본토에서 이토가미 섬으로 돌아온 코죠 일행, 다시 평온한 일상으로 돌아간다고 생각했지만, 원인불명의 선박사고와 항공기 트러블로 이토가미 섬은 고립상태에 빠지게 되는데.

재개발 지구를 걷고 있던 히메라기와 코죠는 거대한 마력을 느끼고 달려간다. 타르타로스 라프스와 미나미야 나츠키가 대치하고 있는 상황, 그곳에서 코죠는 디셈버를 마주치게 된다.

깨어난 코죠는 잊고 있던 아브로라에 대한 기억을 되찾는다. 한편, 아사기와 모토키는 타르타로스 라프스가 마족 등록증을 해킹하여 그들로부터 뽑아낸 마력을 '타르타로스의 장미'에 보내고 있다는 걸 알게 되는데.

타르타로스 라프스의 테러 사건 이후 복구가 한창인 이토가미 섬 코죠일행도 구호활동에 힘쓴다. 한편, 지난 사건에서 해킹을 저지한 일로 대중의 인기를 얻게 된 아사기는 섬 관리 공사의 부흥 활동 홍보대사 활동을 하게 된다. 하지만 코죠는 대형 스크린에 비친 아사기를 보고 위화감을 느끼는데.

키스톤 게이트의 숨겨진 제0층에 감금당한 아사기를 구출하러 가는 코죠 일행. 코죠는 컨디션이 좋지 않은 히메라기를 걱정하지만 히메라기는 코죠와 함께 제0층으로 향한다. 드디어 도착한 제0층 그곳에서 코죠 일행을 기다리고 있던 것은?!

이토가미 메이가의 성섬의 힘에 속수 무책으로 당하는 코죠 일행. 성섬이란 도대체 무엇인지 의문을 품는 코죠. 그때 코죠에게 전해지는 성섬의 진실과 이를 물리칠 수 있는 유일한 인물. 코죠는 이토가미 메이가로부터 히메라기와 이토가미 섬을 지킬 수 있을 것인가?!

평온한 일상을 되찾은 이토가미 섬. 코죠 일행도 다가오는 발렌타인에 대한 이야기로 들떠있었다. 그러던 중 코죠는 바틀러의 부하인 쟈강의 차에서 아사기가 내리는 것을 목격하고 의문을 품는다. 한편, 시오, 유이리와 함께 있던 그렌다는 전왕영역 제국 의회장 베레슈 아라달의 습격을 받고 그렌다는 코죠가 있는 이토가미 섬으로 도망치는데.

베레슈 아라달과 그렌다를 걸고 결투를 하게 된 코죠. 코죠는 아라달에게 승리할 방법을 찾기 위해 아지즈 왕자를 찾아가지만, 알 수 없는 말만 듣고 별 소득 없이 돌아와 바로 결투를 하게 된다. 치열한 결투가 한창 인 중에 바틀러의 계략으로 나기사가 이 결투장에 나타나는데.

미나미야 나츠키의 집에서 깨어난 코죠. TV에서는 아사기가 나와 바틀러와 손잡고 성약 조약 기구에 맞서 철저하게 항전할 것을 선언한다. 게다가 아사기는 그렌다가 지켜 온 카인의 유산을 전력으로 활용하겠다고 말한다. 한편 목숨이 위태로운 나기사를 구하기 위해 헥토스는 코죠 일행에게 최후의 연회를 열겠다고 말하는데.

라 포리아와 아라달의 도움으로 성약 조약 기구 의회에 난입해 제4진조로서 이토가미섬을 자신의 영지로 선포하고 이에 대한 공격 거부권을 얻어낸 코죠. 하지만 이를 인정받기 위해서는 섬에서 바틀러를 쫓아내고 진정한 지배자가 되어야만 한다. 코죠는 성섬의 힘까지 흡수한 바틀러를 물리치고 이토가미섬을 전쟁의 위기에서 구할 수 있을 것인가?!