厨二病を絵に描いたような高校二年生・安藤寿来をはじめとする文芸部の仲間達５人は、ある日突然異能を手に入れてしまう。勝気で明るく隠れオタクの神崎灯代、癒し系で天然の安藤の幼馴染・櫛川鳩子、大人っぽく文武両道の先輩・高梨彩弓、そして顧問教員の姪である小学四年生の姫木千冬。それぞれが時を操る能力、自然界の全ての属性を操る能力、事物を元の状態に戻す能力、物質や空間を創造する能力、と強大な力を手に入れる。しかしなぜか安藤だけは攻撃力のまったくない黒い炎を手から出す能力を授かる。それでも『異能』を得たことに大喜びする安藤。これらの力を使ってまだ見ぬ敵との戦いが始まるのかと思いきや、いくら待っても何も起こらない。かくして彼らは、日常生活のなかで異能を無駄遣いすることになる。

　と、そんな生活が続いたある日、部室に生徒会長の工藤美玲がやってくる。空気を読まない安藤が厨二全開の受け答えをするのだが、偶然真実を突いてしまい工藤の正体が露見する。実は工藤もまた、他人の異能を奪い取ることのできる異能者だったのだ。工藤は安藤を有能な人間と勘違いし安藤の異能を奪い取るが、灯代の機転でなんとか工藤に勝利する。そして工藤も内心怯えていたこと、さらに工藤に対し何者かがメールで文芸部を見張るよう指示されていたことが判明する。

安藤たちの日常とはまた別の所で、異能者たちと異能バトルを繰り広げている桐生とその仲間たちの日常。実は安藤たちも含め全ての異能者は別世界にいる『精霊』たちによって、人間同士を戦わせて賭けをする『精霊戦争』という見せ物のためにその力を与えられており、参加者のなかで最後の8人に残れば何でも願いが叶えられ、またそれ以外の敗者は戦争の記憶を消されて日常生活に返されるのだという。桐生は『リーティア』という名の妖精と手を組み、仲間たちと『F』という異端グループの殲滅を目論んでいた。『F』は『精霊戦争』を終わらせるために『システム』という最強の異能者を作り出そうとしていたが、『精霊戦争』を楽しんでいる桐生にとって『F』の存在は邪魔なものだった。

ところが桐生が『F』を倒すと『戦争委員会』の思惑通りに動くことになるのだと知った桐生は「自分は誰にも支配されない」と『F潰し』を放棄。しかし桐生に片想いしている仲間のひとり、一十三は、桐生との繋がりである戦争を少しでも長引かせようとして独断で『F』の本拠地に乗り込んでしまう。次々に相手を倒すものの少女の姿をした『システム』を前にして負けを確信する一十三。そこに実は先手を打って『システム』を手なずけていた桐生が登場、一十三は窮地を救われ、全ては丸く収まる。数日後、桐生は治癒系の能力を持った異能者を仲間に入れることを提案し、文芸部から彩弓を攫って来るよう皆に言う。ところが人違いで鳩子を誘拐してしまい困っていると、鳩子は彩弓の異能によって文芸部の部室に呼び戻される。ほっとする一十三たち。また文芸部の部室では、鳩子の説明が曖昧なために誘拐の真相はうやむやになったものの、安藤と鳩子は無事仲直りする。そしてなぜかその後、ポテチの袋を開けようとした拍子に安藤の異能が覚醒してしまう。