Alguien está matando a potenciales Bibliotecarios y le toca a Flynn Carsen y su nuevo Guardián, la Coronel Eve Baird, salvar a los tres que quedan.

La Hermandad de la Serpiente está tratando de devolver la magia a nuestro mundo. Flynn, la Coronel Baird, y los potenciales bibliotecarios deben detenerlos antes de que sea demasiado tarde.

El dios egipcio del Caos habita un cuerpo humano e intenta liberar Pura Maldad en la tierra comenzando así una batalla entre el bien y el mal. Para frenarle, los bibliotecarios deben descifrar una serie de pistas de un museo de ciencias, incluyendo una misteriosa advertencia que unos maniquíes vivos les hacen.

Tras tener una visión de su propia muerte a manos de un asesino sobrenatural, Baird intenta cambiar su destino y parar esa profecía para que no se cumpla.

Después de la partida de Flynn, Baird lleva a los Bibliotecarios a un campamento en el cual muchos de los campistas desaparecen en circunstancias misteriosas.

El mundo se transforma en un lugar horrible e irreconocible, uno donde la Biblioteca nunca ha existido. Baird debe reunir a los Bibliotecarios antes de que este mundo sombrío se convierta en la nueva realidad.