故事發生在一個人魔神三種種族混雜的神秘世界。開朗活潑的賞金獵人青年法瓦羅正被正直的騎士凱薩追殺著，法瓦羅一面將凱薩玩弄於股掌之間，一邊一如既往地藉著擊退惡徒賺取懸賞金。而在同一時間，一名叫阿蜜拉的神秘少女從天而降。

法瓦羅長出的惡魔的尾巴。這是阿蜜拉做的法瓦羅好通往赫爾海姆的捷很的交吻，這也是契約的魔法造成的。阿蜜拉說只是告訴她捷邁，名將那魔法給時時。 其實我也不太清楚捷邁的瓦羅法則是什麼，雖然我很想讓自己的身體恢復到原來的狀態。

法瓦羅跟著阿蜜拉來到了尼布魯比爾，阿蜜拉將她獨自一人把神之鑰從聖域偷走的事情告訴了法瓦羅。另一方面，凱薩在霧之森林在行進的途中昏倒了，當他在房間醒來時，眼前出現一位名叫莉塔的少女。

相信了巴克斯「那邊有開向赫爾海姆的船」的情報，法瓦羅和阿蜜拉一同搭上了瑟雷法列斯號。而在這艘船上擔任船長的，竟是法瓦羅的父親過去的友人亞蒙。另一方面，凱薩正和莉塔一起追趕法瓦羅。

阿蜜拉和保護她的凱薩被墮天使阿薩謝爾抓走了！阿薩謝爾為了知道她是受誰的指使偷走神之鑰的，開始對阿蜜拉進行拷問，並且將阿蜜拉到底做了什麼事情告訴凱薩。另一方面，法瓦羅和莉塔為了得回那兩人，決定動身前往阿薩謝爾所在的城堡。

法瓦羅等人逃出了阿薩謝爾的城堡，但是他們卻遭到聖女貞德所率領的騎士團的逮捕。被押到沙利歐斯王面前的一行人，原本以為自己會被判死罪，然而結果卻是…

法瓦羅跟凱薩與被軟禁的阿蜜拉，一同被拘留在亞那堤城中。就在此時，阿薩謝爾與帕祖祖所率領的魔族，為了搶走神之鑰而像城堡襲擊而來。貞德等騎士團展開了戰鬥，而另一方面，阿蜜拉卻因為肚子餓了在城堡內大吃大喝。

法瓦羅與阿蜜拉離開了亞那堤，踏上前往普羅德希亞的旅行。另一方面，凱薩受到拉瓦利的請托，要追上阿蜜拉一行人並引導她們。而在這時在亞那堤，貞德卻被沙利歐斯王刻上了魔女的污名，遭到了逮捕。

沙利歐斯決定將貞德以魔女的名義處以火刑。然而面對意圖阻止的民眾，騎士們卻毫不留情地攻擊他們，貞德因為無辜民眾受到傷害而落下了眼淚。另一方面，法瓦羅、凱薩與阿蜜拉為了尋找阿蜜拉的母親，在前往普羅德希亞的路上，這時卻發生了劇烈的地裂。

經馬爾基涅之手，法瓦羅化身成為了惡魔！然而，與神魔之鑰融合的阿蜜拉依舊被困在球中情況不明。另一方面，莉塔與巴克斯、阿薩謝爾正搭著馬車朝巴哈姆特沈睡的聖地—赫爾海姆疾駛而去。

吞噬了與神魔之鑰融合的阿蜜拉，巴哈姆特發出了復活的咆哮。在世界正一步一步邁向毀滅的過程中，有人露出了邪惡的微笑，有人試圖抵抗命運，各種思念與想法相互交錯。然而無視於他們的想法，唯一的終結即將就此到來。