscience que leurs Minimums ont été volés. La police, quant à elle, est déjà sur une autre affaire : un Détenteur emprisonné fait des siennes...

Il semble que Honey soit touché par un syndrome lié à son Minimum. À chaque fois qu'elle active son pouvoir, elle retombe aussitôt en enfance, ce qui n'est pas de tout repos pour ses camarades. Ne sachant pas comment réagir dans un premier temps, elle choisit de s'isoler. Elle reçoit une offre de mission venant de l'organisation des Minimums. Une mission de garde du corps pour le professeur Doktor, responsable médical de l'organisation, de retour au Japon suite à l'incident de Samuro...

Art réapparaît soudainement et barre la route aux Hamatora alors que ces-derniers s'étaient lancés à la poursuite des Freemums. Art semble vouloir collaborer avec les Freemums et offre à ces-derniers son aide en échange d'un service...

Gasquet, suite à l'attaque du centre de détention, a succombé à ses blessures. Murasaki et Nice consultent Mao, qui est le dernier à avoir vu Gasquet le jour de l'incident. L'indic leur donne la seule piste qu'il a, celle du Cauchemar. Honey découvre grâce à Mighty les coupables de l'attentat. Les Freemums en seraient à l'origine, appuyés par ce fameux Cauchemar, un personnage puissant et influent...

Nice et ses camarades découvrent le corps apparemment sans vie de Murasaki devant le Café Nowhere. Mais ce dernier respire encore. Après le passage à tabac que lui ont fait subir les Freemums, le voilà coincé pour quelques jours à l'hôpital. C'est l'occasion pour tous ses amis de venir lui rendre visite...

Murasaki a reçu de nombreuses visites de ses camarades. Nice, arrivé le dernier à l'hôpital cherche Hajime, quand Theo et Rei lui apprennent qu'elle est partie avec une inconnue. La femme mystérieuse a été honnête dès le départ avec Hajime, en lui précisant bien qu'elle était quelqu'un de dangereux, mais qu'elle pouvait lui parler de son passé. Intriguée, Hajime l'a suivie de son plein gré, mais Nice a senti le danger et se lance aussitôt à la recherche de la jeune fille.

Three et Honey réquisitionnent de force leurs camarades du Café Nowhere pour un spectacle au profit des enfants d'un orphelinat touché par un incendie. Pendant ce temps, la révolte gronde. Les Freemums, avec pour symbole Art et grâce au financement de Momoka, surnommée le "Cauchemar", recrutent des Détenteurs sauvages pour se rebeller contre l'organisme des Minimums et leur assujettissement.

Birthday, suite aux effets secondaires liés à une utilisation intensive du Minimum, se retrouve à l'hôpital pour y subir une batterie d'examens. Ratio cherche un moyen de le secourir et pense avoir trouvé : parmi les Freemums se cache un Détenteur qui pourrait bien être la clé car il détient le Minimum de guérison. Hélas, il n'est pas si facile d'accès...

Les Freemums se sont réunis dans la plus haute tour de Yokohama, la Tour Landmark, achetée grâce aux ressources de Momoka. Leurs revendications sont claires : que le gouvernement reconnaisse Yokohama comme un État indépendant appartenant aux Détenteurs. Pour se faire entendre, le groupe Freemum prend en otage toute la ville, et menace de tuer ses habitants par dizaines s'ils ne sont pas entendus...