과학으로는 설명할 수 없는 능력을 우주인으로부터 받은 갓챠맨은, 외계 범죄자와 미확인 물체에 대응하는 비밀요원의 총칭이다. 2015년 여름, 활발하고 자유분방한 성격의 여고생 하지메가갓챠맨으로 새롭게 가입하면서 조직 분위기가 많이 바뀌게 되는데…