冬木の地で行われた聖杯戦争から10年……再び、『聖杯』の力を追い求める、七人の魔術師と七人の英霊の争いが始まろうとしていた。代々続く、魔術師の家系に育った遠坂凛もまた、父・遠坂時臣が参加した争いに、身を投じようとしていた。最強の英霊、セイバーの召喚を試みる凛だったが、彼女の眼の前に現れたのは、自らの名も知らぬ英霊だった。

10年前、冬木市で起きた大火災から、衛宮切嗣により命を救われた衛宮士郎。ある日の放課後、士郎は英霊同士の戦いを目撃してしまう。目撃されてはいけない争いを見られたことに気付いたランサーは、マスターの命令により、士郎を始末しようとする。凛により息を吹き返した士郎だったが、その夜、再びランサーに襲われる。ランサーの攻撃を耐え凌ぐ士郎の目の前に、英霊が召喚される。

藤村に呼び出され、学校に向かう士郎とセイバー。霊体化できないセイバーを誤魔化そうとする士郎だったが、なぜか藤村と桜が士郎の家に泊まり込むことに……一方その頃、ガス漏れ事件の現場を訪れていた凛は、わずかに残る魔力の残滓から、キャスターの仕業であると断定する。

学内に潜む他のマスターへの対策のため、休戦協定を結んだ凛と士郎。そんな矢先、士郎のもとに、自分こそがライダーのマスターだという慎二が協力を持ちかけてくる。その夜。土蔵で魔術の訓練をしていた士郎だったが、気がつくとそこは、キャスターが拠点を構えている柳洞寺だった。