冬休みも終わり、新学期となった絃神島。しかし何者かがしかけた大規模な風水術による結界で、島は孤立状態となってしまう……。この事態を引き起こしているのは“タルタロス・ラプス”と呼ばれる魔導テロ組織の可能性が高いと、古城達に語る那月。そして一方、凪沙の前にはディセンバーと名乗る金髪の美少女が現れ、意味深な言葉を投げかけるのだった。

テロの首謀者と思わしき風水術士・千賀毅人は、那月の昔なじみの人物であった。千賀の操るゴーレムによる破壊活動を阻止するため戦う古城と雪菜だったが、二人の前にディセンバーが現れ、自分が“タルタロス・ラプス”のリーダーであることを明かす。そして謎の力で古城の眷獣は無力化され、絃神島を襲うテロの被害は拡大の一途を辿る……。

絃神島中の魔族から吸い上げられた魔力で生成された巨大な召喚魔法陣“タルタロスの薔薇”。島では薔薇の眷獣が暴れまわり、迎撃に追われる古城達……。島の上空に展開し続ける“タルタロスの薔薇”を止めない限り、事態の収束は見込めない。浅葱や紗矢華の助力を得て、なんとか魔法陣を停止させると、古城はディセンバーとの決戦に臨む。

“タルタロス・ラプス”の引き起こしたテロの傷跡は島中にまだ残っていたが、それでも古城達は日常を取り戻しつつあった。浅葱はテロから島を救ったアイドルとして人気者となり、管理公社の復興支援プロジェクトに駆り出されて大忙し。まさかのＣＤデビューまで果たしてしまう。そして雪菜は、自身の身体に起きつつある異変に悩まされていた。

復興支援プロジェクトに参加していると思われていた浅葱だったが、実は何者かの手によりキーストーンゲートの零階層に幽閉されていた。浅葱を救うべく敵地に潜入する古城と雪菜だったが、彼らの前に絃神冥駕が現れる。古城は冥駕の操る“冥餓狼”により致命傷を受け、その光景を目にした雪菜の力が暴走……。眩い翼が彼女の身を包むのだった。

“聖殲”の力を操る絃神冥駕。世界の理を書き換える規模の禁術の前には、第四真祖である古城の力も届かない……。一方、雪霞狼の副作用により“模造天使”化の進行が著しい雪菜は、このままでは監視者としての役目が果たせなくなる。島での大切な日々に思いを馳せ、涙ながらに「先輩と離れたくない」と訴える雪菜を、古城は強く抱きしめる。

ブルーエリジアムの施設に匿われていたグレンダのもとへ、聖域条約機構からの刺客が現れる。刺客の正体は第一真祖の血脈に連なる古き吸血鬼、ヴェレシュ・アラダール。志緒と唯里が立ち向かうが、力の差は歴然……。なんとか逃げ出したグレンダは古城に助けを求めるが、古城は追ってきたアラダールとグレンダの身柄をかけて決闘するハメとなる。

聖域条約機構から大規模破壊魔具として認定された絃神島。島を包囲する軍隊に対し、ヴァトラーと組んだ浅葱は武装蜂起。カインの巫女の力を使って“咎神の方舟”を呼び出し、徹底抗戦の構えをみせる。一方、絃神島での戦乱を回避するべく聖域条約機構の中枢である“囁きの庭園”へと直接乗り込んだ古城は、理事会の説得を試みるが……!?

絃神島を巻き込み、自らの欲望を満たすための闘争を求めるヴァトラー。そんなヴァトラーの身勝手な暴挙を止めようとする古城だったが、“聖殲”の力を手にしたヴァトラーの前に為すすべがない……。そして雪菜は、古城を守るために武装蜂起した浅葱と対峙。古城を想うお互いの気持をぶつけ合いながら、激しい戦闘を繰り広げるのだった。