Después de pasar su primer año de preparatoria tranquilos, Haruka y Makoto se encuentran con Nagisa, un estudiante nuevo que era miembro del club de natación junto a ellos cuando eran pequeños. Ese club de natación será derribado, entonces los tres se escabullen para buscar una cápsula de tiempo que habían enterrado allí, y es cuando se reúnen con Rin el cuarto miembro de su grupo que se había ido a estudiar al extranjero.

Después de escuchar lo que sucedió en el pasado, Rei va a la Academia Samezuka a preguntarle a Rin qué es lo que quiere. La noche antes de que Iwatobi y Samezuka partieran para las regionales, Rin llamó a Rei para explicarle cómo se sentía respecto al relevo. Luego, Samezuka anuncia su alineación para el relevo.

Regresan las prácticas de los chicos del Equipo de Natación y, para comenzar la temporada qué mejor que un encuentro entre Samezuka e Iwatobi.

Haruka regresa de su viaje con Rin y los chicos lo reciben. Recordarán todo lo que pasaron para llegar hasta donde están.