Préquel de la série Unlimited Blade Works. L'histoire suit Rin Tôsaka, une jeune magicienne sur le point d'invoquer son Servant.

Les événements du dernier épisode évoluent sous une perspective différente, alors que Shirō repousse l'attaque de Lancer avant de convoquer Saber.

Après avoir conclu une trêve, Rin et Shirō poursuivent la Servante inconnue et découvrent un secret qui révèle une conspiration encore plus importante.

Shinji crée une nouvelle barrière autour de l'école, sapant l'énergie de tous ceux à l'intérieur, sauf Rin et Shirō qui sont assaillis par des créatures surnaturelles.

Après avoir parlé avec Taiga et Saber pendant le dîner, Shirō se demande s'il veut devenir un héros justicier ou simplement suivre le chemin de Kiritsugu.

Shirō et Saber aident Rin à tester sa théorie selon laquelle Kuzuki est le Maître de Caster, mais la vérité est plus sinistre que tout ce qu'ils auraient pu imaginer.

Malgré les récents contretemps, Shirō décide de poursuivre son combat pour le Saint Graal. Rin suggère de nouer une alliance exceptionnelle avec Illyasviel.

En discutant avec sa mère, Illyasviel découvre des secrets et le rôle que sa famille a joué dans la bataille pour le Saint Graal.

Le groupe de Shirō se prépare à se battre contre Shinji. Une lutte à mort s'ensuit et l'identité du Servant de Shinji est enfin dévoilée.

En tentant de sauver Rin du domaine d'Illyasviel, Shirō et Saber reçoivent un coup de main plus que surprenant.

Archer et Saber dévoilent leur passé. Qui a le mieux réussi à atteindre ses objectifs ? Archer souligne les similarités entre ses motivations et celles de Shirō.

Après avoir dévoilé sa véritable identité, Archer livre une bataille sanglante contre Shirō. Tin et Lancer continuent de rencontrer de graves problèmes avec Shinji.

Shirō est sur le point de perdre son combat contre Archer, mais tous deux sont hantés par des souvenirs, dont Shirō espère qu'ils joueront en sa faveur.