Dall'universo Marvel una nuova supereroina, direttamente dalla saga di 'Captain America'. New York, anni '40. Dopo la morte dell'amato Captain America, Peggy Carter si trova divisa fra il lavoro alla Strategic Scientific Reserve e le missioni segrete per conto del latitante Howard Stark, accusato di traffico di armi.

Peggy e il maggiordomo di Stark, Edwin Jarvis, sono sulle tracce del fuggitivo Leet Brannis, uno degli artefici della bomba al nitramene. Lo scienziato ancora una volta chiama in causa il misterioso Leviathan.

Mentre l'autopsia sul corpo di Leet Brannis rivela una verita' sconcertante, Peggy deve inventare un escamotage per salvare Jarvis dalle grinfie di Jack Thompson.

Howard Stark torna di nascosto a New York e affida a Peggy una missione ad alto rischio: recuperare 'Il pulsante di Blitzkrieg', una pericolosa arma finita nelle mani del governo, e sostituirla con un falso.

Peggy corre il rischio di rivelare la sua doppia identita' quando Dooley la inserisce nella squadra di Thompson con il compito di sventare uno scambio di armi in una base militare russa.

Peggy scopre la terribile verita' su Leviathan ma e' ignara che i suoi veri nemici sono piu' vicini di quanto immaginasse.

Messa all'angolo dai colleghi della SSR, Peggy sceglie di rivelare ogni dettaglio sulla sua indagine parallela, mentre Jarvis tenta un'ultima carta per toglierla dai guai.

Howard Stark si presenta negli uffici della SSR svelando tutti i misteri ancora irrisolti sul Midnight Oil. Ma la lunga mano di Leviathan ha in serbo una sorpresa.

Peggy Carter vola in California per aiutare il capo della Strategic Scientific Reserve di Los Angeles ad indagare sull'omicidio di una ragazza ritrovata nel lago.

Scavando nei misteri del bizzarro delitto del lago, Peggy scopre che l'indagine rischia di mettere in pericolo la sua carriera e la vita dei suoi affetti piu' cari.

L'insistenza di Peggy per conoscere la verità su Materia Zero la porta a scontrarsi con i suoi superiori mentre Howard Stark appare sulla scena.

Peggy e il Strategic Science Reserve scoprono che la bellissima star di Hollywood Whitney Frost nasconde un segreto molto pericoloso.

Peggy fa di tutto per fermare un'esplosione nucleare che minaccia tutta la California, mentre l'esperienza e la prontezza di Jarvis vengono messe a dura prova.

Peggy si rivolge a un avversario inaspettato per farsi aiutare a salvare Wilkes mentre Whitney cerca di prendere il controllo della pericolosa Materia Zero.

Peggy pianifica una missione di salvataggio mentre Whitney cerca ancora più potere oscuro. Nel frattempo, Jarvis impara che non dovrebbe fare promesse che non può mantenere.

Peggy e Sousa propongono uno scambio a Whitney Frost. Allo stesso tempo, la chiave per eliminare la Materia Zero potrebbe essere la collaborazione di Howard Stark con il SSR.

Peggy deve sopportare uno scioccante tradimento mentre procede con il suo piano per salvare il dottor Wilkes e fermare Whitney Frost. Nel frattempo, una mossa non prevista di Thompson mette tutti in pericolo.

Nel finale di stagione tutti affrontano una missione estremamente pericolosa quando Peggy sollecita Howard Stark per eliminare la Materia Zero.