Die Mitglieder der uralten Geheimorganisation "The Librarians" haben sich geschworen, die Welt vor der mächtigen magischen Wirklichkeit zu beschützen, die jenseits der menschlichen Wahrnehmung existiert. Nach einigen mysteriösen Mordfällen an potenziellen Neumitgliedern der "Librarians" erhalten Flynn Carsen und die neue Wächterin Colonel Eve Beard den Auftrag, die drei übrig gebliebenen "Librarian"-Anwärter zu beschützen.

Flynn, Eve und die „Librarian“-Anwärter Ezekiel, Cassandra und Jake richten ihr Augenmerk auf mythische Artefakte, die vor dem Bösen geschützt werden müssen. Dazu zählt auch der Stein, in dem einst das legendäre Schwert Excalibur steckte. Gleichzeitig kämpfen ihre Gegenspieler von der Schlangenbruderschaft gegen die „Librarians“ für mehr Magie auf der Welt.

Apep, der ägyptische Gott des Chaos, und das D.O.S.A., das Department of Statistical Anomalies, haben sich in die Bibliothek eingeschlichen und zwingen die Librarians dazu, an zwei Fronten Krieg zu führen. Als diese Auseinandersetzung auf ihren Höhepunkt zusteuert, müssen die Librarians ihre Streitigkeiten beilegen, um die Bibliothek, sich selbst, und letztlich die ganze Welt zu retten.