Después de pasar su primer año de preparatoria tranquilos, Haruka y Makoto se encuentran con Nagisa, un estudiante nuevo que era miembro del club de natación junto a ellos cuando eran pequeños. Ese club de natación será derribado, entonces los tres se escabullen para buscar una cápsula de tiempo que habían enterrado allí, y es cuando se reúnen con Rin el cuarto miembro de su grupo que se había ido a estudiar al extranjero.

Makoto y Nagisa contienen el aliento mientras ven a Haruka y Rin en una intensa carrera. Sin embargo, se dan cuenta que al parecer Rin ha cambiado. Al mismo tiempo, Nagisa se prepara para iniciar un nuevo club con ayuda de la hermana de Rin, Gou.

El club de natación Iwatobi necesita un miembro más para poder participar en los relevos. Nagisa ha puesto los ojos en su compañero de clases, Rei. A pesar de que Rei se réhúsa a unirse, Nagisa está empeñado en reclutarlo.

Rei intenta aprender a nadar y se da cuenta que necesita un traje de baño nuevo. Deciden ir de compras para buscarle uno. Pero pronto se dará cuenta que ese no es su único problema.

Los chicos necesitan entrenar más y deciden ir a un campamento en mar abierto pero no tienen los recursos para ello. ¿Conseguirán los recursos? ¿Podrán asistir al campamento?

Los chicos deciden ir a un campamento, pero no es un campamento común. ¿Qué aventura nueva nos traerán?

Se acercan las prefecturales y Haruka y los otros miembros del club de natación continúan mejorando. Mientrastanto, Rin revela sus motivaciones para la natación. Los nadadores deben demostrar en el torneo lo que han logrado.

Haruka, Makoto, Nagisa y Rei nadan en sus eventos individuales. Rin se molesta mientras recuerda viéndolos nadar en la escuela. Después, los cuatro chicos del Club de Natación Iwatobi deben prepararse para la carrera de relevos.

Las finales han terminado y los miembros del Club de Natación Iwatobi están complacidos con el progreso que han logrado. Un festival local de verano les da una oportunidad para relajarse. Cuando Nagisa se da cuenta que Rin también está en el festival, le ordena a Rei que lo siga y se asegure de que Harua y Rin no se encuentren.

La entrenadora Sasabe comienza a entrenar al Club de Natación Iwatobi para el próximo torneo. Mientras, Rei no está contento con el hecho de ser el único que no sabe lo que sucedió en el pasado con Rin. Después de que Rin expresa su frustración, Haruka decide decirle lo que pasó cuando estaban en primaria.

La entrenadora Sasabe comienza a entrenar al Club de Natación Iwatobi para el próximo torneo. Mientras, Rei no está contento con el hecho de ser el único que no sabe lo que sucedió en el pasado con Rin. Después de que Rin expresa su frustración, Haruka decide decirle lo que pasó cuando estaban en primaria.

Después de escuchar lo que sucedió en el pasado, Rei va a la Academia Samezuka a preguntarle a Rin qué es lo que quiere. La noche antes de que Iwatobi y Samezuka partieran para las regionales, Rin llamó a Rei para explicarle cómo se sentía respecto al relevo. Luego, Samezuka anuncia su alineación para el relevo.

Regresan las prácticas de los chicos del Equipo de Natación y, para comenzar la temporada qué mejor que un encuentro entre Samezuka e Iwatobi.

Los chicos del Equipo de Natación están buscando nuevos miembros y para atraer candidatos van explorando diversas posibles actividades, incluyendo el Splash Fest.

¡El Festival Iwatobi ha comenzado! Haruka y sus amigos se están preparando para la carrera de relevos Club vs Club, esperando atraer nuevos miembros mostrando su desempeño. Mientras, Rei comienza a entrenar pero le preocupa el hecho de que solo sabe nadar en estilo mariposa.

Anticipándose a las próximas eliminatorias del torneo de la prefectura, Gou propone hacer una inspección a los almuerzos de los atletas ya que entiende que, como parte del entrenamiento, estos deben tener una dieta balanceada. Esta propuesta causa una gran sorpresa.

Los miembros del club de natación Iwatobi reflexionan sobre lo que pudo haber provocado el extraño comportamieto de Nagisa al final de la práctica de ese día. Nagisa se rehúsa a explicar por qué está molesto.

En la víspera de las prefecturales, Makoto decide hablar de un tema con Haruka. Cuando el torneo inicia, el club Iwatobi se encuentra muy entusiasmado sobre sus prospectos. Pero ¿podrán todos los miembros pasar las preliminares en sus eventos individuales?

Haruka y los chicos han entrenado duro para prepararse para la competencia contra Samezuka. Después de 1 día de torneo, Gou y Amakata-sensei llevan a los chicos a un festín fabuloso y rico en carbohidratos, y les permiten tomar un descanso. Mientras, Rin se enfrenta a una dura decisión como capitán del club de Samezuka. ¿A quién escogerá para nadar en el relevo con él?

Mientras Haruka y los chicos redoblan su entrenamiento al iniciar las prefecturales, Makoto se da cuenta que Gou está preocupada y le pregunta qué le pasa. Ella le cuenta que el entrenador Sasabe ha estado tan ocupado últimamente, que no ha podido aprobar su nuevo régimen de entrenamiento. Makoto se ofrece a ir a verlo, pero lo que se encuentra en el club es...

En la Academia Samezuka, continúan con las fuertes prácticas para las regionales. Mientras, el Club de Natació Iwatobi entrena arduamente todos los días hasta que se oculta el sol. Aunque Amakata-sensei está preocupada, Haruka y los chicos insisten en que quieren practicar lo más que puedan antes del torneo.

Mientras continúa el torneo, Sousuke por fin le dice a Rin cómo pasó los años en que estuvieron separados. Rin está preocupado por la actitud despreocupada de Sousuke respecto a ciertas cosas y trata de hablar con él.

Haru sigue evidentemente perdido sin saber a qué futuro quiere dirigirse. Y, aunque odia que todo el mundo le diga cómo debe ser, sus amigos se preocupan por él e intentarán ayudarlo.

Haru y Rin visitan a la familia que le dio alojamiento a Rin durante su estadía en australia.

Haruka regresa de su viaje con Rin y los chicos lo reciben. Recordarán todo lo que pasaron para llegar hasta donde están.