Paman Raja Julien turun takhta dan menyerahkan mahkotanya kepada Pangeran Julien. Maka, pemerintahan Raja Julien ketiga belas pun dimulai!

Karl, si jenius yang jahat, bertekad menghancurkan Raja Julien. Saat Clover dan Maurice ditangkap, Raja Julien harus menyelamatkan mereka dari musuh barunya.

Kelelahan usai menyelesaikan perselisihan rakyatnya, Raja Julien membuat raja boneka sebagai penggantinya. Dia lari dari tugas dan tanpa sengaja menyulut pemberontakan.

Paman Raja Julien bertekad merebut kembali takhtanya dengan meyakinkan Julien untuk pergi ke wilayah Foosa. Julien pun menyamar dan memaksa Maurice ikut dengannya.

Julien bekerja sama dengan Timo si tenrec, ilmuwan yang diminta raja untuk membuat segala yang ada di kerajaan menjadi serba otomatis.

Julien menemukan sekantung biji kopi di Teluk Ajaib dan membuat seluruh masyarakat lemur kecanduan kafein.

Saat Julien ditipu sehingga meyakini bahwa "buah nanas suci" mengandung kebijaksanaan dari raja-raja sebelumnya, Mort cemburu dan berupaya menyingkirkannya.

Karena berpikir Mort adalah putranya, Julien memberinya nama Falcon dan mendaftarkannya ke kontes Bakat Anak Kecil. Sang raja tak tahu menahu berapa usia asli Mort.

Rob, mantan sahabat dan rekan Julien dalam duo rap "Lemur Cinta Lemur Betina", muncul untuk membujuk sang raja agar kembali ke cara berpesta yang liar.

Julien menyerahkan kerajaannya untuk membantu sesama bangsawan yang sedang didera masalah. Ternyata, itu hanyalah tipuan dari dua musuh bebuyutannya.

Selepas Julien mengetahui bahwa Maurice bekerja sambilan sebagai penasihat Raja Tikus Joey, persahabatan mereka pun bubar dan Julien meminta saran kepada buah nanas suci.

Akhirnya mimpi Julien untuk membuka kelab malam terwujud, tetapi tempat itu disatroni hantu bertopeng. Atau, mungkinkah itu hanya ulah orang iseng?

Saat orang tuanya mengabulkan keinginan Julien yang meminta adik dengan mengadopsi Brodney yang menyebalkan, Julien berupaya keras agar Brodney merasa seperti bangsawan.

Julien panik saat orang tuanya menyatakan akan tinggal selamanya di sana. Rencana untuk menakut-nakuti mereka pun jadi bumerang saat Karl bertindak secara berlebihan.

Saat kesepakatan damai yang dibuatnya menyebabkan kerusuhan dan rusaknya Boombox, Julien ingin membangun tembok untuk menghalau bangsa nonlemur dari kerajaan pesta.

Merasa bosan dengan acara laporan berita Xixi, Julien meluncurkan sederetan program baru yang membuat seisi kerajaan menggila.

Saat Masikura memperingatkan bahwa pulau akan tenggelam, Julien segera mencari jalur evakuasi. Maurice dan Clover menyisir kerajaan mencari mainan bayinya yang hilang.

Sebuah penemuan mengejutkan membuat Maurice melakukan perjalanan mencari takdir sejatinya. Sementara itu, Julien merasakan bagaimana jadinya hidup tanpa Mo-Mo.

Raja Julien mengumumkan dirinya akan berubah menjadi lebih baik dan mencari sejumlah saran anonim dari rakyatnya tentang cara memperbaiki kerajaan mereka.

Setelah menemukan 1 tong pupuk, Julien memutuskan untuk membuat pohon mangganya berbuah lebat. Sayangnya, ia mengabaikan ucapan Timo tentang batasan pupuk yang digunakan!

Setelah Clover mengumumkan ia akan pergi dari kerajaan, Julien sadar dirinya akan memerlukan pasukan untuk pertahanan dan mengangkat diri sendiri sebagai sersan pelatih.

Saat Julien mengadakan pesta bujangan dan kehilangan calon mempelai pria, ia meminta Timo dan Dr. S membuat pengantin pria pengganti di pesta pernikahan.