Maintenant à l’université, Haruka retrouve Asahi, un ancien copain nageur du collège. Tous les deux devront déjà faire leurs preuves dans leur nouvelle équipe de natation. Pendant ce temps, au club du lycée d’Iwatobi, l’heure est au recrutement.

Haruka et Asahi croisent Ikuya pendant la course des nouveaux. Nombreux sont les souvenirs avec ce dernier, lorsqu’ils étaient ensemble en équipe de natation au collège. Malheureusement, les choses ont bien changé…

À Sydney, un drôle de nageur d’origine japonaise insiste pour que Mikhail, l’entraîneur de Rin, le supervise. Au Japon, Haruka et ses camarades tentent de trouver une solution pour reprendre contact avec Ikuya.

Haruka, Asahi et Makoto essaient encore et toujours de croiser Ikuya pour lui causer. Toutefois, Hiyori leur mettra à nouveau des bâtons dans les roues, en leur proposant même un duel.

Iwatobi part en stage d’entraînement de natation pour plusieurs jours avec les clubs de Samezuka et Sofukan. L’occasion pour nos lycéens de se perfectionner, et pour certains, comme Romio, de vaincre les démons de leur passé.

Ikuya n’est pas dans son assiette, et cela se ressent dans ces temps lorsqu’il nage. Hiyori, qui le connaît depuis tout petit, ne sait plus comment faire pour que son ami oublie Haruka une bonne fois pour toutes.

Les sélections au tournoi universitaire approchent, et seuls les temps de nos nageurs leur permettront de se qualifier pour la suite. De son côté, Haruka a choisi de se faire coacher par Ryuji, en plus de ses entraînements habituels.

C’est l’heure du 200 m 4 nages où vont s’affronter Haruka et Ikuya. Ce dernier, toujours en admiration devant Haruka, va enfin avoir une révélation qui le poussera à se métamorphoser.

Rin est de retour au Japon. Haruka fait la rencontre d’Albert, un nageur étranger à l’air mystérieux, ainsi que d’Isuzu, la petite sœur de son capitaine et aussi nageuse. Cette dernière n’a d’ailleurs qu’une envie : affronter Haruka un jour !

Makoto est arrivé trop tard pour voir Haruka nager. Il ne peut que constater que le jeune prodige a perdu face à Albert, un nageur suédois. Pendant ce temps, Rin retrouve Sosuke, qui vient de se faire opérer de l’épaule.

L’heure du National des lycées a sonné ! Le club d’Iwatobi se rend à Tokyo pour la compétition où Nagisa et Rei se sont qualifiés dans leur catégorie. Haruka et Rin, en période d’entraînement intensif, pourront-ils venir les encourager ?

Place aux qualifications des sélections nationales de natation ! Tous dans leur catégorie, ils devront arriver dans les deux premiers pour espérer viser ensuite les Mondiaux, chacun leur objectif et leur rêve en vue.