Yûji Kazami arrive à l’académie Mihama où l’attend la vie de lycéen ordinaire qu’il désire depuis longtemps. Mais dès son arrivée, Yûji se rend compte que ce lycée est bien loin d’être ordinaire, tout comme l’accueil que lui réservent les rares occupantes.

Yumiko Sakaki semble particulièrement affectée par la mystérieuse venue de Yûji à l’académie. Ce dernier étant bien accueilli par les autres résidentes, Yumiko prend la résolution de s’en débarrasser elle-même.

Amane ne cache pas son intérêt grandissant pour Yûji et commence à user de ses charmes afin de le conquérir. Dans le même temps, Yûji prend une décision qu’il va bientôt regretter

Michiru est dans tous ses états mais se fait un nouvel ami. Yûji tente de comprendre l’attitude étrange de Michiru qui s’avère plus mystérieuse qu’elle ne laissait paraître depuis leur rencontre

Les mésaventures de Michiru continuent. Après l’accident de Miamel, Michiru disparaît soudainement pour laisser place à son alter ego. Yûji va tenter de récupérer la véritable Michiru, qui sombre dans un terrible désespoiroins

Les raisons de la venue de Yûji à l’académie commencent à s’éclaircir. Yumiko dévoile le lourd passé qu’elle porte depuis sa naissance, ainsi que l’avenir que son père cherche à lui imposer

Après avoir remarqué l’influence positive de Yûji sur les autres filles, Sachi adopte un comportement pour le moins étrange et se montre plus serviable que jamais, quitte à devenir téméraire au détriment de son propre bien-être. Quel pourrait être cet enjeu si important pour qu’elle se mette en quatre et qu’elle risque sa vie pour les demandes anodines de ses amies ?

Makina fait une demande des plus particulières à Yûji, mais qui lui tient à cœur. Pendant ce temps, les vacances d’été arrivent et Yûji revient sur les traces de son passé en compagnie de Makina qu’il prend sous son aile

Les jours de Makina sont menacés. Prise pour cible par un commanditaire inconnu, Makina fuit avec Yûji l’organisation de ce dernier, chargée d’éliminer la jeune lycéenne. Des enjeux et des machinations complexes tissent la trame de cet ordre d’assassinat

Amane poursuit ses tentatives de séduction envers Yûji. Mais les choses prendront une tout autre tournure au cours de leur conversation, lorsqu’elle fera une confession d’une importance capitale, qui les reliera profondément.

Amane continue son récit sur le terrible accident qui frappa le club de basket féminin. Le début de cette descente aux enfers contraste avec toute la vigueur et l’entrain que montre l’Amane actuelle. Dans cet épisode, Kazuki et Amane continuent de se rapprocher et de survivre avec le reste des élèves ; mais le temps, ici, est très loin d’arranger les choses

Treize jours après l’accident, les élèves à bord du bus atteignent leurs limites. Quand la seule chose restante est une pénurie de vivres et que le désespoir ronge comme une épidémie, la raison commence aussi à se faire rare. Kazuki et Amane, les seules à ne pas avoir perdu l’esprit, finissent par réaliser que leur seule option est de compter l’une sur l’autre. Car l’enfer sait se dissimuler dans la normalité, et seule la force de deux personnes unies permet d’y échapper

Yûji et Amane reviennent sur le site de l’accident afin de trouver des indices sur le sort de Kazuki. Mais rapidement, un événement inattendu va les interrompre : la vie des autres filles est menacée par un intrus, et Yûji va devoir déployer ses talents afin de secourir une nouvelle fois les élèves de l’académie

Yuuji prend la décision inattendue d'obtenir une promotion au sein de l'institution pour laquelle il travaille. Il rencontre JB pour discuter des documents qu'il a soumis à l'examen dans le cadre du processus de promotion, des documents relatifs à son propre passé.

Asako a pris sous son aile le petit Yûji avec l’aide de JB. Portant les séquelles de son passé avec Oslo, Yûji doit apprendre à changer sa peur et sa colère en force et en courage. Au moment de sauver son compagnon, Yûji est confronté au dilemme de presser ou non la détente

Yûji suit l’initiation d’Asako sur bien des sujets. Des circonstances l’obligent à effectuer sa première mission. La santé d’Asako commence à se détériorer, et l’élève doit poursuivre son parcours sans son maître

Yûji et ses frères d’armes font la connaissance de J, leur nouveau chef, qui les affecte à la section des chiens des buissons. Lors de sa première mission sur le champ de bataille, Yûji est confronté à sa propre hantise : celle d’ôter une vie. Mais lorsque la vie de ses camarades dépend de lui, le temps presse et ne laisse plus de place à la peur

L’état de santé d’Asako a atteint un point critique, et Yûji rentre immédiatement de sa mission d’escorte pour aller au chevet de son maître. Seraient-ce les dernières heures d’Asako ?

Après la capture de Yûji par son organisation, Chizuru annonce la fermeture de l’académie Mihama. Alors que Yumiko part sur les traces d’un vieil ami de Yûji, les filles se préparent toutes ensemble à le délivrer à leur tour

Kazuki explique l’étrange nature de son existence actuelle à Yûji. Elle dévoile aussi à son frère les événements qui ont suivi l’incident du minibus, après la fuite d’Amane. Pendant ce temps, aidées par le système Thanatos, les filles préparent leur sauvetage. Heath Oslo laisse entrevoir la suite de son plan

Le système Thanatos a commencé à dicter les différentes actions à poser pour mener à bien l'« Opération de sauvetage de Yûji Kazami ». Les filles ont chacune des tâches bien précises à accomplir qu'elles s'empressent de réaliser sans trop poser de questions. Vont-elles réussir dans les délais impartis ?

L’opération visant à sauver Yûji Kazami vient de débuter. Les filles accompliront-elles leur objectif ?

Kazuki, matérialisée dans son corps, continue d'aider Yûji et les filles à stopper Oslo dans sa quête du système Thanatos. La bombe toujours attachée au poignet, Yûji part arrêter à tout prix le tourmenteur de son enfance

Yûji se trouve sur le bateau de Heath Oslo. Le bout du tunnel approche, où l’Eden l’attend. Yûji saura-t-il vaincre les démons de sa vie passée et trouver la paix qu’il espère depuis si longtemps ?